## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/WT12_hist.pdf INPUT=WT12_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/WT12_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:51:41 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 181 80 35 165464997 225.596519 201.744868 3867366 FR 45 81 109 135 161 213 1073 2297 4887 27501 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 9 36 12 37 14 38 12 39 27 40 29 41 33 42 58 43 92 44 131 45 144 46 121 47 154 48 174 49 183 50 197 51 223 52 242 53 297 54 312 55 357 56 386 57 417 58 445 59 583 60 661 61 711 62 807 63 907 64 1053 65 1194 66 1253 67 1397 68 1620 69 1690 70 2012 71 2364 72 2633 73 2955 74 3247 75 3703 76 3992 77 4472 78 4858 79 5441 80 6005 81 6456 82 7289 83 8095 84 8791 85 9691 86 10419 87 10948 88 11650 89 12502 90 13117 91 14646 92 15782 93 16628 94 17812 95 18738 96 19423 97 20475 98 21132 99 22406 100 22991 101 23780 102 24618 103 25454 104 26349 105 26912 106 27647 107 27728 108 27963 109 28120 110 28703 111 28309 112 28269 113 28490 114 28403 115 29097 116 28845 117 29060 118 28940 119 29130 120 28094 121 28312 122 27338 123 26834 124 26764 125 26122 126 26104 127 26235 128 25811 129 25559 130 24662 131 23974 132 23252 133 22881 134 22696 135 21961 136 22278 137 21572 138 21347 139 20593 140 19775 141 19934 142 19698 143 19266 144 18821 145 18058 146 17675 147 17559 148 17289 149 16871 150 16579 151 16089 152 15931 153 15823 154 14973 155 14706 156 14759 157 14211 158 13642 159 13537 160 13224 161 12773 162 12399 163 12224 164 11935 165 11667 166 11838 167 11623 168 11429 169 11003 170 11026 171 10448 172 10318 173 10115 174 9699 175 9516 176 9297 177 9061 178 8910 179 8678 180 8642 181 8227 182 8376 183 8185 184 8190 185 7854 186 7791 187 7730 188 7379 189 7202 190 7276 191 7125 192 6869 193 6839 194 6607 195 6511 196 6399 197 6359 198 6240 199 6150 200 6131 201 6087 202 5927 203 5804 204 5958 205 5595 206 5567 207 5459 208 5437 209 5338 210 5271 211 5121 212 4984 213 4851 214 4844 215 4822 216 4555 217 4461 218 4449 219 4473 220 4478 221 4292 222 4454 223 4191 224 4064 225 3986 226 3929 227 3897 228 3847 229 3849 230 3763 231 3761 232 3654 233 3507 234 3559 235 3429 236 3353 237 3347 238 3349 239 3221 240 3247 241 3070 242 3029 243 2888 244 2864 245 2904 246 2879 247 2804 248 2702 249 2693 250 2744 251 2685 252 2629 253 2523 254 2525 255 2553 256 2463 257 2349 258 2338 259 2382 260 2202 261 2279 262 2168 263 2179 264 2041 265 2094 266 2049 267 2036 268 1945 269 1913 270 1865 271 1934 272 1879 273 1842 274 1795 275 1886 276 1748 277 1807 278 1828 279 1741 280 1702 281 1710 282 1640 283 1575 284 1567 285 1567 286 1574 287 1484 288 1519 289 1535 290 1396 291 1430 292 1455 293 1368 294 1400 295 1365 296 1344 297 1303 298 1301 299 1314 300 1320 301 1322 302 1277 303 1354 304 1245 305 1318 306 1211 307 1266 308 1240 309 1271 310 1221 311 1183 312 1129 313 1136 314 1114 315 1110 316 1099 317 1169 318 1126 319 1073 320 1128 321 1116 322 1100 323 1122 324 1096 325 1003 326 1082 327 1054 328 1071 329 1053 330 1029 331 972 332 999 333 972 334 1012 335 992 336 1004 337 997 338 985 339 934 340 942 341 989 342 968 343 979 344 934 345 958 346 930 347 945 348 983 349 923 350 984 351 878 352 954 353 911 354 912 355 893 356 910 357 853 358 924 359 882 360 904 361 847 362 864 363 914 364 830 365 886 366 830 367 833 368 866 369 804 370 840 371 872 372 903 373 815 374 814 375 775 376 847 377 823 378 779 379 807 380 778 381 787 382 768 383 835 384 773 385 784 386 800 387 792 388 809 389 823 390 788 391 774 392 787 393 831 394 771 395 850 396 770 397 814 398 793 399 847 400 814 401 823 402 824 403 853 404 812 405 893 406 827 407 854 408 853 409 941 410 897 411 846 412 853 413 910 414 838 415 958 416 966 417 919 418 898 419 927 420 997 421 1091 422 1091 423 1036 424 1006 425 1101 426 1075 427 1109 428 1026 429 1147 430 1057 431 1098 432 1434 433 1178 434 1083 435 1017 436 1088 437 999 438 1050 439 945 440 970 441 1103 442 1062 443 1113 444 1078 445 1041 446 1026 447 1021 448 972 449 980 450 938 451 1092 452 1030 453 1011 454 1056 455 1050 456 1170 457 1114 458 1168 459 1121 460 1066 461 1024 462 1053 463 1017 