## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/C_IP6_hist.pdf INPUT=C_IP6_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/C_IP6_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Thu Jun 15 06:20:29 EDT 2017 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 260 136 99 217764814 396.539119 396.193986 13520626 FR 97 161 203 237 273 605 1769 3063 5407 34663 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 99 5 100 100 101 5269 102 15748 103 16561 104 16827 105 17745 106 18744 107 19347 108 20506 109 21871 110 24105 111 27360 112 30590 113 34774 114 37884 115 40603 116 42468 117 43289 118 43597 119 45844 120 47635 121 50859 122 55087 123 58977 124 64227 125 67021 126 68140 127 68613 128 66870 129 67470 130 67905 131 70113 132 71842 133 74818 134 79647 135 80992 136 81929 137 80806 138 78357 139 76594 140 75921 141 76376 142 76717 143 79125 144 80314 145 82931 146 83059 147 82860 148 80154 149 76329 150 73434 151 71827 152 71626 153 73244 154 74477 155 76142 156 75026 157 75316 158 72321 159 69951 160 67002 161 65521 162 63308 163 63703 164 63791 165 64383 166 65398 167 64658 168 63274 169 60653 170 57983 171 55383 172 54147 173 53799 174 53909 175 53915 176 54149 177 53401 178 53028 179 50676 180 48858 181 48045 182 45377 183 45206 184 45533 185 44494 186 45040 187 44883 188 44593 189 42714 190 41202 191 40054 192 38715 193 37254 194 36336 195 36579 196 36727 197 37212 198 36703 199 35889 200 34611 201 33417 202 32694 203 31891 204 30851 205 31237 206 30781 207 30767 208 30326 209 30585 210 30146 211 28881 212 27472 213 26987 214 25878 215 25824 216 25574 217 26057 218 26203 219 26106 220 25673 221 24570 222 23640 223 23123 224 22498 225 22169 226 21876 227 21854 228 21903 229 22016 230 21248 231 21007 232 20285 233 19734 234 19043 235 18994 236 18483 237 18516 238 18431 239 17985 240 18113 241 17828 242 17106 243 16718 244 16111 245 15746 246 15457 247 15722 248 15763 249 15545 250 15451 251 14990 252 14477 253 14245 254 13682 255 13667 256 13352 257 13182 258 13027 259 13015 260 12869 261 12885 262 12654 263 12332 264 11590 265 11331 266 11127 267 11225 268 10897 269 10832 270 10939 271 10410 272 10653 273 10274 274 10164 275 9883 276 9505 277 9238 278 9298 279 9163 280 9138 281 8942 282 8855 283 8852 284 8770 285 8380 286 8343 287 8118 288 8037 289 7992 290 7858 291 7760 292 7668 293 7639 294 7390 295 7379 296 7147 297 6880 298 6892 299 6782 300 6928 301 6835 302 6789 303 6575 304 6594 305 6371 306 6340 307 6270 308 6306 309 6000 310 6166 311 6389 312 5859 313 5954 314 5882 315 5883 316 5685 317 5646 318 5543 319 5430 320 5507 321 5327 322 5343 323 5320 324 5329 325 5297 326 5087 327 5029 328 5079 329 4813 330 4952 331 4743 332 4681 333 4664 334 4848 335 4844 336 4542 337 4627 338 4715 339 4435 340 4442 341 4337 342 4373 343 4382 344 4373 345 4389 346 4190 347 4165 348 4009 349 4182 350 3971 351 3942 352 4035 353 3994 354 4000 355 3891 356 3780 357 3926 358 3854 359 3867 360 3835 361 3799 362 3821 363 