## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/KI8_hist.pdf INPUT=KI8_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/KI8_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:47:25 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 204 105 34 148434612 294.07932 298.13929 4778566 FR 67 117 153 181 211 419 1407 2637 5253 28077 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 34 1 35 14 36 16 37 23 38 29 39 18 40 32 41 40 42 77 43 118 44 158 45 166 46 187 47 196 48 199 49 262 50 225 51 287 52 345 53 322 54 401 55 424 56 464 57 499 58 557 59 630 60 715 61 823 62 1026 63 1136 64 1194 65 1382 66 1460 67 1688 68 1818 69 2046 70 2369 71 2573 72 2867 73 3373 74 3735 75 4235 76 4564 77 5147 78 5738 79 5994 80 6947 81 7473 82 8273 83 9153 84 9964 85 10675 86 11667 87 12721 88 13706 89 14484 90 15521 91 16508 92 17761 93 19239 94 20233 95 21220 96 21944 97 23477 98 24116 99 25332 100 25813 101 27178 102 27827 103 28555 104 29594 105 29938 106 30868 107 31227 108 31807 109 31845 110 31841 111 32381 112 32130 113 32854 114 32488 115 33053 116 32306 117 32277 118 32584 119 32125 120 32009 121 32107 122 31319 123 30739 124 30677 125 29723 126 29828 127 29865 128 29071 129 28819 130 28314 131 27253 132 26599 133 26387 134 25915 135 25213 136 25197 137 24655 138 24353 139 23586 140 22993 141 22631 142 22054 143 21593 144 21343 145 21233 146 20579 147 20269 148 19869 149 19503 150 18679 151 18487 152 17960 153 17456 154 17029 155 16804 156 16594 157 16225 158 16072 159 15636 160 15272 161 15042 162 14187 163 14191 164 13592 165 13502 166 13260 167 13192 168 12723 169 12658 170 12449 171 11930 172 11785 173 11630 174 11158 175 11042 176 10797 177 10384 178 10531 179 10322 180 10201 181 9927 182 9623 183 9572 184 9608 185 9350 186 9135 187 8917 188 8680 189 8543 190 8617 191 8204 192 8024 193 8097 194 7937 195 7755 196 7587 197 7746 198 7356 199 7355 200 7211 201 7106 202 7196 203 6922 204 6832 205 6764 206 6694 207 6441 208 6390 209 6181 210 6231 211 6086 212 6091 213 5956 214 5863 215 5765 216 5486 217 5553 218 5468 219 5509 220 5287 221 5072 222 5153 223 5126 224 5028 225 4988 226 4718 227 4926 228 4660 229 4589 230 4666 231 4406 232 4448 233 4301 234 4391 235 4264 236 4042 237 4007 238 4082 239 3951 240 3854 241 3767 242 3693 243 3543 244 3524 245 3509 246 3625 247 3545 248 3357 249 3440 250 3391 251 3196 252 3166 253 3299 254 2985 255 3096 256 3055 257 2990 258 2930 259 2904 260 2845 261 2882 262 2806 263 2700 264 2669 265 2738 266 2561 267 2553 268 2515 269 2578 270 2305 271 2376 272 2333 273 2282 274 2363 275 2281 276 2295 277 2180 278 2220 279 2190 280 2144 281 2171 282 2060 283 2084 284 2058 285 1894 286 2040 287 1923 288 1886 289 1946 290 1811 291 1765 292 1868 293 1862 294 1807 295 1827 296 1728 297 1677 298 1770 299 1741 300 1750 301 1703 302 1637 303 1661 304 1599 305 1658 306 1612 307 1601 308 1541 309 1618 310 1514 311 1530 312 1547 313 1576 314 1371 315 1427 316 1448 317 1489 318 1435 319 1478 320 1444 321 1410 322 1414 323 1415 324 1371 325 1373 326 1318 327 1364 328 1296 329 1298 330 1331 331 1329 332 1293 333 1260 334 1315 335 1331 336 1233 337 1250 338 1283 339 1256 340 1267 341 1213 342 1237 343 1224 344 1241 345 1219 346 1267 347 1211 348 1231 349 1180 350 1233 351 1136 352 1213 353 1188 354 1231 355 1188 356 1189 357 1128 358 1096 359 1042 360 1101 361 1125 362 1212 363 1102 364 1075 365 1119 366 1076 367 1125 368 1130 369 1127 370 1062 371 1100 372 1123 373 1013 374 1042 375 1072 376 1062 377 1074 378 1073 379 1089 380 1025 381 983 382 1037 383 1045 384 1067 385 1088 386 1025 387 995 388 1046 389 1017 390 1022 391 1073 392 1067 393 1051 394 1064 395 1030 396 1046 397 