## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/KI10_hist.pdf INPUT=KI10_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/KI10_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:52:18 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 210 112 35 163065144 318.710835 329.218362 4159848 FR 75 127 165 193 225 459 1441 2677 5313 28009 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 14 36 11 37 14 38 18 39 17 40 46 41 33 42 51 43 88 44 106 45 149 46 140 47 146 48 191 49 175 50 227 51 241 52 293 53 297 54 356 55 351 56 402 57 427 58 523 59 556 60 633 61 721 62 823 63 914 64 1116 65 1219 66 1336 67 1411 68 1590 69 1790 70 2091 71 2235 72 2558 73 2971 74 3152 75 3665 76 3952 77 4441 78 4777 79 5348 80 5705 81 6424 82 7004 83 7781 84 8764 85 9206 86 10078 87 10684 88 11735 89 12187 90 12996 91 14049 92 15183 93 16034 94 17101 95 18050 96 19132 97 20023 98 20636 99 21743 100 22358 101 22893 102 23543 103 24514 104 25253 105 26098 106 26533 107 26901 108 27349 109 27319 110 27397 111 27945 112 27517 113 28006 114 27844 115 28694 116 28012 117 27991 118 27939 119 27656 120 27624 121 27203 122 27170 123 26681 124 26146 125 25859 126 25333 127 25588 128 25003 129 24871 130 24283 131 23665 132 22890 133 22578 134 22256 135 21639 136 21785 137 21252 138 20968 139 20043 140 19828 141 19513 142 19508 143 18433 144 18277 145 17824 146 17453 147 17341 148 16917 149 16667 150 16224 151 15530 152 15408 153 15052 154 14365 155 14309 156 13714 157 13847 158 13551 159 13406 160 12619 161 12538 162 12207 163 12047 164 11845 165 11537 166 11442 167 11415 168 10824 169 10710 170 10488 171 10055 172 10083 173 9637 174 9713 175 9491 176 9209 177 9013 178 8771 179 8657 180 8534 181 8499 182 8415 183 7955 184 8205 185 7947 186 7803 187 7482 188 7464 189 7481 190 7328 191 7186 192 6909 193 6994 194 6867 195 6579 196 6677 197 6451 198 6472 199 6319 200 6110 201 6144 202 5973 203 5824 204 5783 205 5577 206 5851 207 5524 208 5486 209 5323 210 5382 211 5287 212 5134 213 5068 214 4953 215 4881 216 4915 217 4712 218 4719 219 4720 220 4524 221 4554 222 4439 223 4397 224 4420 225 4267 226 4135 227 4204 228 4112 229 3943 230 3922 231 3833 232 3787 233 3704 234 3772 235 3693 236 3477 237 3534 238 3464 239 3422 240 3341 241 3326 242 3296 243 3217 244 3182 245 3081 246 2989 247 3040 248 2927 249 2756 250 2973 251 2798 252 2826 253 2695 254 2687 255 2704 256 2623 257 2610 258 2483 259 2626 260 2434 261 2396 262 2413 263 2368 264 2285 265 2193 266 2269 267 2193 268 2135 269 2171 270 2087 271 2001 272 2087 273 2109 274 2094 275 2036 276 1975 277 1860 278 1869 279 1907 280 1833 281 1852 282 1819 283 1806 284 1728 285 1755 286 1721 287 1710 288 1751 289 1697 290 1702 291 1518 292 1629 293 1551 294 1581 295 1520 296 1524 297 1469 298 1493 299 1523 300 1436 301 1512 302 1385 303 1394 304 1421 305 1404 306 1332 307 1399 308 1393 309 1389 310 1352 311 1380 312 1337 313 1273 314 1263 315 1251 316 1310 317 1336 318 1279 319 1282 320 1227 321 1205 322 1206 323 1249 324 1236 325 1199 326 1191 327 1178 328 1211 329 1239 330 1192 331 1110 332 1171 333 1134 334 1157 335 1059 336 1136 337 1100 338 1122 339 1078 340 1088 341 1115 342 1086 343 1071 344 1071 345 1146 346 1145 347 1153 348 1081 349 1071 350 1095 351 1089 352 1063 353 1079 354 1053 355 1046 356 1030 357 986 358 990 359 1030 360 1043 361 967 362 1047 363 989 364 972 365 1036 366 996 367 960 368 963 369 978 370 996 371 978 372 946 373 956 374 955 375 994 376 986 377 948 378 925 379 965 380 955 381 886 382 952 383 966 384 998 385 1006 386 917 387 979 388 932 389 869 390 919 391 928 392 877 393 978 394 938 395 952 396 926 397 916 398 971 399 1000 400 967 401 992 402 1005 403 1004 404 949 405 1111 406 1014 407 1000 408 1078 409 1071 410 1093 411 1099 412 1103 413 1071 414 1040 415 1074 416 1138 417 1145 418 1122 419 1158 420 1176 421 1273 422 1295 423 1293 424 1198 