## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/WT6_hist.pdf INPUT=WT6_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/WT6_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:52:15 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 186 87 35 152186127 240.720151 227.223535 4318204 FR 51 91 123 149 175 245 1197 2445 5051 27701 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 17 36 16 37 27 38 25 39 44 40 44 41 43 42 65 43 121 44 181 45 188 46 187 47 208 48 255 49 328 50 295 51 336 52 396 53 431 54 485 55 557 56 575 57 671 58 709 59 849 60 963 61 1030 62 1184 63 1393 64 1522 65 1611 66 1793 67 1997 68 2204 69 2576 70 2802 71 3318 72 3631 73 4104 74 4485 75 5071 76 5298 77 6054 78 6577 79 7142 80 7851 81 8508 82 9537 83 10473 84 11325 85 12273 86 13022 87 13781 88 14975 89 15732 90 16596 91 18111 92 18888 93 20418 94 21297 95 22283 96 23241 97 24217 98 25180 99 25940 100 26419 101 27239 102 28620 103 29072 104 29670 105 30390 106 30778 107 31153 108 30979 109 30992 110 31363 111 31271 112 31241 113 31372 114 30949 115 31390 116 30928 117 30900 118 30767 119 30597 120 30111 121 29801 122 29197 123 28538 124 28648 125 27767 126 27644 127 27781 128 26477 129 26547 130 25625 131 25170 132 24336 133 23920 134 23790 135 23044 136 23143 137 22420 138 22359 139 21498 140 20687 141 20368 142 20221 143 19593 144 19271 145 18727 146 18268 147 17935 148 17805 149 17403 150 16952 151 16604 152 16163 153 16033 154 15446 155 15085 156 14768 157 14470 158 14139 159 14035 160 13781 161 13170 162 12873 163 12948 164 12399 165 12051 166 11914 167 12100 168 11724 169 11520 170 11345 171 10808 172 10740 173 10401 174 10301 175 10139 176 9631 177 9480 178 9401 179 9181 180 8912 181 8736 182 8915 183 8539 184 8767 185 8246 186 8315 187 8103 188 7980 189 7734 190 7437 191 7676 192 7403 193 7314 194 7035 195 6991 196 6921 197 6695 198 6549 199 6675 200 6577 201 6505 202 6310 203 6441 204 6227 205 5935 206 6082 207 5904 208 5696 209 5810 210 5669 211 5490 212 5410 213 5353 214 5347 215 5104 216 4986 217 4940 218 4950 219 4900 220 4821 221 4763 222 4742 223 4594 224 4286 225 4456 226 4318 227 4301 228 4106 229 4104 230 4262 231 3911 232 4059 233 3862 234 3933 235 3785 236 3783 237 3788 238 3682 239 3662 240 3507 241 3386 242 3366 243 3340 244 3233 245 3056 246 3079 247 3106 248 3114 249 3034 250 2991 251 2975 252 2860 253 2788 254 2801 255 2764 256 2691 257 2718 258 2574 259 2692 260 2561 261 2511 262 2506 263 2458 264 2324 265 2268 266 2308 267 2304 268 2310 269 2297 270 2142 271 2130 272 2094 273 2071 274 2050 275 2089 276 1994 277 1999 278 1950 279 1963 280 1954 281 1914 282 1881 283 1888 284 1801 285 1808 286 1852 287 1757 288 1801 289 1780 290 1664 291 1680 292 1714 293 1605 294 1632 295 1678 296 1581 297 1455 298 1553 299 1560 300 1470 301 1527 302 1530 303 1536 304 1518 305 1448 306 1525 307 1409 308 1402 309 1389 310 1372 311 1296 312 1344 313 1369 314 1323 315 1344 316 1315 317 1321 318 1348 319 1303 320 1245 321 1333 322 1336 323 1242 324 1268 325 1248 326 