## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/WT11_hist.pdf INPUT=WT11_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/WT11_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:46:53 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 182 81 35 158365854 227.713277 205.054059 3924239 FR 45 81 111 137 163 215 1077 2307 4903 27563 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 8 36 7 37 15 38 17 39 20 40 26 41 24 42 59 43 101 44 140 45 144 46 128 47 142 48 133 49 196 50 180 51 219 52 286 53 284 54 309 55 330 56 421 57 452 58 504 59 589 60 630 61 770 62 814 63 910 64 1058 65 1152 66 1312 67 1441 68 1625 69 1807 70 1911 71 2407 72 2580 73 2907 74 3214 75 3796 76 4121 77 4463 78 4965 79 5476 80 6034 81 6539 82 7384 83 8300 84 8816 85 9700 86 10405 87 10960 88 12018 89 12620 90 13514 91 14608 92 15861 93 16785 94 17629 95 18573 96 20063 97 20648 98 21592 99 22459 100 23499 101 24150 102 25432 103 25543 104 26375 105 27601 106 27233 107 27853 108 28195 109 28400 110 28940 111 28806 112 28555 113 29034 114 28597 115 29433 116 28995 117 29573 118 28989 119 28872 120 28828 121 28667 122 27593 123 27593 124 27170 125 26413 126 26378 127 26333 128 25682 129 25745 130 24943 131 24221 132 23267 133 23461 134 23343 135 22514 136 22300 137 21880 138 21448 139 20963 140 20394 141 20172 142 19799 143 19614 144 19060 145 18549 146 17924 147 18063 148 17601 149 17141 150 16697 151 16354 152 15833 153 15771 154 15087 155 14891 156 14913 157 14265 158 14168 159 13740 160 13520 161 13149 162 12756 163 12536 164 12259 165 11915 166 11937 167 11615 168 11403 169 11301 170 11250 171 10899 172 10387 173 10261 174 9992 175 10005 176 9527 177 9080 178 9106 179 8704 180 8718 181 8740 182 8589 183 8283 184 8344 185 7940 186 7763 187 7813 188 7518 189 7443 190 7104 191 7347 192 7012 193 7038 194 6917 195 6651 196 6553 197 6384 198 6169 199 6409 200 6218 201 6408 202 6172 203 5941 204 5966 205 5814 206 5782 207 5452 208 5435 209 5498 210 5344 211 5070 212 5115 213 4956 214 4912 215 4848 216 4608 217 4570 218 4494 219 4390 220 4548 221 4421 222 4323 223 4166 224 4053 225 4046 226 3939 227 3916 228 3831 229 3929 230 3834 231 3799 232 3716 233 3590 234 3659 235 3462 236 3513 237 3480 238 3437 239 3353 240 3146 241 3234 242 3088 243 2956 244 3181 245 2861 246 2958 247 2981 248 2808 249 2812 250 2768 251 2728 252 2637 253 2557 254 2520 255 2534 256 2469 257 2385 258 2376 259 2332 260 2277 261 2310 262 2328 263 2238 264 2111 265 2155 266 2101 267 2080 268 1980 269 1965 270 1968 271 1902 272 1895 273 1805 274 1842 275 1845 276 1848 277 1770 278 1859 279 1726 280 1704 281 1664 282 1706 283 1611 284 1649 285 1650 286 1631 287 1574 288 1532 289 1526 290 1505 291 1489 292 1427 293 1368 294 1468 295 1462 296 1444 297 1318 298 1357 299 1410 300 1378 301 1300 302 1316 303 1279 304 1335 305 1368 306 1335 307 1295 308 1211 309 1141 310 1241 311 1199 312 1256 313 1144 314 1214 315 1099 316 1062 317 1217 318 1154 319 1131 320 1161 321 1171 322 1149 323 1147 324 1069 325 1097 326 1046 327 1092 328 1058 329 1063 330 1118 331 977 332 1065 333 995 334 987 335 1042 336 977 337 993 338 993 339 1003 340 977 341 1027 342 930 343 957 344 939 345 996 346 987 347 915 348 934 349 977 350 935 351 951 352 973 353 974 354 920 355 961 356 931 357 873 358 909 359 903 360 873 361 924 362 827 363 884 364 906 365 905 366 833 367 875 368 856 369 843 370 819 371 822 372 800 373 813 374 834 375 877 376 818 377 816 378 880 379 797 380 782 381 795 382 814 383 831 384 826 385 827 386 773 387 777 388 812 389 792 390 798 391 826 392 752 393 805 394 784 395 744 396 834 397 823 398 827 399 822 400 853 401 829 402 808 403 851 404 846 405 904 406 821 407 857 408 925 409 929 410 893 411 895 412 904 413 916 414 873 415 930 416 978 417 981 418 1019 419 947 420 1032 421 1060 422 1107 423 1075 424 1053 425 1178 426 1104 427 1179 428 1006 429 1098 430 1087 431 1094 432 1421 433 1134 434 1095 435 1037 436 1116 437 1015 438 1023 439 951 440 1015 441 956 442 1106 443 1073 444 1079 445 1033 446 1042 447 945 448 1033 449 1080 450 1043 451 1114 452 992 453 1037 454 1046 455 1066 456 1182 457 1069 458 1254 459 1144 460 1104 461 1032 462 1053 463 982 464 937 465 1031 466 1050 467 1039 468 999 469 