## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/WT10_hist.pdf INPUT=WT10_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/WT10_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:51:43 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 185 83 35 141680946 233.043331 212.216336 3936633 FR 47 85 115 141 167 223 1101 2339 4943 27601 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 6 36 12 37 27 38 20 39 21 40 25 41 31 42 45 43 89 44 100 45 115 46 135 47 151 48 158 49 180 50 214 51 220 52 229 53 259 54 284 55 341 56 385 57 425 58 459 59 542 60 642 61 708 62 799 63 868 64 1061 65 1145 66 1192 67 1377 68 1591 69 1757 70 1903 71 2310 72 2445 73 2855 74 3255 75 3602 76 3860 77 4376 78 4797 79 5313 80 5938 81 6428 82 7172 83 7885 84 8743 85 9364 86 10210 87 10610 88 11589 89 12569 90 13264 91 14401 92 15162 93 16397 94 17166 95 18539 96 19263 97 20222 98 21227 99 22138 100 22813 101 23434 102 24716 103 25228 104 26110 105 27110 106 27144 107 27940 108 27964 109 27864 110 28078 111 28196 112 28230 113 28544 114 28156 115 28860 116 28809 117 28891 118 28714 119 28997 120 28449 121 28309 122 27040 123 27112 124 27231 125 26334 126 26048 127 26556 128 25875 129 25433 130 24835 131 24128 132 23208 133 23353 134 23197 135 22123 136 22352 137 21786 138 21619 139 20865 140 20285 141 20282 142 20157 143 19362 144 19016 145 18458 146 17865 147 17752 148 17590 149 17326 150 16808 151 16601 152 16159 153 16212 154 15335 155 14836 156 15223 157 14265 158 14214 159 13549 160 13366 161 13181 162 12754 163 12632 164 12122 165 12019 166 12138 167 11893 168 11462 169 11213 170 11261 171 10838 172 10442 173 10357 174 9809 175 10079 176 9627 177 9358 178 9155 179 8853 180 8809 181 8611 182 8687 183 8325 184 8428 185 8177 186 8014 187 7992 188 7709 189 7639 190 7396 191 7481 192 7174 193 6956 194 6909 195 6748 196 6641 197 6677 198 6413 199 6395 200 6350 201 6363 202 6157 203 6250 204 5854 205 5834 206 5834 207 5540 208 5637 209 5572 210 5395 211 5478 212 5234 213 5067 214 5126 215 5012 216 4784 217 4806 218 4706 219 4641 220 4511 221 4610 222 4647 223 4582 224 4202 225 4229 226 4157 227 4066 228 3909 229 4018 230 3905 231 3887 232 3890 233 3719 234 3711 235 3639 236 3525 237 3594 238 3544 239 3345 240 3290 241 3331 242 3142 243 3147 244 3118 245 2869 246 3074 247 3002 248 2924 249 2865 250 2846 251 2775 252 2717 253 2743 254 2743 255 2598 256 2523 257 2589 258 2404 259 2498 260 2482 261 2485 262 2434 263 2287 264 2224 265 2182 266 2164 267 2135 268 2046 269 2052 270 2010 271 1984 272 2016 273 1938 274 1914 275 1913 276 1954 277 1804 278 1890 279 1862 280 1781 281 1761 282 1781 283 1802 284 1692 285 1689 286 1712 287 1678 288 1602 289 1550 290 1553 291 1509 292 1524 293 1519 294 1497 295 1382 296 1459 297 1382 298 1430 299 1382 300 1400 301 1416 302 1357 303 1367 304 1406 305 1382 306 1337 307 1390 308 1241 309 1289 310 1235 311 1277 312 1203 313 1178 314 1211 315 1189 316 1191 317 1244 318 1205 319 1146 320 1243 321 1135 322 1195 323 1106 324 1161 325 1095 326 1046 327 1088 328 1100 329 1069 330 1104 331 1013 332 1038 333 1008 334 1011 335 1021 336 1005 337 980 338 978 339 968 340 1044 341 1014 342 1004 343 990 344 973 345 983 346 978 347 1017 348 970 349 992 350 992 351 974 352 992 353 906 354 948 355 941 356 953 357 915 358 912 359 895 360 967 361 967 362 903 363 897 364 909 365 913 366 854 367 882 368 915 369 881 370 866 371 834 372 856 373 847 374 892 375 874 376 856 377 877 378 821 379 883 380 883 381 818 382 832 383 826 384 871 385 764 386 820 387 824 388 809 389 818 390 866 391 820 392 758 393 843 394 735 395 842 396 835 397 894 398 823 399 862 400 819 401 856 402 858 403 841 404 909 405 930 406 884 407 893 408 869 409 943 410 886 411 858 412 973 413 918 414 846 415 943 416 1014 417 929 418 922 419 999 420 1059 421 1114 422 1073 423 1018 424 1032 425 1058 426 1086 427 1090 428 1054 429 1131 430 1123 431 1193 432 1353 433 1123 434 1105 435 1011 436 1178 437 1008 438 1058 439 1061 440 1096 441 1046 442 1143 443 1117 444 1093 445 1078 446 989 447 1045 448 1088 449 1108 450 979 451 1123 452 1090 453 1059 454 1049 455 1063 456 1233 457 1082 458 1221 459 1175 460 1122 461 1029 462 1124 463 1075 464 1074 465 1018 466 1027 467 1034 468 979 469 1049 470 959 471 1090 472 1057 473 951 474 1045 475 1068 476 1085 477 1006 478 975 479 984 480 