## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/KI11_hist.pdf INPUT=KI11_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/KI11_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:54:29 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 208 110 35 137163812 313.373395 323.446451 4175353 FR 73 125 161 191 221 451 1433 2661 5279 27883 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 13 36 16 37 15 38 13 39 16 40 25 41 47 42 57 43 109 44 126 45 148 46 147 47 171 48 182 49 184 50 231 51 234 52 251 53 338 54 344 55 355 56 404 57 470 58 524 59 546 60 623 61 768 62 857 63 1022 64 1088 65 1191 66 1305 67 1528 68 1648 69 1780 70 2116 71 2345 72 2622 73 3069 74 3288 75 3745 76 4095 77 4527 78 4979 79 5429 80 5992 81 6529 82 7232 83 7992 84 8840 85 9507 86 10306 87 11176 88 11992 89 12571 90 13327 91 14418 92 15376 93 16526 94 17569 95 18697 96 19510 97 20482 98 21171 99 21861 100 22422 101 23293 102 23991 103 24727 104 25574 105 26300 106 26948 107 27450 108 27648 109 27900 110 28219 111 28452 112 27990 113 28394 114 28386 115 28863 116 28369 117 28668 118 28178 119 27902 120 27812 121 28029 122 27489 123 26612 124 26527 125 26045 126 26055 127 26169 128 25447 129 24573 130 24602 131 23807 132 23444 133 22900 134 22394 135 22067 136 21666 137 21256 138 21046 139 20498 140 19921 141 19616 142 19457 143 18777 144 18532 145 18179 146 17552 147 17309 148 17146 149 16562 150 16240 151 15826 152 15616 153 15372 154 14647 155 14332 156 14126 157 14078 158 13656 159 13390 160 13210 161 12661 162 12287 163 12349 164 11673 165 11621 166 11192 167 11255 168 10848 169 10516 170 10502 171 10140 172 9990 173 9648 174 9704 175 9497 176 9298 177 8836 178 8751 179 8573 180 8647 181 8342 182 8295 183 7978 184 7962 185 7817 186 7704 187 7708 188 7491 189 7367 190 7164 191 7090 192 6886 193 6953 194 6743 195 6645 196 6560 197 6383 198 6213 199 6231 200 6126 201 6128 202 5994 203 5893 204 5684 205 5624 206 5563 207 5403 208 5317 209 5369 210 5273 211 5079 212 5076 213 5117 214 4945 215 4833 216 4744 217 4620 218 4758 219 4596 220 4423 221 4357 222 4288 223 4284 224 4182 225 4344 226 4065 227 3993 228 3942 229 3829 230 3899 231 3850 232 3786 233 3685 234 3644 235 3533 236 3433 237 3428 238 3408 239 3367 240 3392 241 3218 242 3149 243 3110 244 3158 245 3110 246 3141 247 2962 248 2953 249 2817 250 2824 251 2824 252 2752 253 2660 254 2624 255 2563 256 2539 257 2541 258 2473 259 2431 260 2414 261 2392 262 2432 263 2194 264 2227 265 2217 266 2175 267 2120 268 2046 269 2093 270 1998 271 2044 272 1982 273 1981 274 1983 275 1893 276 1905 277 1895 278 1938 279 1827 280 1830 281 1764 282 1822 283 1732 284 1696 285 1706 286 1738 287 1670 288 1705 289 1618 290 1541 291 1523 292 1519 293 1526 294 1572 295 1455 296 1500 297 1408 298 1447 299 1428 300 1506 301 1385 302 1402 303 1424 304 1456 305 1371 306 1371 307 1294 308 1406 309 1307 310 1302 311 1379 312 1383 313 1318 314 1358 315 1248 316 1293 317 1282 318 1295 319 1238 320 1264 321 1209 322 1185 323 1201 324 1231 325 1154 326 1190 327 1133 328 1248 329 1197 330 1156 331 1144 332 1125 333 1185 334 1089 335 1149 336 1132 337 1033 338 1062 339 1072 340 1088 341 1073 342 1065 343 1043 344 1121 345 1171 346 1141 347 1081 348 1021 349 982 350 1019 351 1047 352 1083 353 1032 354 1058 355 1043 356 977 357 1014 358 998 359 1095 360 1022 361 988 362 1052 363 1030 364 989 365 1013 366 994 367 933 368 988 369 1031 370 978 371 989 372 918 373 908 374 977 375 1070 376 999 377 920 378 886 379 955 380 927 381 868 382 941 383 905 384 908 385 971 386 907 387 871 388 923 389 903 390 897 391 987 392 939 393 930 394 937 395 972 396 946 397 984 398 998 399 974 400 940 401 1004 402 1004 403 948 404 1003 405 957 406 980 407 989 408 994 409 1136 410 1071 411 1120 412 1029 413 1050 414 1018 415 1128 416 1094 417 1147 