## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/KI12_hist.pdf INPUT=KI12_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/KI12_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:52:30 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 207 109 35 145935987 310.63081 319.857642 4169629 FR 73 125 159 189 219 453 1433 2657 5267 27903 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 14 36 15 37 17 38 10 39 29 40 26 41 50 42 35 43 81 44 111 45 116 46 143 47 148 48 172 49 217 50 233 51 244 52 294 53 291 54 299 55 369 56 383 57 460 58 472 59 599 60 645 61 749 62 829 63 978 64 1084 65 1285 66 1371 67 1479 68 1660 69 1912 70 2091 71 2328 72 2724 73 2963 74 3305 75 3751 76 4085 77 4485 78 5026 79 5470 80 5951 81 6710 82 7089 83 7995 84 8789 85 9419 86 10396 87 11120 88 12032 89 12657 90 13447 91 14568 92 15415 93 16386 94 17671 95 18480 96 19149 97 20470 98 21431 99 22173 100 22801 101 23462 102 24399 103 25003 104 25812 105 26647 106 26883 107 27524 108 27906 109 27733 110 28263 111 28076 112 28230 113 28762 114 28148 115 28649 116 28545 117 28263 118 28359 119 28077 120 27877 121 27944 122 27417 123 26778 124 26601 125 26238 126 25829 127 25986 128 25366 129 24854 130 24429 131 24040 132 23514 133 22907 134 22524 135 21855 136 21897 137 21359 138 21143 139 20428 140 19979 141 19749 142 19186 143 18742 144 18571 145 18278 146 17813 147 17291 148 16895 149 16534 150 16073 151 16047 152 15450 153 15022 154 14658 155 14280 156 13900 157 13845 158 13542 159 13384 160 13046 161 12657 162 12159 163 12127 164 11625 165 11458 166 11442 167 11032 168 10834 169 10693 170 10606 171 10208 172 9942 173 9711 174 9579 175 9435 176 9290 177 8995 178 8813 179 8595 180 8438 181 8356 182 8156 183 8071 184 7963 185 7732 186 7685 187 7495 188 7377 189 7336 190 7319 191 7150 192 6950 193 6800 194 6678 195 6483 196 6511 197 6391 198 6374 199 6301 200 6240 201 5976 202 5971 203 5874 204 5824 205 5626 206 5640 207 5327 208 5229 209 5303 210 5145 211 5205 212 5127 213 4913 214 5032 215 4868 216 4584 217 4548 218 4571 219 4690 220 4319 221 4360 222 4301 223 4312 224 4165 225 4107 226 3913 227 3960 228 3819 229 3931 230 3777 231 3847 232 3780 233 3662 234 3714 235 3626 236 3558 237 3466 238 3439 239 3374 240 3307 241 3256 242 3162 243 3160 244 3047 245 3030 246 2947 247 2962 248 2832 249 2855 250 2777 251 2729 252 2712 253 2650 254 2544 255 2550 256 2479 257 2495 258 2418 259 2356 260 2307 261 2381 262 2278 263 2317 264 2228 265 2171 266 2107 267 2069 268 2122 269 2053 270 2011 271 1937 272 2005 273 1963 274 1921 275 1948 276 1875 277 1828 278 1821 279 1846 280 1771 281 1800 282 1751 283 1706 284 1687 285 1665 286 1697 287 1681 288 1654 289 1602 290 1567 291 1506 292 1486 293 1502 294 1499 295 1578 296 1527 297 1440 298 1352 299 1447 300 1447 301 1443 302 1385 303 1406 304 1276 305 1372 306 1294 307 1289 308 1307 309 1310 310 1366 311 1259 312 1312 313 1313 314 1246 315 1273 316 1280 317 1267 318 1252 319 1271 320 1228 321 1191 322 1161 323 1182 324 1188 325 1200 326 1202 327 1201 328 1159 329 1155 330 1171 331 1130 332 1145 333 1101 334 1072 335 1088 336 1118 337 1063 338 1114 339 1124 340 1145 341 1062 342 1092 343 1069 344 1103 345 1081 346 1091 347 1083 348 1028 349 1053 350 1102 351 1086 352 1045 353 1063 354 1036 355 975 356 1002 357 1064 358 1044 359 1003 360 1009 361 982 362 1016 363 983 364 960 365 983 366 984 367 965 368 940 369 994 370 983 371 996 372 954 373 879 374 908 375 1006 376 1033 377 984 378 968 379 949 380 992 381 872 382 954 383 854 384 909 385 945 386 940 387 910 388 926 389 959 390 980 391 949 392 935 393 960 394 821 395 960 396 950 397 917 398 945 399 937 400 964 401 960 402 980 403 936 404 986 405 1073 406 962 407 951 408 1050 409 1054 410 958 411 1067 412 1120 413 1139 414 