981 481 1019 482 1030 483 1013 484 965 485 1079 486 997 487 1039 488 947 489 1008 490 952 491 976 492 1005 493 1019 494 942 495 1033 496 972 497 923 498 996 499 943 500 920 501 886 502 922 503 873 504 828 505 863 506 864 507 879 508 882 509 910 510 824 511 786 512 863 513 779 514 796 515 807 516 854 517 804 518 751 519 761 520 847 521 811 522 772 523 783 524 716 525 864 526 812 527 800 528 782 529 800 530 827 531 794 532 717 533 723 534 723 535 777 536 782 537 772 538 747 539 700 540 837 541 797 542 765 543 763 544 731 545 762 546 768 547 803 548 809 549 766 550 768 551 747 552 763 553 753 554 662 555 679 556 709 557 659 558 699 559 640 560 744 561 658 562 719 563 727 564 731 565 760 566 632 567 684 568 655 569 652 570 696 571 666 572 622 573 627 574 657 575 663 576 584 577 623 578 639 579 688 580 630 581 627 582 590 583 625 584 633 585 634 586 634 587 611 588 645 589 609 590 623 591 593 592 586 593 615 594 606 595 624 596 560 597 630 598 604 599 559 600 585 601 599 602 574 603 622 604 537 605 561 606 598 607 625 608 550 609 557 610 565 611 581 612 540 613 533 614 577 615 556 616 542 617 573 618 589 619 567 620 580 621 593 622 579 623 614 624 548 625 558 626 602 627 597 628 610 629 606 630 598 631 664 632 612 633 584 634 613 635 633 636 596 637 642 638 611 639 606 640 597 641 616 642 600 643 600 644 647 645 583 646 628 647 625 648 642 649 605 650 633 651 643 652 684 653 639 654 675 655 617 656 643 657 607 658 615 659 638 660 643 661 627 662 653 663 618 664 704 665 674 666 615 667 649 668 681 669 627 670 635 671 717 672 743 673 673 674 639 675 726 676 634 677 727 678 677 679 665 680 685 681 720 682 694 683 719 684 729 685 702 686 707 687 730 688 730 689 684 690 718 691 671 692 641 693 639 694 690 695 688 696 685 697 719 698 614 699 647 700 667 701 632 702 665 703 639 704 600 705 633 706 696 707 709 708 644 709 584 710 561 711 592 712 602 713 664 714 606 715 556 716 654 717 602 718 555 719 566 720 561 721 549 722 556 723 527 724 600 725 560 726 520 727 571 728 601 729 607 730 526 731 574 732 616 733 600 734 634 735 545 736 538 737 531 738 522 739 535 740 507 741 577 742 513 743 523 744 507 745 539 746 560 747 541 748 600 749 584 750 588 751 564 752 572 753 529 754 571 755 566 756 570 757 569 758 563 759 569 760 603 761 541 762 654 763 616 764 587 765 636 766 588 767 632 768 592 769 616 770 597 771 703 772 563 773 575 774 578 775 560 776 593 777 566 778 557 779 632 780 626 781 624 782 627 783 610 784 690 785 685 786 664 787 626 788 572 789 681 790 694 791 648 792 629 793 681 794 679 795 689 796 658 797 668 798 666 799 628 800 671 801 639 802 723 803 641 804 665 805 653 806 681 807 709 808 743 809 818 810 701 811 766 812 801 813 880 814 847 815 781 816 791 817 829 818 1061 819 948 820 861 821 861 822 825 823 979 824 927 825 726 826 858 827 748 828 817 829 847 830 710 831 756 832 747 833 831 834 724 835 735 836 809 837 779 838 904 839 747 840 822 841 795 842 723 843 855 844 635 845 722 846 716 847 639 848 676 849 625 850 672 851 637 852 587 853 654 854 661 855 694 856 603 857 618 858 628 859 637 860 655 861 605 862 587 863 643 864 585 865 574 866 574 867 570 868 552 869 576 870 560 871 525 872 634 873 629 874 623 875 525 876 556 877 583 878 578 879 590 880 567 881 586 882 563 883 599 884 615 885 547 886 587 887 608 888 580 889 647 890 590 891 679 892 586 893 664 894 679 895 645 896 651 897 679 898 697 899 696 900 681 901 668 902 710 903 742 904 718 905 688 906 674 907 691 908 690 909 707 910 768 911 769 912 742 913 783 914 777 915 675 916 729 917 732 918 692 919 746 920 775 921 760 922 741 923 714 924 723 925 695 926 718 927 703 928 763 929 722 930 725 931 817 932 738 933 741 934 806 935 707 936 782 937 708 938 737 939 660 940 651 941 675 942 671 943 653 944 688 945 590 946 642 947 669 948 652 949 687 950 664 951 641 952 638 953 652 954 648 955 671 956 648 957 662 958 634 959 578 960 655 961 575 962 617 963 679 964 580 965 611 966 562 967 610 968 611 969 648 970 640 971 647 972 630 973 692 974 574 975 633 976 654 977 624 978 617 979 640 980 622 981 655 982 605 983 654 984 702 985 657 986 717 987 698 988 735 989 711 990 621 991 654 992 626 993 618 994 689 995 695 996 683 997 637 998 681 999 639 1000 691 1001 637 1002 732 1003 696 1004 729 1005 675 1006 687 1007 649 1008 702 1009 652 1010 749 1011 684 1012 678 1013 722 1014 723 1015 706