## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/KI9_hist.pdf INPUT=KI9_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/KI9_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:47:06 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 208 110 35 147293279 313.54798 323.337918 4104071 FR 73 125 161 191 221 451 1435 2661 5275 27851 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 14 36 15 37 20 38 17 39 25 40 44 41 36 42 54 43 95 44 128 45 129 46 134 47 153 48 167 49 206 50 202 51 276 52 293 53 293 54 306 55 374 56 381 57 426 58 471 59 586 60 617 61 721 62 800 63 968 64 1094 65 1237 66 1273 67 1422 68 1569 69 1797 70 1997 71 2255 72 2697 73 2937 74 3186 75 3714 76 4144 77 4307 78 4762 79 5232 80 5820 81 6382 82 7154 83 7830 84 8564 85 9406 86 10014 87 10738 88 11739 89 12274 90 13052 91 14098 92 15132 93 16130 94 16781 95 18144 96 19150 97 20045 98 20798 99 21734 100 22203 101 23036 102 23738 103 24294 104 25217 105 25758 106 26298 107 26727 108 27042 109 27321 110 27497 111 27930 112 27458 113 27474 114 27559 115 28373 116 28138 117 28038 118 27697 119 27701 120 27075 121 27375 122 26806 123 26102 124 26128 125 25668 126 25421 127 25324 128 24776 129 24407 130 23727 131 23467 132 22834 133 22556 134 22085 135 21362 136 21614 137 21014 138 20596 139 20415 140 19462 141 19330 142 18945 143 18305 144 18041 145 17834 146 17037 147 17110 148 16733 149 16604 150 15693 151 15569 152 14940 153 14628 154 14280 155 14240 156 13882 157 13831 158 13275 159 13185 160 12867 161 12639 162 12156 163 12085 164 11572 165 11331 166 11122 167 10915 168 10777 169 10387 170 10318 171 10004 172 9915 173 9782 174 9695 175 9309 176 8923 177 8757 178 8603 179 8582 180 8353 181 8481 182 8217 183 8011 184 7917 185 7585 186 7438 187 7423 188 7351 189 7328 190 7018 191 7062 192 6981 193 6780 194 6653 195 6604 196 6484 197 6522 198 6197 199 6249 200 6042 201 6081 202 5981 203 5801 204 5756 205 5818 206 5385 207 5316 208 5344 209 5414 210 5263 211 5176 212 5101 213 4975 214 4987 215 4866 216 4794 217 4657 218 4558 219 4432 220 4452 221 4438 222 4390 223 4146 224 4266 225 4059 226 4037 227 3931 228 3914 229 3839 230 3812 231 3703 232 3734 233 3741 234 3559 235 3560 236 3469 237 3443 238 3523 239 3390 240 3297 241 3234 242 3178 243 3147 244 3064 245 2984 246 2899 247 2996 248 2990 249 2772 250 2822 251 2736 252 2679 253 2705 254 2752 255 2545 256 2606 257 2499 258 2397 259 2412 260 2412 261 2302 262 2384 263 2380 264 2212 265 2169 266 2263 267 2181 268 2122 269 1968 270 1983 271 1967 272 1967 273 1956 274 1885 275 1970 276 1851 277 1877 278 1866 279 1800 280 1800 281 1788 282 1722 283 1745 284 1685 285 1694 286 1708 287 1723 288 1682 289 1575 290 1484 291 1561 292 1587 293 1521 294 1478 295 1483 296 1548 297 1432 298 1504 299 1488 300 1424 301 1371 302 1407 303 1365 304 1373 305 1405 306 1369 307 1365 308 1337 309 1328 310 1315 311 1294 312 1304 313 1268 314 1262 315 1235 316 1281 317 1271 318 1252 319 1187 320 1155 321 1263 322 1220 323 1195 324 1142 325 1127 326 1131 327 1176 328 1152 329 1150 330 1185 331 1063 332 1123 333 1159 334 1132 335 1102 336 1096 337 1067 338 1058 339 1120 340 1070 341 1062 342 1058 343 1071 344 1070 345 1060 346 1030 347 1060 348 1049 349 1022 350 1067 351 1053 352 1058 353 990 354 1056 355 1054 356 1016 357 984 358 991 359 997 360 986 361 980 362 971 363 978 364 971 365 973 366 1015 367 953 368 931 369 927 370 932 371 986 372 966 373 992 374 957 375 977 376 954 377 891 378 976 379 939 380 1003 381 939 382 912 383 895 384 861 385 936 386 850 387 960 388 923 389 901 390 911 391 897 392 881 393 1020 394 943 395 925 396 912 397 903 398 985 399 1030 400 993 401 1024 402 1021 403 987 404 915 405 961 406 979 407 1065 408 967 409 1086 410 1006 411 1024 412 1026 413 1092 414 1003 415 1084 416 1139 417 1071 