## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/KI3_hist.pdf INPUT=KI3_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/KI3_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:54:32 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 201 100 35 149839916 276.292172 272.660046 4457163 FR 63 109 145 173 201 347 1329 2595 5211 27747 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 13 36 16 37 18 38 20 39 20 40 32 41 34 42 63 43 121 44 145 45 164 46 148 47 156 48 181 49 216 50 210 51 230 52 310 53 298 54 330 55 381 56 433 57 457 58 518 59 582 60 627 61 762 62 820 63 911 64 1040 65 1202 66 1282 67 1430 68 1605 69 1818 70 2062 71 2279 72 2591 73 2949 74 3205 75 3594 76 4016 77 4407 78 4944 79 5433 80 6006 81 6341 82 7242 83 8189 84 8866 85 9754 86 10317 87 11177 88 12098 89 12879 90 13432 91 14750 92 15644 93 17095 94 18024 95 18990 96 19995 97 21117 98 21817 99 23003 100 23625 101 24412 102 25323 103 26281 104 27319 105 28024 106 28759 107 29278 108 29693 109 29151 110 30027 111 30472 112 30104 113 30661 114 30366 115 31134 116 30742 117 30536 118 30809 119 30312 120 30413 121 30366 122 29686 123 29389 124 29016 125 28642 126 28485 127 28694 128 27646 129 27376 130 26691 131 26109 132 25688 133 25166 134 25029 135 24277 136 24404 137 24198 138 23425 139 22806 140 22263 141 21593 142 21727 143 21075 144 20689 145 19990 146 19657 147 19669 148 19083 149 18903 150 17943 151 17736 152 17309 153 17168 154 16466 155 16388 156 15790 157 15622 158 15441 159 15022 160 14970 161 14480 162 13587 163 13820 164 13464 165 13025 166 12866 167 12843 168 12517 169 12094 170 11983 171 11692 172 11631 173 11259 174 11085 175 10869 176 10465 177 10117 178 10113 179 9711 180 9785 181 9498 182 9321 183 9306 184 9259 185 8919 186 8592 187 8597 188 8344 189 8155 190 8180 191 8193 192 7801 193 7870 194 7760 195 7525 196 7323 197 7230 198 7313 199 6914 200 7051 201 6885 202 6880 203 6756 204 6663 205 6499 206 6477 207 6193 208 6187 209 6228 210 5887 211 5930 212 5873 213 5724 214 5564 215 5382 216 5353 217 5285 218 5257 219 5168 220 5126 221 4945 222 5104 223 4891 224 4791 225 4878 226 4655 227 4570 228 4507 229 4282 230 4320 231 4500 232 4228 233 4186 234 4181 235 4149 236 3981 237 4041 238 3826 239 3808 240 3765 241 3603 242 3623 243 3560 244 3486 245 3482 246 3344 247 3318 248 3276 249 3272 250 3285 251 3058 252 3081 253 3100 254 2987 255 2951 256 2891 257 2775 258 2869 259 2831 260 2823 261 2712 262 2625 263 2567 264 2518 265 2591 266 2484 267 2448 268 2375 269 2397 270 2366 271 2237 272 2310 273 2302 274 2216 275 2227 276 2238 277 2218 278 2186 279 2095 280 2000 281 2001 282 1946 283 1945 284 1968 285 1912 286 1871 287 1858 288 1842 289 1779 290 1803 291 1766 292 1621 293 1783 294 1689 295 1713 296 1629 297 1712 298 1674 299 1652 300 1666 301 1604 302 1566 303 1562 304 1535 305 1610 306 1557 307 1528 308 1567 309 1500 310 1493 311 1484 312 1507 313 1434 314 1425 315 1456 316 1499 317 1382 318 1442 319 1358 320 1436 321 1431 322 1328 323 1354 324 1345 325 1279 326 1318 327 1308 328 1340 329 1405 330 1332 331 1321 332 1215 333 1287 334 1228 335 1148 336 1153 337 1196 338 1228 339 1217 340 1265 341 1176 342 1151 343 1206 344 1220 345 1161 346 1194 347 1139 348 1171 349 1181 350 1185 351 1128 352 1159 353 1126 354 1104 355 1171 356 1122 357 1116 358 1128 359 1072 360 1121 361 1127 362 1103 363 1085 364 1014 365 1036 366 1017 367 1106 368 1024 369 1114 370 1071 371 999 372 1039 373 988 374 1063 375 1036 376 1063 377 