## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # picard.analysis.CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=CollectInsertSizeMetrics/KI1_hist.pdf INPUT=KI1_primary_unique.bam OUTPUT=CollectInsertSizeMetrics/KI1_metrics DEVIATIONS=10.0 MINIMUM_PCT=0.05 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Tue Apr 30 04:51:41 EDT 2019 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 201 100 35 174396383 276.05267 271.954484 4385024 FR 63 109 143 173 201 343 1321 2597 5217 27793 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 35 21 36 14 37 17 38 28 39 22 40 24 41 38 42 61 43 118 44 153 45 136 46 151 47 155 48 190 49 203 50 217 51 254 52 292 53 307 54 310 55 339 56 380 57 418 58 474 59 631 60 603 61 719 62 769 63 922 64 1031 65 1136 66 1280 67 1374 68 1623 69 1744 70 2000 71 2222 72 2569 73 2865 74 3123 75 3587 76 3872 77 4364 78 4858 79 5339 80 5864 81 6369 82 7231 83 7741 84 8587 85 9533 86 10209 87 10913 88 11823 89 12684 90 13336 91 14427 92 15350 93 16679 94 17559 95 18569 96 19553 97 20640 98 21449 99 22531 100 23155 101 24119 102 24689 103 26070 104 26610 105 27338 106 28027 107 28666 108 29069 109 28771 110 29116 111 29297 112 29509 113 29826 114 29816 115 30340 116 30377 117 30089 118 30232 119 29988 120 29716 121 29739 122 29353 123 28554 124 28608 125 27905 126 27660 127 28075 128 27310 129 26785 130 26277 131 25871 132 25301 133 24824 134 24239 135 24018 136 24084 137 23421 138 23055 139 22435 140 21812 141 21551 142 21429 143 20494 144 20131 145 19879 146 19318 147 18917 148 19036 149 18343 150 17942 151 17646 152 17202 153 17125 154 16288 155 16088 156 15640 157 15535 158 15058 159 14720 160 14448 161 14134 162 13785 163 13494 164 13286 165 12842 166 12833 167 12699 168 12330 169 12102 170 11732 171 11652 172 11498 173 11182 174 10940 175 10635 176 10174 177 10246 178 9973 179 9703 180 9609 181 9506 182 9287 183 8977 184 9176 185 8849 186 8718 187 8562 188 8526 189 8394 190 8069 191 8011 192 7789 193 7706 194 7682 195 7465 196 7365 197 7340 198 7065 199 6889 200 7008 201 6944 202 6877 203 6624 204 6622 205 6412 206 6214 207 6264 208 6187 209 5985 210 5811 211 5840 212 5964 213 5596 214 5490 215 5426 216 5326 217 5191 218 5239 219 5035 220 5022 221 5055 222 5077 223 4885 224 4848 225 4623 226 4691 227 4540 228 4518 229 4388 230 4445 231 4283 232 4294 233 4185 234 4086 235 4149 236 3900 237 3819 238 3836 239 3806 240 3613 241 3656 242 3654 243 3561 244 3417 245 3304 246 3396 247 3330 248 3204 249 3178 250 3128 251 3080 252 3149 253 2989 254 2923 255 3052 256 2904 257 2914 258 2796 259 2752 260 2717 261 2581 262 2635 263 2589 264 2550 265 2486 266 2462 267 2540 268 2488 269 2342 270 2268 271 2263 272 2236 273 2259 274 2288 275 2249 276 2154 277 2194 278 2043 279 2097 280 2092 281 1973 282 1947 283 1964 284 1932 285 1910 286 1873 287 1854 288 1780 289 1838 290 1823 291 1698 292 1703 293 1744 294 1797 295 1690 296 1710 297 1656 298 1656 299 1596 300 1693 301 1616 302 1576 303 1655 304 1531 305 1571 306 1509 307 1469 308 1485 309 1469 310 1472 311 1519 312 1452 313 1501 314 1496 315 1419 316 1389 317 1421 318 1415 319 1373 320 1402 321 1396 322 1306 323 1359 324 1293 325 1343 326 1243 327 1292 328 1410 329 1349 330 1325 331 1217 332 1271 333 1288 