BAM@HD VN:1.0 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 CL:"/share/pkg.7/bowtie2/2.4.2/install/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 16 -x /projectnb/wax-es/aramp10/Bowtie2/Bowtie2Index/genome -S G76M12_bowtie2.sam -U /projectnb/wax-dk/max/HNF6_CHIPSEQ/G76M12/fastq/SRR1534702_pass.R1.fq.gz" VN:2.4.2 @PG ID:samtools PN:samtools CL:samtools view -bS G76M12_bowtie2.sam PP:bowtie2 VN:1.12 @PG ID:samtools.1 PN:samtools CL:samtools sort -@ 16 -o sorted.bam G76M12_alignments.bam PP:samtools VN:1.12 @PG ID:samtools.2 PN:samtools CL:samtools view -@ 16 -L mm9-blacklist_complement -O BAM -o G76M12_sorted.bam sorted.bam PP:samtools.1 VN:1.12 @PG ID:sambamba CL:view -h -t 4 -f bam -F [XS] == null and not unmapped G76M12_sorted.bam PP:samtools.2 VN:1.0 chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[