1031 398 1069 399 1084 400 1004 401 1101 402 1030 403 1073 404 1058 405 1099 406 1047 407 1082 408 1169 409 1173 410 1143 411 1139 412 1139 413 1149 414 1223 415 1248 416 1309 417 1252 418 1242 419 1336 420 1362 421 1504 422 1402 423 1432 424 1335 425 1511 426 1447 427 1478 428 1325 429 1460 430 1466 431 1466 432 1799 433 1528 434 1436 435 1348 436 1496 437 1388 438 1435 439 1372 440 1432 441 1355 442 1493 443 1467 444 1502 445 1351 446 1339 447 1342 448 1413 449 1468 450 1359 451 1483 452 1400 453 1403 454 1368 455 1449 456 1647 457 1468 458 1565 459 1590 460 1471 461 1408 462 1424 463 1421 464 1388 465 1382 466 1369 467 1473 468 1295 469 1344 470 1292 471 1399 472 1324 473 1334 474 1350 475 1391 476 1466 477 1379 478 1362 479 1374 480 1320 481 1324 482 1491 483 1401 484 1375 485 1498 486 1298 487 1372 488 1262 489 1275 490 1207 491 1319 492 1356 493 1285 494 1344 495 1252 496 1395 497 1214 498 1254 499 1285 500 1183 501 1237 502 1217 503 1226 504 1135 505 1145 506 1182 507 1185 508 1131 509 1162 510 1091 511 1127 512 1124 513 1119 514 1134 515 1034 516 1058 517 1017 518 1091 519 1086 520 1077 521 1088 522 1029 523 1065 524 1016 525 1074 526 989 527 1014 528 1066 529 1061 530 1108 531 1114 532 1130 533 993 534 1074 535 966 536 1085 537 1027 538 1094 539 1003 540 1057 541 1022 542 1015 543 999 544 943 545 960 546 968 547 997 548 1066 549 1034 550 993 551 983 552 949 553 965 554 926 555 911 556 904 557 864 558 885 559 861 560 882 561 884 562 899 563 908 564 864 565 940 566 843 567 866 568 874 569 915 570 868 571 858 572 880 573 789 574 814 575 784 576 825 577 797 578 867 579 807 580 870 581 778 582 799 583 820 584 821 585 791 586 868 587 799 588 833 589 788 590 802 591 780 592 805 593 850 594 812 595 758 596 746 597 758 598 775 599 747 600 842 601 753 602 737 603 806 604 726 605 726 606 722 607 766 608 757 609 708 610 715 611 784 612 739 613 742 614 750 615 782 616 823 617 736 618 741 619 746 620 713 621 795 622 739 623 719 624 772 625 764 626 742 627 757 628 814 629 819 630 780 631 828 632 765 633 747 634 786 635 772 636 812 637 784 638 810 639 838 640 785 641 853 642 755 643 804 644 831 645 796 646 802 647 852 648 838 649 797 650 841 651 823 652 902 653 810 654 934 655 852 656 853 657 828 658 842 659 823 660 833 661 878 662 816 663 864 664 920 665 892 666 856 667 899 668 888 669 858 670 800 671 852 672 907 673 798 674 852 675 927 676 891 677 898 678 827 679 922 680 842 681 933 682 909 683 904 684 1013 685 950 686 971 687 971 688 931 689 908 690 948 691 861 692 794 693 839 694 848 695 901 696 932 697 1040 698 821 699 826 700 923 701 821 702 876 703 832 704 851 705 809 706 836 707 925 708 814 709 740 710 788 711 820 712 824 713 820 714 782 715 745 716 798 717 884 718 799 719 753 720 708 721 773 722 723 723 682 724 809 725 701 726 698 727 749 728 778 729 744 730 702 731 706 732 715 733 687 734 790 735 743 736 691 737 706 738 728 739 721 740 739 741 660 742 711 743 720 744 767 745 774 746 779 747 731 748 782 749 838 750 816 751 746 752 729 753 702 754 736 755 714 756 730 757 739 758 681 759 664 760 758 761 840 762 809 763 824 764 790 765 854 766 769 767 825 768 818 769 756 770 805 771 874 772 758 773 753 774 799 775 792 776 681 777 809 778 822 779 786 780 803 781 848 782 765 783 802 784 882 785 881 786 893 787 887 788 818 789 834 790 885 791 856 792 776 793 839 794 908 795 923 796 865 797 946 798 902 799 903 800 825 801 836 802 947 803 882 804 834 805 804 806 815 807 868 808 1042 809 1102 810 1069 811 991 812 1056 813 1138 814 1233 815 1116 816 990 817 1041 818 1395 819 1289 820 1159 821 1176 822 1098 823 1306 824 1332 825 1037 826 1130 827 1077 828 1097 829 1142 830 903 831 1038 832 928 833 1138 834 