3751 364 3749 365 3638 366 3763 367 3630 368 3675 369 3498 370 3690 371 3602 372 3529 373 3340 374 3487 375 3393 376 3378 377 3379 378 3267 379 3314 380 3349 381 3284 382 3282 383 3168 384 3342 385 3236 386 3144 387 3150 388 3132 389 3049 390 3042 391 3098 392 3041 393 3036 394 3158 395 3043 396 2935 397 2974 398 2966 399 3083 400 2875 401 3092 402 3000 403 2796 404 2866 405 2937 406 2957 407 2790 408 2778 409 2888 410 2837 411 2863 412 2851 413 2938 414 2867 415 2736 416 2738 417 2654 418 2804 419 2738 420 2763 421 2714 422 2677 423 2676 424 2599 425 2586 426 2522 427 2655 428 2662 429 2800 430 2863 431 2875 432 2819 433 2897 434 2912 435 2790 436 2878 437 2846 438 2782 439 2899 440 2841 441 2943 442 3219 443 3044 444 3067 445 3042 446 3198 447 3171 448 3242 449 3289 450 3375 451 3725 452 3952 453 3838 454 4218 455 3902 456 3700 457 3390 458 3765 459 3534 460 3945 461 4254 462 3732 463 4379 464 4147 465 4136 466 4591 467 4135 468 3918 469 3759 470 3930 471 4004 472 4302 473 4151 474 4175 475 3731 476 4103 477 4615 478 4088 479 4063 480 3868 481 4205 482 4160 483 4245 484 4573 485 4330 486 4104 487 4075 488 3982 489 4269 490 3852 491 3850 492 3841 493 4251 494 4154 495 4305 496 4360 497 3912 498 3810 499 3413 500 3249 501 3763 502 4001 503 4087 504 3881 505 4196 506 3659 507 3776 508 3310 509 3244 510 3240 511 3328 512 3402 513 3908 514 3310 515 3895 516 3371 517 3530 518 3176 519 3447 520 3372 521 3460 522 3999 523 3395 524 3430 525 3238 526 3318 527 3123 528 3385 529 3067 530 2901 531 2786 532 2908 533 3284 534 2871 535 3397 536 2786 537 2940 538 3175 539 2994 540 2833 541 3002 542 2790 543 2901 544 2891 545 3070 546 3380 547 2906 548 2941 549 2870 550 2676 551 2560 552 2784 553 2639 554 2680 555 2479 556 2608 557 2572 558 2589 559 2722 560 2699 561 2644 562 2641 563 2802 564 2566 565 2534 566 2730 567 2510 568 2548 569 2624 570 2578 571 2625 572 2490 573 2665 574 2478 575 2633 576 2610 577 2576 578 2615 579 2386 580 2549 581 2566 582 2447 583 2593 584 2299 585 2416 586 2394 587 2442 588 2427 589 2421 590 2342 591 2416 592 2540 593 2376 594 2342 595 2369 596 2492 597 2592 598 2191 599 2552 600 2197 601 2493 602 2356 603 2261 604 2687 605 2297 606 2448 607 2527 608 2249 609 2474 610 2435 611 2386 612 2341 613 2273 614 2143 615 2151 616 2087 617 2208 618 2303 619 2100 620 2141 621 2080 622 2065 623 2151 624 2088 625 2130 626 2135 627 2181 628 1974 629 2067 630 2216 631 2152 632 1991 633 1999 634 1988 635 1980 636 2043 637 1988 638 1940 639 1923 640 1888 641 1983 642 1831 643 1801 644 1889 645 1875 646 1926 647 1945 648 1832 649 1968 650 1773 651 2032 652 1892 653 1799 654 1820 655 1836 656 1814 657 1912 658 1870 659 1800 660 1924 661 1848 662 1981 663 1806 664 1810 665 1749 666 1831 667 1805 668 1710 669 1786 670 1658 671 1655 672 1705 673 1955 674 1690 675 1762 676 1812 677 1885 678 1992 679 1905 680 1886 681 1794 682 1944 683 1796 684 1922 685 1966 686 2288 687 2231 688 2168 689 2179 690 2216 691 2267 692 2360 693 2144 694 