464 996 465 972 466 969 467 1051 468 917 469 999 470 969 471 1065 472 1002 473 927 474 978 475 1027 476 1021 477 963 478 979 479 982 480 929 481 1013 482 1004 483 1029 484 991 485 1006 486 952 487 974 488 907 489 949 490 885 491 956 492 972 493 972 494 921 495 980 496 944 497 891 498 979 499 935 500 922 501 838 502 833 503 916 504 845 505 858 506 836 507 847 508 857 509 797 510 843 511 726 512 868 513 741 514 790 515 757 516 805 517 795 518 749 519 767 520 801 521 867 522 756 523 761 524 711 525 770 526 739 527 748 528 779 529 770 530 782 531 767 532 763 533 752 534 762 535 737 536 822 537 770 538 726 539 743 540 714 541 730 542 717 543 723 544 694 545 735 546 712 547 748 548 760 549 779 550 737 551 735 552 776 553 729 554 684 555 690 556 686 557 610 558 666 559 697 560 687 561 692 562 680 563 658 564 689 565 695 566 632 567 682 568 647 569 684 570 693 571 641 572 634 573 604 574 643 575 655 576 590 577 563 578 620 579 572 580 621 581 585 582 616 583 676 584 640 585 626 586 604 587 648 588 650 589 578 590 578 591 562 592 538 593 600 594 624 595 600 596 598 597 565 598 621 599 549 600 554 601 588 602 593 603 548 604 601 605 582 606 567 607 604 608 583 609 552 610 545 611 599 612 544 613 595 614 604 615 530 616 515 617 553 618 549 619 515 620 531 621 588 622 561 623 607 624 504 625 568 626 560 627 590 628 576 629 549 630 570 631 622 632 589 633 575 634 589 635 587 636 642 637 612 638 627 639 630 640 623 641 571 642 601 643 635 644 578 645 608 646 628 647 640 648 681 649 566 650 633 651 631 652 689 653 587 654 689 655 643 656 700 657 628 658 619 659 623 660 638 661 677 662 635 663 625 664 655 665 709 666 632 667 625 668 651 669 612 670 695 671 694 672 700 673 666 674 642 675 764 676 666 677 677 678 627 679 692 680 643 681 714 682 650 683 709 684 698 685 705 686 714 687 791 688 652 689 689 690 693 691 633 692 602 693 631 694 634 695 688 696 653 697 710 698 650 699 576 700 688 701 615 702 692 703 604 704 646 705 647 706 633 707 684 708 630 709 605 710 615 711 608 712 645 713 603 714 574 715 557 716 634 717 549 718 592 719 534 720 537 721 544 722 607 723 541 724 630 725 568 726 564 727 559 728 565 729 592 730 505 731 546 732 589 733 555 734 592 735 602 736 526 737 497 738 537 739 545 740 559 741 544 742 530 743 516 744 518 745 536 746 544 747 509 748 564 749 613 750 602 751 546 752 528 753 511 754 590 755 541 756 589 757 540 758 542 759 497 760 568 761 578 762 603 763 616 764 629 765 641 766 559 767 603 768 562 769 589 770 594 771 653 772 542 773 572 774 577 775 617 776 551 777 618 778 579 779 629 780 597 781 610 782 590 783 596 784 630 785 630 786 639 787 616 788 633 789 663 790 641 791 608 792 621 793 634 794 644 795 679 796 661 797 638 798 639 799 608 800 642 801 623 802 698 803 651 804 628 805 646 806 667 807 665 808 749 809 844 810 743 811 714 812 794 813 845 814 902 815 790 816 731 817 813 818 986 819 920 820 837 821 849 822 775 823 934 824 918 825 730 826 836 827 781 828 827 829 723 830 688 831 767 832 705 833 780 834 767 835 716 836 781 837 738 838 939 839 787 840 818 841 721 842 661 843 819 844 625 845 743 846 676 847 614 848 677 849 645 850 699 851 541 852 575 853 576 854 650 855 710 856 618 857 590 858 652 859 618 860 648 861 633 862 592 863 642 864 557 865 560 866 548 867 573 868 564 869 595 870 557 871 537 872 567 873 556 874 605 875 592 876 552 877 585 878 559 879 543 880 627 881 605 882 599 883 567 884 556 885 599 886 585 887 547 888 603 889 604 890 614 891 602 892 580 893 633 894 651 895 642 896 626 897 640 898 649 899 636 900 656 901 651 902 673 903 688 904 658 905 706 906 667 907 624 908 697 909 716 910 791 911 741 912 735 913 783 914 782 915 658 916 740 917 712 918 671 919 768 920 771 921 805 922 805 923 765 924 728 925 691 926 681 927 679 928 716 929 783 930 715 931 845 932 769 933 759 934 778 935 693 936 690 937 680 938 725 939 633 940 646 941 657 942 650 943 685 944 708 945 618 946 649 947 625 948 644 949 641 950 632 951 687 952 624 953 735 954 632 955 659 956 610 957 627 958 606 959 605 960 593 961 663 962 625 963 626 964 560 965 628 966 611 967 570 968 597 969 630 970 699 971 666 972 617 973 637 974 591 975 648 976 568 977 564 978 615 979 603 980 603 981 583