418 1112 419 1166 420 1215 421 1310 422 1271 423 1312 424 1265 425 1396 426 1390 427 1422 428 1250 429 1422 430 1411 431 1329 432 1658 433 1423 434 1272 435 1277 436 1326 437 1263 438 1298 439 1237 440 1295 441 1213 442 1298 443 1321 444 1396 445 1225 446 1234 447 1186 448 1273 449 1276 450 1204 451 1326 452 1278 453 1265 454 1324 455 1241 456 1370 457 1378 458 1390 459 1350 460 1306 461 1197 462 1284 463 1235 464 1215 465 1144 466 1168 467 1274 468 1192 469 1228 470 1152 471 1280 472 1216 473 1123 474 1317 475 1266 476 1282 477 1207 478 1178 479 1218 480 1175 481 1226 482 1249 483 1230 484 1261 485 1253 486 1295 487 1174 488 1082 489 1147 490 1130 491 1196 492 1161 493 1252 494 1152 495 1115 496 1218 497 1099 498 1120 499 1127 500 1078 501 1120 502 1056 503 1078 504 1041 505 1051 506 1053 507 1065 508 1067 509 1044 510 998 511 946 512 1054 513 958 514 935 515 960 516 911 517 932 518 908 519 878 520 901 521 946 522 935 523 996 524 895 525 970 526 910 527 891 528 918 529 927 530 927 531 962 532 935 533 901 534 899 535 932 536 939 537 933 538 948 539 910 540 903 541 954 542 848 543 855 544 861 545 878 546 870 547 975 548 874 549 835 550 878 551 861 552 883 553 844 554 778 555 801 556 804 557 791 558 812 559 747 560 787 561 803 562 778 563 835 564 808 565 767 566 736 567 775 568 815 569 783 570 834 571 804 572 786 573 752 574 762 575 785 576 738 577 736 578 791 579 717 580 758 581 733 582 770 583 783 584 692 585 775 586 700 587 706 588 741 589 697 590 690 591 742 592 715 593 725 594 722 595 704 596 713 597 662 598 696 599 615 600 695 601 687 602 695 603 678 604 646 605 672 606 730 607 648 608 643 609 666 610 615 611 651 612 673 613 680 614 683 615 652 616 658 617 673 618 654 619 634 620 644 621 699 622 636 623 684 624 667 625 642 626 649 627 674 628 686 629 745 630 643 631 721 632 669 633 684 634 653 635 725 636 726 637 702 638 748 639 718 640 730 641 724 642 720 643 743 644 688 645 743 646 729 647 733 648 765 649 761 650 755 651 789 652 866 653 741 654 841 655 777 656 767 657 819 658 764 659 758 660 801 661 765 662 768 663 803 664 812 665 850 666 775 667 773 668 775 669 688 670 773 671 854 672 824 673 738 674 867 675 845 676 831 677 919 678 825 679 797 680 794 681 856 682 891 683 866 684 878 685 848 686 907 687 937 688 832 689 787 690 826 691 815 692 788 693 810 694 787 695 847 696 756 697 913 698 764 699 722 700 806 701 750 702 793 703 776 704 740 705 748 706 777 707 863 708 709 709 682 710 719 711 732 712 755 713 758 714 689 715 654 716 754 717 781 718 693 719 639 720 718 721 662 722 639 723 672 724 680 725 608 726 693 727 684 728 705 729 738 730 645 731 692 732 598 733 653 734 762 735 683 736 623 737 631 738 664 739 616 740 654 741 614 742 626 743 610 744 617 745 688 746 690 747 693 748 723 749 768 750 808 751 650 752 635 753 598 754 714 755 682 756 620 757 627 758 648 759 668 760 685 761 697 762 752 763 743 764 720 765 786 766 653 767 792 768 703 769 738 770 761 771 787 772 745 773 706 774 661 775 733 776 687 777 741 778 753 779 725 780 758 781 686 782 638 783 757 784 809 785 781 786 741 787 756 788 724 789 764 790 796 791 757 792 795 793 784 794 840 795 869 796 791 797 818 798 850 799 732 800 760 801 719 802 812 803 767 804 750 805 836 806 860 807 765 808 905 809 1041 810 954 811 924 812 902 813 982 814 1038 815 1039 816 919 817 916 818 1252 819 1157 820 1037 821 1100 822 982 823 1253 824 1191 825 924 826 1060 827 978 828 988 829 934 830 815 831 954 832 831 833 979 834 903 835 877 836 925 837 933 838 1101 839 953 840 962 841 916 842 859 843 1042 844 795 845 840 846 812 847 710 848 781 849 743 850 775 851 753 852 651 853 707 854 736 855 783 856 699 857 695 858 803 859 683 860 799 861 733 862 697 863 770 864 644 865 686 866 674 867 680 868 665 869 648 870 624 871 649 872 711 873 661 874 673 875 637 876 682 877 653 878 