418 1118 419 1136 420 1141 421 1243 422 1294 423 1277 424 1213 425 1267 426 1378 427 1352 428 1282 429 1331 430 1284 431 1316 432 1686 433 1378 434 1293 435 1237 436 1352 437 1264 438 1235 439 1173 440 1246 441 1168 442 1263 443 1287 444 1311 445 1246 446 1251 447 1146 448 1181 449 1274 450 1197 451 1312 452 1200 453 1261 454 1223 455 1222 456 1423 457 1237 458 1439 459 1400 460 1382 461 1174 462 1244 463 1200 464 1261 465 1194 466 1151 467 1189 468 1163 469 1176 470 1135 471 1273 472 1171 473 1135 474 1191 475 1295 476 1303 477 1187 478 1159 479 1182 480 1198 481 1151 482 1205 483 1188 484 1249 485 1257 486 1170 487 1228 488 1098 489 1182 490 1108 491 1190 492 1184 493 1200 494 1199 495 1170 496 1175 497 1065 498 1125 499 1110 500 1093 501 1022 502 1059 503 1021 504 1083 505 1000 506 988 507 983 508 996 509 1020 510 991 511 913 512 1023 513 893 514 948 515 835 516 903 517 932 518 931 519 950 520 958 521 952 522 915 523 926 524 865 525 908 526 965 527 892 528 930 529 947 530 911 531 935 532 899 533 899 534 869 535 913 536 910 537 860 538 909 539 884 540 857 541 874 542 908 543 793 544 854 545 881 546 877 547 931 548 860 549 870 550 895 551 854 552 818 553 851 554 809 555 800 556 797 557 740 558 799 559 785 560 831 561 752 562 761 563 778 564 760 565 809 566 725 567 752 568 771 569 766 570 762 571 822 572 731 573 788 574 738 575 684 576 712 577 741 578 663 579 689 580 721 581 719 582 744 583 714 584 755 585 707 586 742 587 716 588 734 589 729 590 654 591 707 592 698 593 709 594 684 595 687 596 707 597 692 598 699 599 636 600 646 601 652 602 650 603 714 604 668 605 624 606 661 607 658 608 677 609 650 610 627 611 669 612 644 613 631 614 596 615 594 616 631 617 674 618 595 619 639 620 670 621 637 622 648 623 728 624 683 625 689 626 712 627 642 628 694 629 698 630 709 631 722 632 674 633 677 634 689 635 698 636 741 637 681 638 731 639 691 640 673 641 700 642 686 643 732 644 646 645 664 646 721 647 746 648 714 649 720 650 742 651 732 652 851 653 715 654 836 655 748 656 786 657 784 658 732 659 749 660 760 661 825 662 795 663 799 664 804 665 800 666 740 667 780 668 742 669 720 670 780 671 804 672 843 673 764 674 757 675 871 676 762 677 846 678 795 679 761 680 792 681 790 682 855 683 838 684 899 685 868 686 887 687 929 688 843 689 800 690 812 691 803 692 757 693 779 694 840 695 803 696 808 697 904 698 763 699 757 700 833 701 789 702 766 703 769 704 753 705 758 706 777 707 814 708 759 709 709 710 667 711 762 712 730 713 773 714 691 715 694 716 760 717 747 718 715 719 672 720 647 721 673 722 685 723 672 724 696 725 611 726 620 727 662 728 696 729 722 730 666 731 666 732 622 733 646 734 631 735 644 736 620 737 637 738 656 739 601 740 664 741 595 742 582 743 589 744 664 745 649 746 644 747 657 748 656 749 719 750 697 751 648 752 615 753 612 754 693 755 664 756 648 757 625 758 629 759 663 760 655 761 652 762 708 763 786 764 668 765 774 766 689 767 718 768 722 769 658 770 719 771 771 772 712 773 670 774 710 775 669 776 616 777 718 778 685 779 710 780 704 781 713 782 684 783 728 784 717 785 761 786 745 787 802 788 715 789 759 790 740 791 768 792 761 793 721 794 818 795 807 796 760 797 783 798 827 799 775 800 727 801 734 802 801 803 768 804 734 805 802 806 782 807 766 808 943 809 1063 810 925 811 893 812 926 813 971 814 1028 815 986 816 898 817 972 818 1276 819 1132 820 1021 821 1012 822 940 823 1117 824 1180 825 879 826 1046 827 964 828 997 829 931 830 783 831 912 832 806 833 985 834 850 835 817 836 857 837 861 838 1079 839 898 840 945 841 944 842 869 843 1046 844 760 845 857 846 838 847 690 848 690 849 692 850 776 851 663 852 671 853 745 854 736 855 738 856 737 857 703 858 781 859 671 860 793 861 725 862 710 863 767 864 623 865 656 866 691 867 679 868 667 869 674 870 630 871 669 872 721 873 685 874 657 875 656 876 630 877 665 