2014 695 2337 696 2533 697 2451 698 2374 699 2372 700 2596 701 2494 702 2506 703 2282 704 2349 705 2797 706 2363 707 2482 708 2197 709 2199 710 2485 711 2664 712 2936 713 2964 714 2209 715 2131 716 2552 717 2444 718 2510 719 2707 720 2320 721 2413 722 2759 723 2413 724 2301 725 2115 726 2135 727 2668 728 2337 729 3005 730 2300 731 2107 732 2267 733 2437 734 2261 735 2435 736 2247 737 2161 738 2140 739 2287 740 2022 741 2001 742 2091 743 2208 744 1952 745 2325 746 1857 747 2103 748 1926 749 1953 750 1936 751 1904 752 1864 753 1995 754 1793 755 1913 756 1742 757 1817 758 1868 759 1767 760 1756 761 1784 762 1786 763 1702 764 1683 765 1695 766 1681 767 1702 768 1527 769 1656 770 1699 771 1622 772 1603 773 1706 774 1686 775 1529 776 1645 777 1561 778 1626 779 1533 780 1649 781 1631 782 1703 783 1623 784 1628 785 1640 786 1744 787 1660 788 1726 789 1646 790 1597 791 1667 792 1609 793 1578 794 1591 795 1598 796 1556 797 1679 798 1690 799 1640 800 1659 801 1619 802 1618 803 1642 804 1686 805 1527 806 1654 807 1661 808 1754 809 1710 810 1768 811 1799 812 1674 813 1801 814 1778 815 1920 816 2051 817 1839 818 1975 819 1992 820 2148 821 2220 822 2040 823 2132 824 1919 825 1865 826 1962 827 2431 828 2105 829 1923 830 2304 831 1921 832 2585 833 2023 834 2211 835 2529 836 1875 837 2821 838 2267 839 2365 840 2769 841 2059 842 2695 843 1993 844 1942 845 2401 846 1876 847 2218 848 2127 849 2145 850 2112 851 1998 852 2778 853 2149 854 1860 855 2250 856 2183 857 2663 858 1903 859 1952 860 2159 861 2060 862 2064 863 2054 864 2042 865 2014 866 2433 867 2227 868 2252 869 2355 870 2342 871 2266 872 2536 873 2383 874 2541 875 2264 876 2542 877 2252 878 2403 879 2327 880 2350 881 2541 882 3317 883 2586 884 2678 885 2570 886 2716 887 2914 888 2769 889 2531 890 2584 891 2817 892 2818 893 2952 894 2757 895 2777 896 2730 897 2800 898 2714 899 2625 900 2785 901 3166 902 2949 903 2640 904 2973 905 2708 906 2788 907 2502 908 2613 909 2506 910 2634 911 2589 912 2780 913 2503 914 2570 915 2576 916 2622 917 2617 918 2720 919 2361 920 2421 921 2319 922 2479 923 2636 924 2335 925 2407 926 2395 927 2366 928 2575 929 2425 930 2527 931 2449 932 2459 933 2562 934 2449 935 2432 936 2633 937 2324 938 2428 939 2371 940 2221 941 2552 942 2392 943 2513 944 2345 945 2392 946 2311 947 2201 948 2353 949 2612 950 2447 951 2538 952 2448 953 2505 954 2328 955 2300 956 2314 957 2389 958 2305 959 2271 960 2206 961 2283 962 2178 963 2332 964 2426 965 2590 966 2322 967 2313 968 2301 969 2226 970 2334 971 2136 972 2298 973 2373 974 2433 975 2253 976 2368 977 2142 978 2176 979 2087 980 2164 981 2247 982 2214 983 2173 984 2168 985 2039 986 2079 987 2146 988 2116 989 2312 990 2219 991 2426 992 2236 993 2302 994 2398 995 2287 996 2091 997 2184 998 2100 999 2256 1000 2170 1001 2130 1002 2254 1003 2172 1004 2276 1005 2281 1006 2237 1007 2205 1008 2117 1009 2194 1010 2059 1011 2077 1012 2234 1013 2235 1014 2219 1015 2290 1016 2197 1017 2276 1018 2353 1019 2463 1020 2007 1021 2189 1022 2216 