1029 470 1014 471 1067 472 998 473 949 474 999 475 1037 476 1063 477 993 478 916 479 1036 480 956 481 1015 482 1074 483 1050 484 1074 485 1029 486 964 487 1033 488 886 489 936 490 901 491 1014 492 975 493 958 494 955 495 1006 496 979 497 899 498 971 499 873 500 894 501 923 502 836 503 906 504 807 505 812 506 846 507 826 508 859 509 845 510 816 511 838 512 888 513 824 514 790 515 770 516 820 517 752 518 820 519 754 520 766 521 778 522 788 523 771 524 803 525 837 526 782 527 791 528 734 529 795 530 804 531 760 532 806 533 780 534 726 535 786 536 824 537 811 538 830 539 706 540 858 541 789 542 786 543 782 544 728 545 723 546 740 547 750 548 762 549 763 550 741 551 788 552 804 553 689 554 692 555 613 556 677 557 663 558 675 559 688 560 746 561 644 562 698 563 684 564 694 565 673 566 734 567 702 568 683 569 627 570 714 571 642 572 632 573 696 574 684 575 635 576 614 577 615 578 634 579 630 580 656 581 600 582 622 583 663 584 636 585 609 586 629 587 643 588 664 589 580 590 616 591 600 592 582 593 623 594 605 595 669 596 563 597 590 598 625 599 561 600 585 601 583 602 570 603 592 604 609 605 558 606 570 607 603 608 601 609 567 610 556 611 560 612 524 613 543 614 545 615 558 616 589 617 541 618 586 619 556 620 568 621 598 622 622 623 557 624 553 625 550 626 545 627 553 628 596 629 579 630 579 631 652 632 588 633 632 634 613 635 616 636 626 637 679 638 614 639 620 640 625 641 624 642 614 643 596 644 603 645 598 646 582 647 689 648 677 649 652 650 656 651 627 652 660 653 658 654 711 655 627 656 637 657 683 658 619 659 646 660 645 661 676 662 648 663 651 664 712 665 640 666 616 667 652 668 643 669 667 670 635 671 637 672 701 673 636 674 653 675 692 676 677 677 711 678 651 679 694 680 646 681 659 682 708 683 723 684 761 685 712 686 710 687 723 688 660 689 677 690 722 691 668 692 641 693 646 694 660 695 718 696 649 697 711 698 616 699 608 700 695 701 610 702 604 703 638 704 622 705 639 706 608 707 705 708 628 709 600 710 605 711 576 712 613 713 632 714 557 715 567 716 612 717 574 718 595 719 592 720 577 721 531 722 563 723 541 724 622 725 566 726 538 727 580 728 594 729 570 730 600 731 557 732 549 733 535 734 577 735 554 736 570 737 551 738 541 739 564 740 570 741 514 742 526 743 506 744 569 745 568 746 568 747 551 748 549 749 610 750 603 751 543 752 583 753 554 754 595 755 539 756 607 757 534 758 517 759 558 760 568 761 577 762 617 763 601 764 572 765 598 766 591 767 650 768 602 769 580 770 638 771 664 772 584 773 539 774 565 775 590 776 545 777 636 778 641 779 628 780 610 781 640 782 589 783 591 784 646 785 670 786 627 787 610 788 644 789 702 790 658 791 709 792 638 793 633 794 712 795 667 796 678 797 644 798 633 799 625 800 631 801 639 802 701 803 631 804 650 805 639 806 720 807 693 808 747 809 874 810 755 811 792 812 691 813 845 814 916 815 816 816 774 817 782 818 1032 819 975 820 856 821 864 822 788 823 1002 824 974 825 736 826 841 827 753 828 859 829 777 830 641 831 750 832 762 833 854 834 718 835 712 836 758 837 751 838 911 839 779 840 766 841 757 842 725 843 807 844 695 845 706 846 680 847 557 848 612 849 634 850 638 851 594 852 606 853 620 854 682 855 666 856 605 857 638 858 656 859 599 860 668 861 617 862 611 863 552 864 568 865 586 866 595 867 553 868 580 869 590 870 560 871 589 872 621 873 590 874 598 875 601 876 544 877 622 878 600 879 544 880 570 881 588 882 596 883 584 884 637 885 544 886 580 887 577 888 581 889 610 890 592 891 622 892 586 893 605 894 665 895 651 896 628 897 675 898 675 899 741 900 692 901 751 902 698 903 750 904 705 905 710 906 676 907 667 908 684 909 746 910 759 911 762 912 763 913 890 914 831 915 656 916 777 917 700 918 693 919 763 920 823 921 779 922 749 923 706 924 720 925 704 926 648 927 750 928 740 929 764 930 744 931 743 932 717 933 756 934 799 935 721 936 723 937 739 938 737 939 682 940 677 941 694 942 667 943 663 944 638 945 673 946 692 947 657 948 696 949 716 950 636 951 661 952 599 953 667 954 622 955 695 956 656 957 602 958 620 959 593 960 607 961 576 962 614 963 585 964 578 965 572 966 598 967 574 968 598 969 638 970 660 971 635 972 658 973 681 974 624 975 656 976 564 977 643 978 635 979 639 980 631 981 603 982 657 983 646 984 690 985 669 986 654 987 731 988 683 989 707 990 711 991 587 992 667