425 1344 426 1324 427 1392 428 1281 429 1320 430 1353 431 1349 432 1630 433 1385 434 1298 435 1193 436 1327 437 1325 438 1300 439 1219 440 1210 441 1224 442 1314 443 1378 444 1309 445 1236 446 1207 447 1215 448 1209 449 1341 450 1220 451 1339 452 1254 453 1232 454 1260 455 1346 456 1426 457 1294 458 1378 459 1367 460 1321 461 1208 462 1249 463 1259 464 1260 465 1173 466 1231 467 1336 468 1171 469 1226 470 1137 471 1277 472 1197 473 1160 474 1177 475 1288 476 1252 477 1241 478 1185 479 1233 480 1152 481 1224 482 1276 483 1242 484 1209 485 1249 486 1230 487 1201 488 1110 489 1130 490 1170 491 1152 492 1141 493 1192 494 1167 495 1168 496 1142 497 1121 498 1153 499 1176 500 997 501 1068 502 1044 503 1072 504 1037 505 997 506 1055 507 1061 508 1041 509 1047 510 975 511 978 512 1012 513 976 514 1000 515 937 516 933 517 937 518 900 519 929 520 936 521 939 522 981 523 933 524 919 525 976 526 920 527 887 528 939 529 962 530 908 531 913 532 947 533 872 534 883 535 914 536 945 537 935 538 910 539 897 540 915 541 954 542 922 543 882 544 887 545 896 546 851 547 958 548 896 549 932 550 874 551 894 552 917 553 843 554 854 555 778 556 787 557 817 558 808 559 743 560 776 561 803 562 779 563 807 564 808 565 781 566 744 567 778 568 766 569 752 570 760 571 782 572 756 573 749 574 826 575 784 576 745 577 725 578 754 579 725 580 760 581 704 582 727 583 731 584 708 585 720 586 751 587 743 588 775 589 706 590 690 591 676 592 697 593 693 594 676 595 680 596 729 597 681 598 728 599 638 600 702 601 715 602 696 603 685 604 692 605 645 606 680 607 675 608 684 609 608 610 615 611 700 612 684 613 660 614 643 615 629 616 634 617 657 618 687 619 645 620 611 621 663 622 635 623 707 624 666 625 623 626 657 627 662 628 726 629 714 630 724 631 755 632 685 633 699 634 682 635 747 636 734 637 742 638 759 639 744 640 726 641 741 642 739 643 745 644 678 645 777 646 745 647 747 648 735 649 707 650 759 651 711 652 845 653 736 654 863 655 740 656 750 657 766 658 776 659 816 660 817 661 753 662 770 663 804 664 867 665 817 666 788 667 770 668 758 669 784 670 771 671 819 672 813 673 740 674 811 675 826 676 763 677 854 678 811 679 828 680 763 681 856 682 822 683 815 684 924 685 924 686 899 687 900 688 853 689 829 690 888 691 758 692 752 693 815 694 818 695 835 696 866 697 864 698 779 699 718 700 842 701 784 702 730 703 817 704 785 705 820 706 773 707 846 708 761 709 736 710 687 711 822 712 741 713 747 714 701 715 663 716 718 717 731 718 757 719 691 720 672 721 649 722 742 723 732 724 715 725 690 726 692 727 665 728 689 729 676 730 646 731 673 732 691 733 692 734 715 735 644 736 641 737 636 738 661 739 646 740 659 741 628 742 620 743 622 744 655 745 732 746 635 747 735 748 691 749 712 750 701 751 680 752 614 753 633 754 718 755 646 756 658 757 642 758 617 759 626 760 660 761 654 762 712 763 793 764 709 765 760 766 704 767 744 768 753 769 670 770 718 771 742 772 698 773 678 774 704 775 669 776 650 777 710 778 712 779 717 780 683 781 747 782 687 783 711 784 754 785 830 786 802 787 733 788 775 789 798 790 833 791 826 792 790 793 721 794 824 795 813 796 771 797 793 798 852 799 760 800 809 801 775 802 828 803 770 804 784 805 830 806 808 807 798 808 921 809 992 810 903 811 866 812 881 813 979 814 1100 815 1003 816 1005 817 990 818 1214 819 1128 820 1006 821 1046 822 990 823 1173 824 1164 825 938 826 1021 827 982 828 1011 829 985 830 802 831 935 832 839 833 985 834 907 835 867 836 855 837 993 838 1123 839 873 840 955 841 912 842 923 843 1019 844 771 845 805 846 894 847 718 848 813 849 702 850 833 851 688 852 688 853 717 854 749 855 728 856 777 857 746 858 823 859 729 860 821 861 717 862 705 863 748 864 642 865 670 866 696 867 730 868 663 869 606 870 679 871 674 872 716 873 688 874 686 875 688 876 636 877 724 878 669 879 660 880 660 881 670 882 685 883 668 884 732 885 683 886 722 887 709 888 679 889 697 890 688 891 698 892 665 893 725 894 