1023 2314 1024 2453 1025 2480 1026 2297 1027 2343 1028 2624 1029 2537 1030 2357 1031 2354 1032 2607 1033 2281 1034 2256 1035 2339 1036 2725 1037 2427 1038 2628 1039 2501 1040 2590 1041 2755 1042 2400 1043 2525 1044 2344 1045 2356 1046 2543 1047 2455 1048 2675 1049 2526 1050 2245 1051 2557 1052 2479 1053 2197 1054 2525 1055 2454 1056 2497 1057 2283 1058 2423 1059 2436 1060 2332 1061 2326 1062 2546 1063 2245 1064 2148 1065 2293 1066 2345 1067 2163 1068 2506 1069 2205 1070 2665 1071 2272 1072 2197 1073 2146 1074 2157 1075 2173 1076 2105 1077 2288 1078 2447 1079 2391 1080 2290 1081 2099 1082 2804 1083 2242 1084 2502 1085 2370 1086 2358 1087 2259 1088 2351 1089 2283 1090 2578 1091 2507 1092 2555 1093 2408 1094 2333 1095 2168 1096 2333 1097 2292 1098 2499 1099 2510 1100 2361 1101 2405 1102 2687 1103 2504 1104 2505 1105 2959 1106 2469 1107 2404 1108 2774 1109 2780 1110 3067 1111 2879 1112 3043 1113 2838 1114 3145 1115 3057 1116 3005 1117 3523 1118 3341 1119 3470 1120 3360 1121 3215 1122 3541 1123 3812 1124 4287 1125 4168 1126 4166 1127 4444 1128 3659 1129 3755 1130 3605 1131 4020 1132 3967 1133 4206 1134 4622 1135 4456 1136 4236 1137 3860 1138 4196 1139 3971 1140 3873 1141 3866 1142 4257 1143 4287 1144 4437 1145 4305 1146 4538 1147 4414 1148 4929 1149 4111 1150 3270 1151 3796 1152 3457 1153 3906 1154 4017 1155 4500 1156 3849 1157 3200 1158 3629 1159 3722 1160 3415 1161 3701 1162 3703 1163 4301 1164 3913 1165 3789 1166 3836 1167 4228 1168 3975 1169 4361 1170 4255 1171 3785 1172 3831 1173 3496 1174 4122 1175 3810 1176 3840 1177 4314 1178 3543 1179 4698 1180 4060 1181 4175 1182 4092 1183 4145 1184 4362 1185 4208 1186 4381 1187 5289 1188 4766 1189 5002 1190 4515 1191 4430 1192 4509 1193 4292 1194 4676 1195 4245 1196 4287 1197 4144 1198 4113 1199 4111 1200 4089 1201 4949 1202 3675 1203 3807 1204 3643 1205 4211 1206 3832 1207 3615 1208 3718 1209 4278 1210 3541 1211 4190 1212 3169 1213 3597 1214 3820 1215 3497 1216 3779 1217 3714 1218 3845 1219 3089 1220 3101 1221 3111 1222 3016 1223 2710 1224 3101 1225 3162 1226 2894 1227 3089 1228 3163 1229 3036 1230 2850 1231 2934 1232 2802 1233 3021 1234 2411 1235 2838 1236 2468 1237 2387 1238 2435 1239 2549 1240 2261 1241 2128 1242 1852 1243 2004 1244 2029 1245 2158 1246 2481 1247 2396 1248 2130 1249 2145 1250 1843 1251 1925 1252 2062 1253 2084 1254 2008 1255 2124 1256 2047 1257 2009 1258 1951 1259 1958 1260 2078 1261 2048 1262 2016 1263 2349 1264 2024 1265 2005 1266 1986 1267 2035 1268 2268 1269 2302 1270 2135 1271 2282 1272 2183 1273 2133 1274 2382 1275 2053 1276 2052 1277 2062 1278 2206 1279 2254 1280 2405 1281 2362 1282 2481 1283 2051 1284 2201 1285 2586 1286 2264 1287 2230 1288 2264 1289 1985 1290 2204 1291 1987 1292 2331 1293 2584 1294 2138 1295 2191 1296 1998 1297 2220 1298 1968 1299 1890 1300 1808 1301 1792 1302 1948 1303 1974 1304 1839 1305 1868 1306 1652 1307 1568 1308 1718 1309 1876 1310 1729 1311 1690 1312 1935 1313 1768 1314 1822 1315 1705 1316 1615 1317 1549 1318 1564 1319 1520 1320 1547 