612 879 687 880 642 881 668 882 704 883 716 884 699 885 638 886 677 887 677 888 696 889 673 890 669 891 675 892 672 893 707 894 820 895 739 896 818 897 707 898 782 899 856 900 806 901 793 902 805 903 857 904 819 905 827 906 823 907 839 908 845 909 869 910 893 911 851 912 981 913 948 914 920 915 858 916 844 917 847 918 862 919 982 920 944 921 913 922 864 923 822 924 860 925 811 926 766 927 878 928 880 929 927 930 835 931 982 932 861 933 928 934 975 935 871 936 907 937 854 938 944 939 804 940 803 941 807 942 850 943 809 944 765 945 769 946 785 947 810 948 778 949 775 950 814 951 816 952 767 953 816 954 760 955 797 956 771 957 713 958 767 959 734 960 759 961 720 962 730 963 799 964 702 965 750 966 708 967 712 968 735 969 756 970 828 971 815 972 774 973 795 974 690 975 722 976 718 977 686 978 803 979 714 980 702 981 798 982 783 983 802 984 855 985 770 986 798 987 815 988 818 989 866 990 817 991 773 992 793 993 741 994 751 995 781 996 782 997 830 998 773 999 761 1000 753 1001 823 1002 822 1003 866 1004 856 1005 789 1006 797 1007 805 1008 820 1009 788 1010 823 1011 831 1012 754 1013 881 1014 828 1015 860 1016 785 1017 782 1018 779 1019 762 1020 813 1021 762 1022 751 1023 816 1024 876 1025 837 1026 861 1027 707 1028 837 1029 806 1030 785 1031 962 1032 839 1033 838 1034 745 1035 733 1036 804 1037 819 1038 801 1039 818 1040 758 1041 799 1042 765 1043 816 1044 760 1045 778 1046 778 1047 729 1048 778 1049 699 1050 799 1051 740 1052 715 1053 732 1054 780 1055 766 1056 703 1057 739 1058 732 1059 684 1060 758 1061 786 1062 746 1063 738 1064 694 1065 735 1066 705 1067 711 1068 751 1069 803 1070 704 1071 644 1072 711 1073 656 1074 659 1075 659 1076 665 1077 627 1078 608 1079 658 1080 643 1081 610 1082 592 1083 582 1084 593 1085 612 1086 601 1087 590 1088 647 1089 650 1090 656 1091 647 1092 589 1093 622 1094 604 1095 626 1096 656 1097 726 1098 657 1099 591 1100 676 1101 729 1102 650 1103 668 1104 653 1105 673 1106 753 1107 723 1108 705 1109 698 1110 755 1111 756 1112 700 1113 777 1114 734 1115 828 1116 877 1117 788 1118 869 1119 797 1120 825 1121 718 1122 718 1123 766 1124 773 1125 782 1126 774 1127 787 1128 754 1129 814 1130 809 1131 830 1132 915 1133 817 1134 706 1135 737 1136 679 1137 809 1138 719 1139 770 1140 773 1141 810 1142 796 1143 751 1144 764 1145 762 1146 737 1147 781 1148 706 1149 619 1150 643 1151 693 1152 673 1153 605 1154 619 1155 627 1156 647 1157 682 1158 628 1159 766 1160 735 1161 617 1162 711 1163 651 1164 642 1165 592 1166 635 1167 657 1168 613 1169 651 1170 628 1171 664 1172 608 1173 633 1174 608 1175 588 1176 605 1177 688 1178 636 1179 579 1180 595 1181 619 1182 625 1183 660 1184 568 1185 564 1186 638 1187 651 1188 614 1189 652 1190 651 1191 635 1192 635 1193 654 1194 592 1195 637 1196 611 1197 660 1198 704 1199 722 1200 679 1201 733 1202 751 1203 702 1204 710 1205 795 1206 749 1207 776 1208 722 1209 806 1210 731 1211 839 1212 800 1213 949 1214 931 1215 1047 1216 945 1217 895 1218 894 1219 911 1220 875 1221 945 1222 832 1223 979 1224 879 1225 782 1226 832 1227 796 1228 857 1229 752 1230 824 1231 808 1232 857 1233 835 1234 856 1235 888 1236 889 1237 879 1238 862 1239 868 1240 984 1241 920 1242 927 1243 891 1244 1007 1245 891 1246 1107 1247 945 1248 1024 1249 900 1250 978 1251 1166 1252 1241 1253 1045 1254 1154 1255 1010 1256 1173 1257 1034 1258 1207 1259 1091 1260 1193 1261 1032 1262 1178 1263 1077 1264 1038 1265 1113 1266 1094 1267 1061 1268 1049 1269 1143 1270 1018 1271 1048 1272 1101 1273 1058 1274 1077 1275 1083 1276 985 1277 1121 1278 1023 1279 991 1280 1014 1281 1059 1282 905 1283 921 1284 1081 1285 964 1286 1010 1287 991 1288 1027 1289 1015 1290 843 1291 880 1292 843 1293 847 1294 935 1295 1006 1296 965 1297 949 1298 896 1299 1011 1300 862 1301 799 1302 702 1303 825 1304 744 1305 762 1306 829 1307 711 1308 703