1019 835 983 836 1077 837 1004 838 1300 839 998 840 1088 841 1061 842 998 843 1131 844 899 845 945 846 935 847 805 848 890 849 839 850 886 851 756 852 785 853 823 854 856 855 910 856 888 857 848 858 886 859 838 860 959 861 794 862 770 863 850 864 724 865 851 866 796 867 804 868 776 869 767 870 769 871 793 872 892 873 863 874 864 875 834 876 807 877 859 878 879 879 841 880 823 881 765 882 834 883 866 884 740 885 773 886 801 887 802 888 777 889 708 890 743 891 828 892 802 893 799 894 903 895 856 896 855 897 875 898 940 899 935 900 908 901 939 902 936 903 984 904 885 905 954 906 931 907 879 908 931 909 964 910 1002 911 944 912 1031 913 1024 914 1026 915 928 916 918 917 974 918 944 919 1041 920 1114 921 1042 922 1007 923 950 924 983 925 861 926 949 927 971 928 946 929 1098 930 1047 931 1073 932 994 933 999 934 1086 935 1050 936 1054 937 972 938 991 939 922 940 895 941 905 942 918 943 925 944 901 945 891 946 883 947 889 948 892 949 914 950 914 951 918 952 910 953 892 954 926 955 872 956 841 957 788 958 828 959 873 960 796 961 805 962 912 963 847 964 817 965 800 966 886 967 814 968 769 969 878 970 933 971 943 972 894 973 905 974 769 975 880 976 857 977 877 978 833 979 891 980 800 981 895 982 880 983 908 984 888 985 929 986 914 987 911 988 953 989 884 990 970 991 926 992 929 993 920 994 901 995 954 996 915 997 909 998 901 999 838 1000 853 1001 870 1002 961 1003 1009 1004 965 1005 941 1006 890 1007 927 1008 894 1009 900 1010 934 1011 929 1012 893 1013 977 1014 991 1015 966 1016 897 1017 938 1018 981 1019 903 1020 925 1021 827 1022 906 1023 879 1024 1001 1025 911 1026 936 1027 787 1028 914 1029 895 1030 871 1031 1063 1032 950 1033 892 1034 834 1035 872 1036 880 1037 964 1038 919 1039 907 1040 879 1041 903 1042 920 1043 891 1044 862 1045 878 1046 807 1047 846 1048 852 1049 796 1050 965 1051 834 1052 863 1053 859 1054 824 1055 918 1056 908 1057 780 1058 850 1059 858 1060 831 1061 908 1062 825 1063 822 1064 762 1065 764 1066 847 1067 822 1068 848 1069 902 1070 766 1071 762 1072 684 1073 747 1074 732 1075 724 1076 730 1077 699 1078 730 1079 724 1080 667 1081 712 1082 659 1083 680 1084 683 1085 655 1086 705 1087 676 1088 647 1089 700 1090 724 1091 662 1092 679 1093 698 1094 653 1095 712 1096 764 1097 754 1098 740 1099 716 1100 747 1101 813 1102 688 1103 751 1104 707 1105 807 1106 814 1107 827 1108 836 1109 831 1110 874 1111 843 1112 786 1113 822 1114 834 1115 895 1116 923 1117 840 1118 983 1119 896 1120 917 1121 770 1122 922 1123 866 1124 875 1125 881 1126 894 1127 970 1128 754 1129 941 1130 897 1131 949 1132 1024 1133 829 1134 823 1135 781 1136 804 1137 798 1138 746 1139 783 1140 839 1141 942 1142 911 1143 867 1144 879 1145 821 1146 805 1147 916 1148 830 1149 771 1150 761 1151 776 1152 807 1153 706 1154 664 1155 700 1156 739 1157 785 1158 742 1159 823 1160 715 1161 771 1162 793 1163 783 1164 666 1165 675 1166 696 1167 728 1168 693 1169 730 1170 714 1171 789 1172 716 1173 742 1174 715 1175 676 1176 656 1177 699 1178 655 1179 742 1180 713 1181 728 1182 679 1183 736 1184 682 1185 670 1186 719 1187 714 1188 653 1189 690 1190 744 1191 706 1192 739 1193 704 1194 717 1195 714 1196 727 1197 758 1198 757 1199 729 1200 746 1201 766 1202 782 1203 858 1204 833 1205 879 1206 813 1207 879 1208 889 1209 873 1210 781 1211 889 1212 885 1213 1061 1214 1000 1215 1188 1216 988 1217 966 1218 947 1219 1011 1220 891 1221 1036 1222 957 1223 1158 1224 951 1225 854 1226 902 1227 891 1228 973 1229 868 1230 911 1231 895 1232 885 1233 898 1234 932 1235 1016 1236 985 1237 977 1238 934 1239 923 1240 1115 1241 1061 1242 961 1243 1023 1244 1057 1245 1018 1246 1128 1247 1026 1248 1134 1249 1015 1250 1144 1251 1292 1252 1247 1253 1113 1254 1340