878 669 879 671 880 687 881 677 882 640 883 711 884 625 885 724 886 674 887 719 888 638 889 667 890 661 891 690 892 653 893 698 894 754 895 729 896 779 897 720 898 731 899 785 900 849 901 875 902 775 903 846 904 790 905 806 906 799 907 764 908 808 909 796 910 854 911 811 912 931 913 958 914 853 915 816 916 813 917 864 918 829 919 918 920 941 921 891 922 880 923 885 924 885 925 810 926 832 927 898 928 814 929 933 930 866 931 907 932 853 933 929 934 963 935 855 936 896 937 826 938 893 939 814 940 826 941 841 942 811 943 771 944 802 945 760 946 773 947 769 948 773 949 721 950 740 951 781 952 732 953 770 954 734 955 768 956 718 957 744 958 721 959 667 960 725 961 727 962 751 963 767 964 659 965 709 966 734 967 706 968 719 969 732 970 835 971 799 972 818 973 725 974 716 975 756 976 701 977 665 978 703 979 764 980 734 981 782 982 718 983 768 984 831 985 799 986 749 987 838 988 831 989 774 990 856 991 815 992 767 993 749 994 765 995 858 996 835 997 857 998 803 999 775 1000 776 1001 763 1002 785 1003 869 1004 787 1005 879 1006 830 1007 766 1008 789 1009 791 1010 842 1011 838 1012 805 1013 902 1014 840 1015 858 1016 762 1017 790 1018 805 1019 828 1020 751 1021 777 1022 742 1023 826 1024 865 1025 891 1026 760 1027 719 1028 845 1029 816 1030 776 1031 847 1032 789 1033 765 1034 768 1035 735 1036 717 1037 869 1038 787 1039 835 1040 766 1041 803 1042 761 1043 808 1044 755 1045 724 1046 801 1047 701 1048 784 1049 695 1050 777 1051 757 1052 756 1053 724 1054 749 1055 776 1056 726 1057 664 1058 757 1059 713 1060 761 1061 753 1062 720 1063 691 1064 650 1065 682 1066 734 1067 713 1068 716 1069 752 1070 731 1071 668 1072 674 1073 654 1074 634 1075 633 1076 643 1077 593 1078 625 1079 646 1080 664 1081 584 1082 632 1083 615 1084 609 1085 556 1086 571 1087 598 1088 602 1089 613 1090 698 1091 655 1092 604 1093 544 1094 564 1095 605 1096 654 1097 699 1098 611 1099 669 1100 601 1101 661 1102 643 1103 695 1104 646 1105 713 1106 675 1107 716 1108 731 1109 749 1110 721 1111 765 1112 768 1113 768 1114 795 1115 770 1116 852 1117 773 1118 792 1119 773 1120 813 1121 764 1122 744 1123 740 1124 748 1125 748 1126 779 1127 783 1128 735 1129 818 1130 707 1131 801 1132 903 1133 727 1134 701 1135 735 1136 761 1137 768 1138 664 1139 718 1140 759 1141 751 1142 756 1143 706 1144 727 1145 750 1146 717 1147 754 1148 721 1149 660 1150 689 1151 730 1152 658 1153 615 1154 645 1155 618 1156 696 1157 630 1158 649 1159 696 1160 637 1161 650 1162 729 1163 606 1164 647 1165 565 1166 585 1167 581 1168 599 1169 592 1170 579 1171 659 1172 600 1173 592 1174 588 1175 631 1176 603 1177 614 1178 540 1179 597 1180 609 1181 595 1182 545 1183 639 1184 653 1185 572 1186 615 1187 615 1188 620 1189 631 1190 663 1191 625 1192 684 1193 612 1194 621 1195 704 1196 653 1197 662 1198 692 1199 665 1200 603 1201 658 1202 721 1203 672 1204 750 1205 798 1206 687 1207 817 1208 719 1209 824 1210 656 1211 795 1212 725 1213 915 1214 858 1215 1039 1216 951 1217 814 1218 838 1219 991 1220 825 1221 862 1222 800 1223 989 1224 867 1225 745 1226 852 1227 808 1228 841 1229 724 1230 857 1231 828 1232 804 1233 896 1234 781 1235 877 1236 855 1237 901 1238 860 1239 889 1240 1021 1241 860 1242 967 1243 841 1244 970 1245 916 1246 1079 1247 849 1248 1032 1249 876 1250 988 1251 1071 1252 1186 1253 1007 1254 1129 1255 1106 1256 1136 1257 961 1258 1241 1259 1094 1260 1057 1261 1047 1262 1125 1263 982 1264 1049 1265 925 1266 1053 1267 1086 1268 1034 1269 1169 1270 945 1271 999 1272 1081 1273 1059 1274 982 1275 999 1276 955 1277 1102 1278 988 1279 1017 1280 939 1281 1000 1282 970 1283 925 1284 1175 1285 984 1286 1050 1287 987 1288 957 1289 946 1290 812 1291 892 1292 864 1293 874 1294 933 1295 980 1296 921 1297 947 1298 890 1299 1000 1300 854 1301 877 1302 716 1303 751 1304 720 1305 731 1306 783 1307 729 1308 686