1321 1368 1322 1592 1323 1560 1324 1629 1325 1478 1326 1296 1327 1410 1328 1287 1329 1345 1330 1193 1331 1265 1332 1256 1333 1335 1334 1356 1335 1396 1336 1206 1337 1159 1338 1221 1339 1242 1340 1285 1341 1247 1342 1372 1343 1159 1344 1260 1345 1181 1346 1142 1347 1173 1348 1134 1349 1211 1350 1236 1351 1140 1352 1189 1353 1209 1354 1199 1355 1221 1356 1133 1357 1146 1358 1084 1359 1133 1360 1052 1361 1200 1362 1123 1363 1158 1364 1072 1365 1127 1366 1103 1367 1188 1368 1133 1369 1062 1370 1066 1371 1107 1372 1113 1373 1171 1374 1195 1375 1096 1376 1091 1377 1058 1378 1043 1379 1056 1380 1075 1381 1204 1382 1080 1383 1141 1384 1090 1385 1116 1386 1101 1387 1000 1388 1078 1389 1048 1390 1080 1391 1123 1392 1064 1393 1028 1394 1071 1395 974 1396 1049 1397 1024 1398 1038 1399 940 1400 965 1401 984 1402 1055 1403 1027 1404 1077 1405 1012 1406 945 1407 920 1408 908 1409 1049 1410 940 1411 1019 1412 1076 1413 953 1414 960 1415 947 1416 1053 1417 926 1418 940 1419 1048 1420 945 1421 935 1422 965 1423 1038 1424 970 1425 1068 1426 977 1427 1026 1428 1048 1429 1000 1430 967 1431 1027 1432 1091 1433 1140 1434 1036 1435 1043 1436 991 1437 995 1438 1099 1439 1112 1440 1139 1441 1077 1442 1091 1443 1133 1444 1058 1445 1095 1446 1174 1447 1147 1448 1277 1449 1171 1450 1257 1451 1147 1452 1084 1453 1230 1454 1161 1455 1212 1456 1229 1457 1267 1458 1281 1459 1206 1460 1250 1461 1273 1462 1256 1463 1287 1464 1440 1465 1382 1466 1415 1467 1432 1468 1390 1469 1416 1470 1453 1471 1592 1472 1635 1473 1547 1474 1616 1475 1640 1476 1605 1477 1589 1478 1753 1479 1744 1480 1842 1481 1669 1482 1782 1483 1778 1484 1805 1485 1767 1486 1805 1487 1879 1488 1819 1489 1789 1490 1817 1491 1886 1492 1871 1493 1961 1494 1986 1495 1962 1496 1905 1497 2165 1498 2108 1499 2358 1500 2176 1501 2146 1502 2015 1503 2258 1504 2078 1505 2157 1506 2538 1507 2392 1508 2397 1509 2212 1510 2343 1511 2280 1512 2157 1513 2581 1514 2285 1515 2135 1516 2460 1517 2365 1518 2548 1519 2299 1520 2262 1521 2282 1522 2330 1523 2189 1524 2165 1525 2384 1526 2361 1527 2254 1528 2345 1529 2235 1530 2221 1531 2340 1532 2388 1533 2454 1534 2193 1535 2429 1536 2331 1537 2291 1538 2256 1539 2572 1540 2482 1541 2340 1542 2223 1543 2284 1544 2255 1545 2247 1546 2289 1547 2204 1548 2005 1549 2143 1550 2082 1551 2223 1552 2060 1553 2103 1554 2047 1555 2033 1556 1972 1557 2036 1558 2133 1559 2128 1560 2188 1561 2085 1562 1975 1563 2088 1564 2113 1565 1901 1566 1928 1567 1990 1568 2060 1569 1952 1570 2022 1571 1996 1572 1825 1573 1871 1574 1889 1575 2007 1576 1912 1577 1893 1578 1842 1579 1927 1580 1874 1581 2002 1582 1881 1583 1766 1584 1736 1585 1772 1586 1872 1587 1639 1588 1784 1589 1757 1590 1813 1591 1729 1592 1608 1593 1792 1594 1603 1595 1720 1596 1950 1597 1820 1598 1767 1599 1689 1600 1767 1601 1687 1602 1613 1603 1715 1604 1556 1605 1629 1606 1690 1607 1459 1608 1503 1609 1443 1610 1614 1611 1552 1612 1550 1613 1515 1614 1500 1615 1453 1616 1530 1617 1368 1618 1558 1619 1497 1620 1524