767 895 790 896 775 897 776 898 738 899 763 900 856 901 810 902 785 903 847 904 832 905 885 906 863 907 823 908 768 909 767 910 896 911 893 912 938 913 980 914 911 915 882 916 872 917 838 918 848 919 884 920 940 921 936 922 938 923 836 924 846 925 808 926 832 927 857 928 887 929 914 930 908 931 921 932 894 933 923 934 1010 935 895 936 909 937 847 938 955 939 799 940 826 941 853 942 806 943 746 944 757 945 738 946 809 947 781 948 803 949 770 950 780 951 784 952 761 953 813 954 737 955 800 956 792 957 735 958 748 959 700 960 710 961 721 962 711 963 723 964 675 965 760 966 731 967 728 968 780 969 737 970 804 971 802 972 800 973 783 974 725 975 749 976 769 977 750 978 785 979 773 980 737 981 792 982 758 983 803 984 822 985 797 986 813 987 790 988 875 989 805 990 849 991 776 992 768 993 745 994 790 995 794 996 855 997 787 998 790 999 825 1000 752 1001 792 1002 844 1003 821 1004 858 1005 772 1006 810 1007 848 1008 809 1009 777 1010 829 1011 802 1012 796 1013 830 1014 874 1015 892 1016 748 1017 837 1018 827 1019 751 1020 800 1021 748 1022 814 1023 794 1024 868 1025 852 1026 845 1027 787 1028 889 1029 801 1030 770 1031 911 1032 822 1033 809 1034 808 1035 771 1036 726 1037 828 1038 799 1039 859 1040 753 1041 748 1042 769 1043 884 1044 786 1045 750 1046 736 1047 750 1048 776 1049 703 1050 797 1051 824 1052 772 1053 753 1054 775 1055 772 1056 781 1057 730 1058 744 1059 724 1060 761 1061 735 1062 742 1063 744 1064 680 1065 760 1066 753 1067 686 1068 752 1069 866 1070 719 1071 656 1072 652 1073 687 1074 680 1075 682 1076 691 1077 606 1078 683 1079 633 1080 617 1081 612 1082 613 1083 657 1084 570 1085 606 1086 639 1087 579 1088 591 1089 620 1090 633 1091 614 1092 609 1093 546 1094 583 1095 584 1096 651 1097 748 1098 635 1099 662 1100 719 1101 755 1102 668 1103 666 1104 671 1105 720 1106 742 1107 704 1108 741 1109 715 1110 746 1111 764 1112 725 1113 796 1114 728 1115 825 1116 855 1117 806 1118 799 1119 733 1120 746 1121 699 1122 729 1123 691 1124 723 1125 765 1126 767 1127 859 1128 684 1129 855 1130 805 1131 849 1132 846 1133 798 1134 719 1135 716 1136 722 1137 721 1138 644 1139 692 1140 701 1141 765 1142 772 1143 756 1144 764 1145 702 1146 680 1147 707 1148 725 1149 636 1150 720 1151 710 1152 714 1153 613 1154 599 1155 603 1156 667 1157 653 1158 665 1159 669 1160 672 1161 647 1162 688 1163 597 1164 563 1165 628 1166 588 1167 670 1168 579 1169 699 1170 654 1171 694 1172 628 1173 616 1174 647 1175 588 1176 635 1177 684 1178 595 1179 605 1180 543 1181 608 1182 606 1183 680 1184 639 1185 528 1186 586 1187 640 1188 648 1189 670 1190 663 1191 625 1192 652 1193 670 1194 623 1195 653 1196 654 1197 669 1198 699 1199 687 1200 651 1201 694 1202 694 1203 749 1204 715 1205 784 1206 724 1207 815 1208 740 1209 774 1210 708 1211 818 1212 843 1213 905 1214 881 1215 1035 1216 935 1217 798 1218 833 1219 915 1220 845 1221 957 1222 853 1223 992 1224 902 1225 752 1226 820 1227 753 1228 857 1229 778 1230 838 1231 836 1232 852 1233 791 1234 869 1235 926 1236 956 1237 872 1238 837 1239 909 1240 1063 1241 848 1242 919 1243 853 1244 995 1245 877 1246 1056 1247 821 1248 982 1249 962 1250 986 1251 1099 1252 1176 1253 1011 1254 1168 1255 1122 1256 1136 1257 1010 1258 1150 1259 1143 1260 1128 1261 990 1262 1096 1263 1023 1264 1066 1265 1060 1266 1080 1267 1079 1268 1029 1269 1056 1270 1010 1271 1047 1272 1196 1273 1046 1274 1022 1275 1015 1276 926 1277 1060 1278 1016 1279 929 1280 970 1281 1100 1282 947 1283 917 1284 1094 1285 955 1286 994 1287 924 1288 982 1289 933 1290 914 1291 858 1292 839 1293 898 1294 901 1295 1032 1296 960 1297 991 1298 879 1299 1065 1300 816 1301 822 1302 738 1303 815 1304 776 1305 753 1306 798 1307 777 1308 671 1309 690 1310 723 1311 727 1312 626 1313 703 1314 639 1315 649 1316 720 1317 586 1318 623 1319 656 1320 600 1321 613 1322 605 1323 547 1324 576 1325 588 1326 596 1327 565 1328 538 1329 515 1330 580