BAM @HD VN:1.0 SO:coordinate @SQ SN:ERCC-00002 LN:1061 @SQ SN:ERCC-00003 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00004 LN:523 @SQ SN:ERCC-00009 LN:984 @SQ SN:ERCC-00012 LN:994 @SQ SN:ERCC-00013 LN:808 @SQ SN:ERCC-00014 LN:1957 @SQ SN:ERCC-00016 LN:844 @SQ SN:ERCC-00017 LN:1136 @SQ SN:ERCC-00019 LN:644 @SQ SN:ERCC-00022 LN:751 @SQ SN:ERCC-00024 LN:536 @SQ SN:ERCC-00025 LN:1994 @SQ SN:ERCC-00028 LN:1130 @SQ SN:ERCC-00031 LN:1138 @SQ SN:ERCC-00033 LN:2022 @SQ SN:ERCC-00034 LN:1019 @SQ SN:ERCC-00035 LN:1130 @SQ SN:ERCC-00039 LN:740 @SQ SN:ERCC-00040 LN:744 @SQ SN:ERCC-00041 LN:1122 @SQ SN:ERCC-00042 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00043 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00044 LN:1156 @SQ SN:ERCC-00046 LN:522 @SQ SN:ERCC-00048 LN:992 @SQ SN:ERCC-00051 LN:274 @SQ SN:ERCC-00053 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00054 LN:274 @SQ SN:ERCC-00057 LN:1021 @SQ SN:ERCC-00058 LN:1136 @SQ SN:ERCC-00059 LN:525 @SQ SN:ERCC-00060 LN:523 @SQ SN:ERCC-00061 LN:1136 @SQ SN:ERCC-00062 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00067 LN:644 @SQ SN:ERCC-00069 LN:1137 @SQ SN:ERCC-00071 LN:642 @SQ SN:ERCC-00073 LN:603 @SQ SN:ERCC-00074 LN:522 @SQ SN:ERCC-00075 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00076 LN:642 @SQ SN:ERCC-00077 LN:273 @SQ SN:ERCC-00078 LN:993 @SQ SN:ERCC-00079 LN:644 @SQ SN:ERCC-00081 LN:534 @SQ SN:ERCC-00083 LN:1022 @SQ SN:ERCC-00084 LN:994 @SQ SN:ERCC-00085 LN:844 @SQ SN:ERCC-00086 LN:1020 @SQ SN:ERCC-00092 LN:1124 @SQ SN:ERCC-00095 LN:521 @SQ SN:ERCC-00096 LN:1107 @SQ SN:ERCC-00097 LN:523 @SQ SN:ERCC-00098 LN:1143 @SQ SN:ERCC-00099 LN:1350 @SQ SN:ERCC-00104 LN:2022 @SQ SN:ERCC-00108 LN:1022 @SQ SN:ERCC-00109 LN:536 @SQ SN:ERCC-00111 LN:994 @SQ SN:ERCC-00112 LN:1136 @SQ SN:ERCC-00113 LN:840 @SQ SN:ERCC-00116 LN:1991 @SQ SN:ERCC-00117 LN:1136 @SQ SN:ERCC-00120 LN:536 @SQ SN:ERCC-00123 LN:1022 @SQ SN:ERCC-00126 LN:1118 @SQ SN:ERCC-00130 LN:1059 @SQ SN:ERCC-00131 LN:771 @SQ SN:ERCC-00134 LN:274 @SQ SN:ERCC-00136 LN:1033 @SQ SN:ERCC-00137 LN:537 @SQ SN:ERCC-00138 LN:1024 @SQ SN:ERCC-00142 LN:493 @SQ SN:ERCC-00143 LN:784 @SQ SN:ERCC-00144 LN:538 @SQ SN:ERCC-00145 LN:1042 @SQ SN:ERCC-00147 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00148 LN:494 @SQ SN:ERCC-00150 LN:743 @SQ SN:ERCC-00154 LN:537 @SQ SN:ERCC-00156 LN:494 @SQ SN:ERCC-00157 LN:1019 @SQ SN:ERCC-00158 LN:1027 @SQ SN:ERCC-00160 LN:743 @SQ SN:ERCC-00162 LN:523 @SQ SN:ERCC-00163 LN:543 @SQ SN:ERCC-00164 LN:1022 @SQ SN:ERCC-00165 LN:872 @SQ SN:ERCC-00168 LN:1024 @SQ SN:ERCC-00170 LN:1023 @SQ SN:ERCC-00171 LN:505 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:TopHat VN:2.1.1 CL:/share/pkg/tophat/2.1.1/install/bin/tophat.real --no-coverage-search -o /scratch/8793166.1.linga/tophat2 -G RefSeq_GeneBody.gtf -p 16 --library-type fr-unstranded -r -41 --mate-std-dev 150 Bowtie2Index/genome SRR6575831_1.fastq.gz SRR6575831_2.fastq.gz r ERCC-00002% ERCC-00003 ERCC-00004  ERCC-00009 ERCC-00012 ERCC-00013( ERCC-00014 ERCC-00016L ERCC-00017p ERCC-00019 ERCC-00022 ERCC-00024 ERCC-00025 ERCC-00028j ERCC-00031r ERCC-00033 ERCC-00034 ERCC-00035j ERCC-00039 ERCC-00040 ERCC-00041b ERCC-00042 ERCC-00043 ERCC-00044 ERCC-00046  ERCC-00048 ERCC-00051 ERCC-00053 ERCC-00054 ERCC-00057 ERCC-00058p ERCC-00059  ERCC-00060  ERCC-00061p ERCC-00062 ERCC-00067 ERCC-00069q ERCC-00071 ERCC-00073[ ERCC-00074  ERCC-00075 ERCC-00076 ERCC-00077 ERCC-00078 ERCC-00079 ERCC-00081 ERCC-00083 ERCC-00084 ERCC-00085L ERCC-00086 ERCC-00092d ERCC-00095  ERCC-00096S ERCC-00097  ERCC-00098w ERCC-00099F ERCC-00104 ERCC-00108 ERCC-00109 ERCC-00111 ERCC-00112p ERCC-00113H ERCC-00116 ERCC-00117p ERCC-00120 ERCC-00123 ERCC-00126^ ERCC-00130# ERCC-00131 ERCC-00134 ERCC-00136  ERCC-00137 ERCC-00138 ERCC-00142 ERCC-00143 ERCC-00144 ERCC-00145 ERCC-00147 ERCC-00148 ERCC-00150 ERCC-00154 ERCC-00156 ERCC-00157 ERCC-00158 ERCC-00160 ERCC-00162  ERCC-00163 ERCC-00164 ERCC-00165h ERCC-00168 ERCC-00170 ERCC-00171chr1 chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[