1012 415 1183 416 1178 417 1114 418 1110 419 1144 420 1204 421 1306 422 1313 423 1333 424 1234 425 1344 426 1372 427 1402 428 1195 429 1314 430 1342 431 1336 432 1662 433 1468 434 1268 435 1221 436 1361 437 1295 438 1266 439 1187 440 1298 441 1226 442 1326 443 1420 444 1371 445 1243 446 1223 447 1234 448 1321 449 1272 450 1218 451 1347 452 1249 453 1245 454 1276 455 1272 456 1352 457 1310 458 1402 459 1419 460 1291 461 1294 462 1269 463 1182 464 1185 465 1226 466 1155 467 1282 468 1138 469 1241 470 1224 471 1262 472 1239 473 1191 474 1165 475 1257 476 1289 477 1218 478 1184 479 1217 480 1191 481 1205 482 1288 483 1248 484 1252 485 1296 486 1211 487 1175 488 1126 489 1151 490 1122 491 1096 492 1210 493 1198 494 1185 495 1179 496 1206 497 1146 498 1162 499 1166 500 1037 501 1059 502 1023 503 1094 504 994 505 1017 506 993 507 1029 508 1019 509 1009 510 1008 511 977 512 978 513 959 514 892 515 924 516 938 517 936 518 894 519 906 520 887 521 951 522 956 523 927 524 851 525 948 526 954 527 895 528 962 529 989 530 960 531 919 532 894 533 903 534 851 535 922 536 920 537 940 538 962 539 856 540 931 541 963 542 909 543 856 544 907 545 903 546 886 547 894 548 910 549 907 550 892 551 877 552 951 553 821 554 807 555 825 556 805 557 802 558 843 559 728 560 790 561 773 562 806 563 808 564 799 565 808 566 768 567 804 568 727 569 777 570 841 571 794 572 709 573 721 574 768 575 701 576 776 577 786 578 809 579 719 580 763 581 721 582 707 583 734 584 682 585 743 586 732 587 687 588 700 589 669 590 725 591 681 592 751 593 687 594 699 595 750 596 698 597 661 598 686 599 632 600 692 601 718 602 632 603 667 604 658 605 665 606 657 607 664 608 631 609 628 610 633 611 680 612 614 613 641 614 687 615 677 616 646 617 655 618 638 619 643 620 682 621 667 622 687 623 689 624 643 625 699 626 708 627 675 628 731 629 711 630 723 631 785 632 752 633 711 634 687 635 657 636 719 637 687 638 691 639 733 640 764 641 731 642 698 643 710 644 719 645 724 646 698 647 802 648 783 649 744 650 761 651 783 652 818 653 747 654 881 655 782 656 779 657 803 658 781 659 793 660 808 661 820 662 755 663 823 664 838 665 793 666 817 667 820 668 791 669 733 670 852 671 841 672 825 673 781 674 809 675 853 676 751 677 841 678 754 679 826 680 834 681 838 682 905 683 857 684 844 685 859 686 814 687 890 688 856 689 808 690 885 691 824 692 780 693 792 694 782 695 836 696 865 697 861 698 794 699 800 700 846 701 717 702 782 703 756 704 705 705 759 706 766 707 837 708 794 709 731 710 746 711 774 712 774 713 769 714 669 715 691 716 748 717 747 718 691 719 616 720 649 721 679 722 666 723 683 724 707 725 667 726 645 727 684 728 678 729 708 730 652 731 615 732 656 733 662 734 749 735 664 736 661 737 637 738 656 739 645 740 682 741 620 742 583 743 626 744 699 745 733 746 625 747 640 748 672 749 690 750 695 751 742 752 664 753 595 754 712 755 648 756 659 757 677 758 680 759 622 760 652 761 653 762 660 763 792 764 664 765 772 766 660 767 699 768 748 769 702 770 762 771 804 772 729 773 697 774 734 775 699 776 649 777 695 778 697 779 698 780 783 781 753 782 667 783 741 784 848 785 780 786 752 787 785 788 730 789 758 790 802 791 789 792 757 793 765 794 812 795 800 796 743 797 814 798 785 799 745 800 794 801 745 802 777 803 748 804 808 805 755 806 829 807 834 808 945 809 1036 810 981 811 906 812 932 813 992 814 1056 815 1001 816 896 817 1044 818 1237 819 1150 820 1039 821 1041 822 970 823 1188 824 1102 825 940 826 1071 827 996 828 1014 829 1010 830 777 831 878 832 813 833 977 834 923 835 810 836 875 837 949 838 1178 839 935 840 925 841 905 842 922 843 996 844 809 845 845 846 866 847 733 848 784 849 689 850 791 851 687 852 701 853 769 854 746 855 789 856 704 857 737 858 764 859 689 860 762 861 745 862 754 863 711 864 706 865 597 866 638 867 645 868 646 869 644 870 