## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/WT5_hist.pdf INPUT=WT5_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/WT5_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:48:14 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 185 86 35 177126083 238.180833 224.056488 4276608 FR 51 91 121 147 173 241 1189 2431 5029 27573 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 15 36 27 37 21 38 33 39 47 40 26 41 40 42 87 43 109 44 169 45 192 46 200 47 216 48 232 49 264 50 310 51 353 52 372 53 379 54 467 55 516 56 592 57 645 58 753 59 841 60 911 61 1012 62 1173 63 1400 64 1446 65 1665 66 1906 67 2047 68 2260 69 2496 70 2796 71 3161 72 3599 73 4024 74 4459 75 5043 76 5579 77 6002 78 6530 79 7134 80 8114 81 8632 82 9411 83 10539 84 11355 85 12471 86 13238 87 13676 88 14804 89 15926 90 16492 91 18174 92 18977 93 20285 94 21435 95 22431 96 23067 97 24400 98 25154 99 26176 100 26855 101 27049 102 28293 103 28979 104 29578 105 30348 106 30535 107 30962 108 31236 109 31106 110 31286 111 31320 112 30912 113 31431 114 30818 115 31491 116 30992 117 30452 118 30899 119 30687 120 29971 121 29783 122 28872 123 28222 124 28332 125 27741 126 27408 127 27799 128 26316 129 26363 130 25700 131 25136 132 24165 133 23901 134 23275 135 22925 136 23178 137 22482 138 21846 139 21162 140 20525 141 20316 142 20094 143 19270 144 19167 145 18340 146 18133 147 17741 148 17570 149 16984 150 16831 151 16435 152 16147 153 16235 154 15186 155 14975 156 14768 157 14511 158 14045 159 13832 160 13679 161 13189 162 12824 163 12596 164 12260 165 12082 166 11916 167 11734 168 11385 169 11333 170 11069 171 10738 172 10460 173 10392 174 10156 175 9812 176 9573 177 9200 178 9287 179 9078 180 8849 181 9024 182 8748 183 8385 184 8663 185 8166 186 8050 187 7936 188 7760 189 7591 190 7373 191 7471 192 7436 193 7206 194 7032 195 7006 196 6756 197 6768 198 6596 199 6532 200 6413 201 6320 202 6312 203 6238 204 6148 205 5864 206 5795 207 5746 208 5763 209 5588 210 5757 211 5381 212 5219 213 5286 214 5248 215 5143 216 5010 217 4884 218 4883 219 4835 220 4649 221 4568 222 4556 223 4571 224 4337 225 4318 226 4167 227 4243 228 4163 229 4090 230 4072 231 4014 232 3967 233 3774 234 3728 235 3727 236 3754 237 3648 238 3721 239 3412 240 3453 241 3397 242 3219 243 3217 244 3190 245 3081 246 3131 247 3126 248 2943 249 2953 250 2966 251 2868 252 2746 253 2687 254 2737 255 2723 256 2635 257 2641 258 2539 259 2455 260 2558 261 2487 262 2463 263 2438 264 2347 265 2294 266 2288 267 2165 268 2118 269 2084 270 2159 271 2113 272 2009 273 2096 274 2009 275 2039 276 1946 277 1995 278 1919 279 1909 280 1837 281 1869 282 1794 283 1806 284 1733 285 1716 286 1743 287 1642 288 1775 289 1644 290 1685 291 1593 292 1573 293 1578 294 1544 295 1503 296 1458 297 1511 298 1501 299 1445 300 1475 301 1448 302 1462 303 1408 304 1486 305 1451 306 1488 307 1377 308 1314 309 1397 310 1430 311 1338 312 1294 313 1396 314 1270 315 1343 316 1311 317 1290 318 1293 319 1305 320 1317 321 1279 322 1225 323 1192 324 1198 325 1217 326 1216 327 1204 328 1253 329 1141 330 1188 331 1193 332 1132 333 1088 334 1106 335 1132 336 1097 337 1091 338 1056 339 1069 340 1101 341 1100 342 1067 343 1057 344 1088 345 1028 346 1061 347 1054 348 1058 349 1006 350 1052 351 963 352 1088 353 1022 354 999 355 975 356 1004 357 1003 358 1019 359 966 360 999 361 926 362 927 363 934 364 983 365 950 366 951 367 954 368 957 369 951 370 921 371 950 372 941 373 944 374 922 375 915 376 899 377 976 378 969 379 955 380 865 381 878 382 877 383 884 384 884 385 912 386 877 387 892 388 900 389 878 390 868 391 893 392 869 393 898 394 892 395 902 396 918 397 893 398 923 399 908 400 930 401 1026 402 939 403 922 404 921 405 915 406 949 407 1004 408 958 409 958 410 938 411 1021 412 997 413 1087 414 1038 415 1103 416 1114 417 1088 418 1053 419 1115 420 1164 421 1279 422 1172 423 1220 424 1158 425 1241 426 1225 427 1247 428 1222 429 1267 430 1223 431 1277 432 1496 433 1253 434 1214 435 1179 436 1255 437 1162 438 1190 439 1116 440 1114 441 1108 442 1187 443 1277 444 1181 445 1182 446 1148 447 1127 448 1095 449 1289 450 1161 451 1206 452 1224 453 1183 454 1212 455 1193 456 1256 457 1252 458 1330 459 1225 460 1230 461 1131 462 1145 463 1155 464 1121 465 1081 466 1106 467 1158 468 1110 469 1124 470 1064 471 1153 472 1084 473 1086 474 1141 475 1217 476 1238 477 1034 478 1076 479 1188 480 1094 481 1098 482 1134 483 1149 484 1100 485 1218 486 1076 487 1091 488 1060 489 1072 490 1003 491 1081 492 1085 493 1069 494 