998 378 1036 379 1078 380 972 381 1011 382 993 383 975 384 1030 385 975 386 983 387 1006 388 1015 389 982 390 964 391 969 392 1001 393 1013 394 1011 395 990 396 982 397 1003 398 1047 399 1051 400 1009 401 1022 402 1032 403 1058 404 1049 405 1056 406 1071 407 1051 408 1068 409 1104 410 1036 411 1082 412 1150 413 1180 414 1065 415 1073 416 1196 417 1181 418 1135 419 1158 420 1227 421 1359 422 1279 423 1324 424 1224 425 1320 426 1378 427 1345 428 1273 429 1366 430 1273 431 1280 432 1536 433 1292 434 1322 435 1237 436 1331 437 1290 438 1225 439 1249 440 1299 441 1309 442 1392 443 1444 444 1359 445 1305 446 1251 447 1188 448 1267 449 1309 450 1264 451 1311 452 1264 453 1362 454 1228 455 1358 456 1415 457 1336 458 1468 459 1384 460 1315 461 1309 462 1346 463 1317 464 1308 465 1289 466 1205 467 1341 468 1202 469 1271 470 1204 471 1222 472 1321 473 1190 474 1256 475 1195 476 1350 477 1180 478 1168 479 1264 480 1279 481 1227 482 1306 483 1287 484 1281 485 1286 486 1249 487 1245 488 1152 489 1169 490 1207 491 1202 492 1162 493 1220 494 1197 495 1182 496 1286 497 1122 498 1204 499 1176 500 1097 501 1199 502 1027 503 1052 504 1053 505 1144 506 1099 507 1160 508 1069 509 1038 510 1066 511 1010 512 1134 513 1031 514 1049 515 956 516 1012 517 1055 518 1012 519 925 520 1009 521 1024 522 952 523 991 524 990 525 1008 526 1021 527 988 528 1029 529 1009 530 983 531 1051 532 975 533 1007 534 927 535 919 536 993 537 959 538 967 539 959 540 927 541 986 542 987 543 871 544 934 545 896 546 916 547 991 548 950 549 1037 550 1003 551 935 552 955 553 860 554 890 555 853 556 875 557 829 558 824 559 847 560 884 561 828 562 831 563 905 564 869 565 840 566 757 567 886 568 833 569 828 570 861 571 812 572 837 573 838 574 842 575 818 576 761 577 825 578 830 579 801 580 775 581 773 582 749 583 772 584 744 585 766 586 761 587 762 588 758 589 734 590 785 591 797 592 775 593 742 594 772 595 755 596 773 597 750 598 718 599 699 600 776 601 722 602 773 603 784 604 733 605 700 606 754 607 688 608 711 609 712 610 674 611 743 612 685 613 706 614 721 615 708 616 675 617 709 618 688 619 706 620 731 621 695 622 660 623 741 624 739 625 684 626 696 627 715 628 767 629 718 630 717 631 846 632 675 633 709 634 763 635 740 636 782 637 755 638 736 639 749 640 712 641 806 642 740 643 770 644 717 645 726 646 742 647 756 648 727 649 695 650 741 651 720 652 806 653 753 654 861 655 692 656 799 657 830 658 758 659 751 660 763 661 759 662 809 663 754 664 822 665 800 666 791 667 798 668 776 669 739 670 798 671 829 672 786 673 772 674 829 675 791 676 810 677 866 678 783 679 807 680 801 681 789 682 830 683 802 684 821 685 789 686 808 687 851 688 795 689 807 690 827 691 746 692 728 693 803 694 787 695 825 696 778 697 872 698 753 699 732 700 794 701 761 702 771 703 751 704 824 705 772 706 813 707 783 708 752 709 688 710 714 711 753 712 722 713 838 714 727 715 715 716 737 717 793 718 745 719 649 720 591 721 659 722 684 723 619 724 698 725 644 726 622 727 702 728 716 729 679 730 667 731 673 732 678 733 592 734 679 735 674 736 704 737 660 738 682 739 661 740 620 741 626 742 649 743 617 744 666 745 650 746 644 747 647 748 732 749 687 750 705 751 679 752 662 753 659 754 640 755 633 756 698 757 645 758 675 759 643 760 667 761 730 762 715 763 735 764 716 765 718 766 640 767 681 768 751 769 702 770 729 771 756 772 732 773 686 774 692 775 701 776 681 777 672 778 752 779 702 780 731 781 786 782 690 783 730 784 761 785 763 786 729 787 727 788 762 789 795 790 782 791 805 792 769 793 771 794 