625 871 651 872 735 873 691 874 653 875 643 876 693 877 662 878 673 879 658 880 660 881 637 882 703 883 675 884 727 885 713 886 678 887 629 888 690 889 664 890 696 891 722 892 643 893 777 894 813 895 769 896 769 897 779 898 747 899 803 900 806 901 835 902 818 903 861 904 824 905 852 906 806 907 788 908 879 909 830 910 875 911 852 912 899 913 962 914 871 915 847 916 843 917 840 918 897 919 959 920 979 921 922 922 906 923 875 924 886 925 825 926 819 927 877 928 845 929 974 930 868 931 989 932 842 933 984 934 1003 935 844 936 880 937 870 938 918 939 838 940 804 941 844 942 855 943 800 944 750 945 798 946 777 947 734 948 768 949 783 950 785 951 798 952 743 953 771 954 762 955 759 956 756 957 800 958 770 959 671 960 723 961 790 962 746 963 800 964 684 965 810 966 701 967 722 968 712 969 720 970 778 971 792 972 767 973 764 974 771 975 748 976 718 977 716 978 813 979 707 980 758 981 801 982 766 983 765 984 834 985 835 986 769 987 844 988 814 989 844 990 839 991 784 992 781 993 807 994 776 995 851 996 828 997 795 998 836 999 762 1000 756 1001 802 1002 819 1003 894 1004 797 1005 811 1006 850 1007 842 1008 861 1009 841 1010 793 1011 797 1012 765 1013 859 1014 881 1015 881 1016 765 1017 837 1018 824 1019 764 1020 790 1021 769 1022 788 1023 792 1024 893 1025 865 1026 785 1027 733 1028 863 1029 836 1030 824 1031 880 1032 789 1033 817 1034 751 1035 759 1036 743 1037 821 1038 803 1039 819 1040 773 1041 791 1042 807 1043 821 1044 807 1045 706 1046 729 1047 719 1048 791 1049 711 1050 835 1051 750 1052 748 1053 727 1054 793 1055 772 1056 759 1057 726 1058 757 1059 697 1060 801 1061 840 1062 819 1063 748 1064 654 1065 679 1066 750 1067 717 1068 731 1069 765 1070 728 1071 698 1072 741 1073 663 1074 619 1075 661 1076 660 1077 675 1078 647 1079 630 1080 682 1081 600 1082 550 1083 573 1084 629 1085 619 1086 607 1087 623 1088 614 1089 647 1090 663 1091 616 1092 622 1093 559 1094 597 1095 619 1096 679 1097 670 1098 640 1099 629 1100 632 1101 717 1102 693 1103 646 1104 669 1105 719 1106 768 1107 735 1108 767 1109 696 1110 754 1111 743 1112 709 1113 868 1114 730 1115 808 1116 883 1117 791 1118 787 1119 753 1120 814 1121 748 1122 739 1123 789 1124 795 1125 787 1126 744 1127 780 1128 712 1129 796 1130 870 1131 830 1132 857 1133 765 1134 703 1135 733 1136 722 1137 791 1138 721 1139 740 1140 739 1141 794 1142 773 1143 727 1144 761 1145 745 1146 772 1147 758 1148 753 1149 656 1150 726 1151 712 1152 704 1153 621 1154 581 1155 608 1156 677 1157 672 1158 668 1159 701 1160 653 1161 668 1162 697 1163 689 1164 634 1165 581 1166 598 1167 682 1168 614 1169 643 1170 687 1171 707 1172 628 1173 608 1174 650 1175 591 1176 581 1177 668 1178 559 1179 590 1180 606 1181 583 1182 605 1183 615 1184 630 1185 569 1186 572 1187 605 1188 616 1189 641 1190 660 1191 620 1192 667 1193 620 1194 677 1195 607 1196 635 1197 694 1198 649 1199 715 1200 624 1201 727 1202 738 1203 724 1204 688 1205 780 1206 716 1207 830 1208 744 1209 816 1210 697 1211 798 1212 847 1213 900 1214 921 1215 1041 1216 1066 1217 806 1218 867 1219 944 1220 849 1221 933 1222 866 1223 1020 1224 840 1225 704 1226 855 1227 794 1228 856 1229 757 1230 838 1231 859 1232 780 1233 842 1234 896 1235 874 1236 916 1237 853 1238 831 1239 883 1240 1027 1241 933 1242 935 1243 888 1244 932 1245 894 1246 1107 1247 895 1248 1062 1249 948 1250 977 1251 1135 1252 1145 1253 1014 1254 1215 1255 1101 1256 1106 1257 1004 1258 1195 1259 1100 1260 1112 1261 1030 1262 1101 1263 1097 1264 1073 1265 1064 1266 1096 1267 1102 1268 1070 1269 1161 1270 996 1271 1005 1272 1156 1273 1053 1274 1042 1275 1082 1276 979 1277 1119 1278 985 1279 1006 1280 1031 1281 1059 1282 919 1283 876 1284 1113 1285 985 1286 1023 1287 923 1288 1027 1289 978 1290 856 1291 889 1292 907 1293 889 1294 860 1295 979 1296 953 1297 983