1058 495 1105 496 1102 497 1036 498 1067 499 1050 500 1037 501 969 502 979 503 959 504 1009 505 996 506 916 507 967 508 947 509 972 510 904 511 853 512 890 513 870 514 938 515 884 516 912 517 923 518 843 519 866 520 906 521 867 522 887 523 877 524 842 525 868 526 833 527 832 528 850 529 898 530 911 531 875 532 818 533 842 534 824 535 849 536 852 537 867 538 874 539 818 540 867 541 893 542 876 543 814 544 818 545 809 546 877 547 862 548 882 549 824 550 795 551 813 552 837 553 852 554 728 555 801 556 758 557 723 558 808 559 763 560 801 561 690 562 734 563 764 564 722 565 699 566 692 567 773 568 722 569 763 570 698 571 709 572 707 573 717 574 718 575 660 576 656 577 694 578 721 579 676 580 697 581 653 582 705 583 743 584 716 585 718 586 647 587 702 588 681 589 664 590 683 591 652 592 629 593 756 594 706 595 641 596 662 597 587 598 626 599 633 600 651 601 633 602 648 603 666 604 602 605 607 606 724 607 693 608 650 609 581 610 580 611 644 612 572 613 630 614 633 615 571 616 630 617 694 618 586 619 604 620 616 621 604 622 620 623 659 624 599 625 626 626 638 627 635 628 674 629 678 630 673 631 736 632 660 633 641 634 650 635 646 636 728 637 659 638 706 639 713 640 692 641 728 642 631 643 647 644 673 645 701 646 677 647 729 648 723 649 643 650 762 651 694 652 726 653 698 654 810 655 696 656 733 657 724 658 724 659 762 660 697 661 728 662 685 663 719 664 726 665 762 666 704 667 700 668 689 669 686 670 689 671 754 672 784 673 711 674 696 675 720 676 715 677 777 678 691 679 734 680 730 681 809 682 788 683 789 684 845 685 800 686 870 687 818 688 725 689 701 690 720 691 700 692 682 693 759 694 679 695 773 696 762 697 778 698 678 699 652 700 767 701 732 702 737 703 661 704 662 705 691 706 699 707 717 708 652 709 684 710 633 711 650 712 648 713 698 714 631 715 600 716 619 717 638 718 639 719 604 720 594 721 630 722 614 723 606 724 656 725 642 726 606 727 609 728 648 729 593 730 528 731 619 732 601 733 619 734 679 735 636 736 573 737 554 738 612 739 588 740 566 741 619 742 581 743 588 744 644 745 690 746 651 747 635 748 650 749 715 750 664 751 601 752 614 753 552 754 695 755 616 756 661 757 632 758 620 759 616 760 618 761 664 762 624 763 698 764 674 765 691 766 616 767 643 768 725 769 677 770 661 771 750 772 611 773 647 774 634 775 687 776 607 777 668 778 649 779 694 780 672 781 672 782 607 783 706 784 694 785 791 786 687 787 728 788 692 789 703 790 779 791 763 792 694 793 695 794 726 795 752 796 682 797 730 798 785 799 755 800 769 801 705 802 789 803 698 804 704 805 718 806 794 807 734 808 864 809 969 810 876 811 845 812 855 813 939 814 963 815 942 816 842 817 862 818 1162 819 1103 820 1007 821 976 822 907 823 1109 824 1053 825 806 826 915 827 945 828 922 829 867 830 695 831 842 832 801 833 872 834 844 835 805 836 818 837 875 838 1080 839 829 840 900 841 844 842 836 843 838 844 724 845 729 846 732 847 661 848 669 849 662 850 702 851 633 852 671 853 647 854 707 855 755 856 729 857 704 858 762 859 677 860 740 861 760 862 644 863 681 864 612 865 611 866 646 867 703 868 618 869 623 870 598 871 639 872 730 873 721 874 627 875 610 876 645 877 694 878 634 879 678 880 681 881 643 882 654 883 682 884 640 885 617 886 645 887 650 888 625 889 649 890 677 891 686 892 618 893 699 894 680 895 721 896 768 897 686 898 726 899 789 900 719 901 841 902 810 903 804 904 868 905 833 906 746 907 740 908 719 909 793 910 872 911 849 912 882 913 944 914 864 915 809 916 812 917 813 918 753 919 871 920 858 921 837 922 833 923 741 924 829 925 743 926 758 927 788 928 776 929 831 930 827 931 857 932 801 933 910 934 883 935 763 936 829 937 816 938 793 939 776 940 757 941 742 942 728 943 699 944 699 945 666 946 704 947 686 948 716 949 756 950 719 951 750 952 714 953 760 954 683 955 683 956 723 957 649 958 699 959 625 960 655 961 622 962 661 963 662 964 668 965 639 966 667 967 640 968 709 969 702 970 744 971 718 972 753 973 696 974 684 975 690 976 713 977 661 978 696 979 739 980 749 981 738 982 711 983 767 984 778 985 762 986 726 987 771 988 785 989 772 990 766 991 730 992 678 993 705 994 707 995 751 996 800 997 743 998 733 999 707 1000 730 1001 704 1002 787 1003 768 1004 766 1005 755 1006 739 1007 736 1008 768 1009 720 1010 794 1011 768 1012 733 1013 812 1014 780 1015 854 1016 773 1017 728 1018 726 1019 690 1020 686 1021 709 1022 707 1023 699 1024 758 1025 781 1026 771 1027 668 1028 835 1029 751 1030 694 1031 788 1032 711 1033 719 1034 738 1035 666 1036 679 1037 734 1038 694 1039 763 1040 687 1041 703 1042 667 1043 759 1044 697 1045 641