776 795 865 796 769 797 784 798 728 799 754 800 798 801 750 802 834 803 757 804 713 805 773 806 873 807 822 808 920 809 967 810 948 811 871 812 902 813 980 814 1041 815 953 816 919 817 955 818 1158 819 1122 820 986 821 1044 822 948 823 1180 824 1072 825 887 826 1050 827 937 828 993 829 988 830 811 831 865 832 823 833 953 834 878 835 863 836 921 837 924 838 1106 839 900 840 901 841 888 842 857 843 975 844 856 845 831 846 858 847 740 848 821 849 833 850 787 851 691 852 716 853 737 854 796 855 812 856 810 857 750 858 793 859 757 860 770 861 707 862 761 863 738 864 711 865 693 866 755 867 714 868 735 869 732 870 757 871 761 872 750 873 730 874 763 875 718 876 711 877 696 878 734 879 712 880 705 881 721 882 729 883 759 884 733 885 725 886 727 887 695 888 727 889 743 890 681 891 728 892 754 893 796 894 839 895 787 896 780 897 760 898 775 899 808 900 797 901 886 902 829 903 859 904 796 905 862 906 829 907 845 908 899 909 829 910 896 911 912 912 1000 913 934 914 881 915 840 916 892 917 881 918 899 919 921 920 1050 921 886 922 910 923 904 924 885 925 786 926 914 927 891 928 847 929 956 930 933 931 981 932 894 933 934 934 1021 935 865 936 876 937 859 938 918 939 875 940 826 941 900 942 874 943 870 944 816 945 825 946 816 947 781 948 831 949 807 950 836 951 870 952 772 953 832 954 777 955 826 956 806 957 720 958 808 959 762 960 777 961 787 962 759 963 750 964 773 965 787 966 782 967 700 968 722 969 804 970 839 971 803 972 789 973 812 974 747 975 803 976 748 977 746 978 806 979 823 980 781 981 834 982 760 983 834 984 833 985 803 986 816 987 845 988 826 989 821 990 846 991 860 992 759 993 822 994 852 995 847 996 818 997 787 998 784 999 816 1000 799 1001 857 1002 836 1003 908 1004 814 1005 838 1006 784 1007 789 1008 847 1009 845 1010 866 1011 808 1012 801 1013 889 1014 903 1015 824 1016 786 1017 810 1018 875 1019 824 1020 816 1021 734 1022 749 1023 793 1024 871 1025 877 1026 824 1027 727 1028 847 1029 826 1030 820 1031 816 1032 750 1033 803 1034 750 1035 760 1036 700 1037 834 1038 763 1039 817 1040 741 1041 812 1042 768 1043 798 1044 729 1045 737 1046 787 1047 660 1048 760 1049 693 1050 799 1051 752 1052 724 1053 708 1054 781 1055 749 1056 758 1057 685 1058 714 1059 710 1060 741 1061 726 1062 755 1063 728 1064 698 1065 691 1066 736 1067 696 1068 732 1069 809 1070 636 1071 679 1072 724 1073 611 1074 640 1075 626 1076 665 1077 612 1078 574 1079 692 1080 601 1081 557 1082 587 1083 585 1084 600 1085 600 1086 563 1087 642 1088 585 1089 648 1090 628 1091 559 1092 573 1093 590 1094 613 1095 611 1096 656 1097 728 1098 645 1099 647 1100 689 1101 705 1102 701 1103 624 1104 693 1105 635 1106 694 1107 709 1108 738 1109 748 1110 727 1111 754 1112 793 1113 817 1114 707 1115 726 1116 797 1117 829 1118 859 1119 824 1120 795 1121 761 1122 766 1123 711 1124 691 1125 788 1126 753 1127 791 1128 743 1129 801 1130 795 1131 851 1132 871 1133 827 1134 747 1135 715 1136 711 1137 762 1138 683 1139 735 1140 752 1141 795 1142 750 1143 752 1144 764 1145 780 1146 760 1147 830 1148 709 1149 656 1150 683 1151 713 1152 683 1153 561 1154 612 1155 563 1156 668 1157 651 1158 685 1159 665 1160 676 1161 663 1162 692 1163 695 1164 648 1165 611 1166 603 1167 621 1168 608 1169 670 1170 652 1171 703 1172 589 1173 665 1174 664 1175 682 1176 585 1177 674 1178 606 1179 591 1180 576 1181 613 1182 576 1183 602 1184 624 1185 588 1186 639 1187 663 1188 646 1189 619 1190 603 1191 637 1192 617 1193 690 1194 614 1195 654 1196 677 1197 638 1198 632 1199 647 1200 653 1201 679