1227 327 1220 328 1219 329 1208 330 1162 331 1152 332 1167 333 1191 334 1138 335 1138 336 1117 337 1148 338 1094 339 1135 340 1122 341 1087 342 1130 343 1111 344 1098 345 1085 346 1067 347 1045 348 1136 349 1055 350 1052 351 1052 352 1070 353 1002 354 1035 355 1008 356 1019 357 986 358 981 359 991 360 983 361 980 362 992 363 926 364 967 365 990 366 970 367 959 368 944 369 935 370 979 371 872 372 954 373 947 374 932 375 953 376 967 377 898 378 927 379 942 380 867 381 912 382 971 383 937 384 897 385 966 386 862 387 927 388 967 389 913 390 883 391 909 392 881 393 983 394 918 395 930 396 935 397 930 398 922 399 983 400 929 401 968 402 925 403 981 404 923 405 994 406 1007 407 995 408 1001 409 1037 410 979 411 1030 412 1071 413 1109 414 1047 415 1073 416 1132 417 1098 418 1067 419 1120 420 1176 421 1305 422 1246 423 1197 424 1146 425 1299 426 1212 427 1277 428 1154 429 1289 430 1278 431 1265 432 1465 433 1305 434 1256 435 1185 436 1304 437 1141 438 1174 439 1117 440 1225 441 1129 442 1284 443 1296 444 1240 445 1218 446 1181 447 1159 448 1222 449 1239 450 1205 451 1223 452 1204 453 1212 454 1171 455 1155 456 1300 457 1297 458 1274 459 1314 460 1199 461 1122 462 1184 463 1198 464 1189 465 1180 466 1147 467 1217 468 1101 469 1179 470 1124 471 1163 472 1139 473 1090 474 1207 475 1176 476 1215 477 1113 478 1074 479 1139 480 1142 481 1097 482 1168 483 1136 484 1170 485 1205 486 1160 487 1140 488 1055 489 1053 490 1053 491 1153 492 1089 493 1061 494 1081 495 1114 496 1120 497 1031 498 1054 499 1119 500 945 501 967 502 1002 503 1018 504 990 505 1001 506 996 507 983 508 1006 509 1014 510 924 511 869 512 1023 513 908 514 900 515 947 516 915 517 946 518 871 519 860 520 817 521 898 522 915 523 889 524 884 525 896 526 858 527 865 528 882 529 869 530 950 531 974 532 892 533 829 534 804 535 848 536 930 537 844 538 941 539 872 540 886 541 872 542 851 543 839 544 789 545 834 546 854 547 878 548 830 549 814 550 845 551 869 552 854 553 818 554 732 555 720 556 767 557 756 558 714 559 761 560 712 561 733 562 760 563 798 564 757 565 749 566 672 567 752 568 717 569 768 570 729 571 749 572 736 573 735 574 706 575 687 576 692 577 665 578 721 579 711 580 734 581 642 582 714 583 714 584 655 585 710 586 667 587 723 588 756 589 682 590 703 591 631 592 681 593 670 594 702 595 708 596 680 597 680 598 700 599 686 600 678 601 679 602 615 603 673 604 686 605 669 606 681 607 644 608 635 609 640 610 630 611 614 612 619 613 588 614 643 615 590 616 623 617 630 618 618 619 609 620 646 621 646 622 577 623 683 624 601 625 642 626 665 627 646 628 621 629 645 630 699 631 719 632 649 633 690 634 647 635 688 636 700 637 660 638 705 639 661 640 750 641 691 642 695 643 692 644 714 645 696 646 730 647 681 648 720 649 640 650 668 651 701 652 751 653 686 654 761 655 696 656 679 657 754 658 682 659 703 660 719 661 738 662 671 663 725 664 755 665 739 666 687 667 777 668 743 669 684 670 694 671 751 672 787 673 709 674 735 675 820 676 761 677 794 678 752 679 726 680 725 681 769 682 733 683 809 684 836 685 827 686 802 687 788 688 765 689 797 690 767 691 736 692 704 693 769 694 722 695 776 696 757 697 783 698 740 699 702 700 744 701 730 702 752 703 620 704 678 705 724 706 680 707 711 708 687 709 639 710 713 711 645 712 699 713 681 714 655 715 638 716 626 717 629 718 637 719 640 720 592 721 610 722 655 723 625 724 634 725 647 726 618 727 682 728 649 729 662 730 530 731 627 732 639 733 682 734 667 735 632 736 606 737 636 738 586 739 556 740 651 741 597 742 567 743 576 744 619 745 642 746 663 747 644 748 661 749 683 750 683 751 652 752 604 753 541 754 683 755 609 756 639 757 638 758 631 759 625 760 663 761 625 762 649 763 704 764 713 765 681 766 666 767 744 768 667 769 633 770 709 771 772 772 638 773 593 774 646 775 707 776 634 777 686 778 671 779 710 780 675 781 688 782 599 783 705 784 691 785 686 786 702 787 692 788 637 789 722 790 735 791 687 792 690 793 765 794 847 795 815 796 718 797 742 798 767 799 771 800 700 801 656 802 803 803 738 804 662 805 751 806 762 807 780 808 873 809 1037 810 854 811 880 812 839 813 973 814 982 815 876 816 854 817 926 818 1118 819 1078 820 956 821 974 822 885 823 1046 824 1043 825 829 826 989 827 882 828 932 829 896 830 793 831 831 832 805 833 952 834 787 835 791 836 848 837 830 838 1126 839 871 840 884 841 867 842 752 843 932 844 736 845 752 846 782 847 677 848 725 849 694 850 744 851 642 852 672 853 633 854 679 855 752 856 691 857 679 858 715 859 638 860 751 861 649 862 712 863 674 864 645 865 665 866 667 867 678 868 648 869 660 870 607 871 640 872 742 873 671 874 661 875 639 876 634 877 704 878 644 879 657 880 691 881 704 882 689 883 628 884 680 885 651 886 690 887 661 888 671 889 668 890 677 891 727 892 631 893 679 894 711 895 722 896 763 897 754 898 765 899 772 900 759 901 800 902 788 903 841 904 794 905 833 906 745 907 725 908 805 909 836 910 882 911 838 912 879 913 895 914 910 915 771 916 805 917 724 918 763 919 894 920 873 921 852 922 839 923 793 924 799 925 780 926 794 927 810 928 811 929 851 930 830 931 847 932 820 933 843 934 921 935 837 936 778 937 830 938 810 939 743 940 745 941 770 942 697 943 804 944 722 945 684 946 724 947 694 948 711 949 748 950 709 951 752 952 742 953 695 954 721 955 717 956 704 957 663 958 732 959 656 960 653 961 707 962 669 963 679 964 658 965 699 966 661 967 661 968 674 969 670 970 737 971 701 972 733 973 783 974 721 975 712 976 714 977 698 978 688 979 733 980 709 981 754 982 681 983 766 984 752 985 761 986 703 987 783 988 815 989 769 990 823 991 734 992 721 993 797 994 761 995 775 996 788 997 737 998 727 999 729 1000 731 1001 775 1002 813 1003 825 1004 736 1005 788 1006 722 1007 719 1008 740 1009 731 1010 819 1011 725 1012 761 1013 867 1014 806 1015 816 1016 748 1017 762 1018 763 1019 679 1020 709 1021 653 1022 708 1023 724 1024 784 1025 764 1026 785 1027 683 1028 753 1029 709 1030 716 1031 836 1032 715 1033 709 1034 706 1035 733 1036 697 1037 730 1038 751 1039 762 1040 661 1041 714 1042 669 1043 710 1044 669 1045 703 1046 645 1047 663 1048 691 1049 600 1050 682 1051 687 1052 677 1053 619 1054 696 1055 682 1056 669