334 1297 335 1199 336 1209 337 1207 338 1217 339 1230 340 1187 341 1183 342 1191 343 1160 344 1140 345 1169 346 1253 347 1216 348 1118 349 1145 350 1174 351 1131 352 1175 353 1098 354 1115 355 1121 356 1110 357 1112 358 1097 359 1037 360 1075 361 1084 362 1069 363 1082 364 1074 365 1042 366 1007 367 1056 368 1062 369 1069 370 1049 371 1014 372 1051 373 1004 374 1023 375 1044 376 997 377 1026 378 954 379 1038 380 951 381 971 382 926 383 1009 384 972 385 1051 386 953 387 983 388 994 389 982 390 950 391 961 392 997 393 1002 394 986 395 972 396 936 397 998 398 1021 399 1031 400 980 401 1032 402 1044 403 1017 404 969 405 1033 406 1042 407 1048 408 1053 409 1148 410 1032 411 1045 412 1138 413 1082 414 1065 415 1111 416 1169 417 1123 418 1115 419 1118 420 1227 421 1314 422 1320 423 1309 424 1245 425 1254 426 1252 427 1303 428 1202 429 1262 430 1318 431 1301 432 1558 433 1300 434 1317 435 1207 436 1284 437 1194 438 1300 439 1252 440 1232 441 1232 442 1385 443 1363 444 1291 445 1185 446 1204 447 1202 448 1223 449 1293 450 1196 451 1291 452 1228 453 1366 454 1282 455 1198 456 1350 457 1293 458 1342 459 1372 460 1296 461 1251 462 1357 463 1257 464 1286 465 1219 466 1251 467 1321 468 1201 469 1293 470 1198 471 1323 472 1230 473 1183 474 1186 475 1231 476 1296 477 1202 478 1201 479 1270 480 1186 481 1259 482 1205 483 1237 484 1251 485 1301 486 1210 487 1230 488 1178 489 1173 490 1150 491 1223 492 1261 493 1271 494 1147 495 1225 496 1238 497 1160 498 1175 499 1200 500 1056 501 1101 502 1131 503 1075 504 1050 505 1040 506 1061 507 1089 508 1066 509 987 510 1037 511 1019 512 1089 513 978 514 1005 515 966 516 943 517 982 518 952 519 979 520 971 521 995 522 979 523 963 524 956 525 1019 526 935 527 962 528 1028 529 955 530 972 531 1078 532 1024 533 960 534 890 535 928 536 962 537 920 538 963 539 947 540 967 541 940 542 959 543 904 544 925 545 932 546 935 547 982 548 944 549 957 550 912 551 981 552 937 553 924 554 885 555 880 556 828 557 799 558 889 559 834 560 802 561 825 562 832 563 872 564 866 565 847 566 849 567 821 568 794 569 783 570 806 571 871 572 805 573 825 574 757 575 738 576 783 577 766 578 733 579 740 580 788 581 728 582 794 583 772 584 798 585 706 586 771 587 784 588 765 589 732 590 772 591 700 592 707 593 760 594 754 595 767 596 748 597 772 598 704 599 701 600 785 601 757 602 739 603 702 604 776 605 712 606 710 607 736 608 725 609 701 610 667 611 723 612 719 613 707 614 666 615 691 616 738 617 655 618 707 619 691 620 689 621 679 622 715 623 738 624 756 625 687 626 702 627 693 628 770 629 697 630 743 631 776 632 706 633 724 634 709 635 738 636 729 637 781 638 735 639 756 640 714 641 750 642 720 643 737 644 782 645 726 646 782 647 752 648 731 649 680 650 808 651 760 652 767 653 742 654 803 655 758 656 752 657 762 658 739 659 739 660 783 661 773 662 777 663 742 664 784 665 768 666 766 667 805 668 744 669 754 670 753 671 754 672 819 673 718 674 765 675 812 676 769 677 892 678 773 679 801 680 740 681 808 682 774 683 791 684 825 685 843 686 859 687 864 688 794 689 785 690 801 691 757 692 747 693 797 694 759 695 769 696 751 697 838 698 746 699 728 700 801 701 744 702 795 703 793 704 703 705 731 706 756 707 843 708 701 709 726 710 671 711 745 712 708 713 769 714 716 715 682 716 734 717 713 718 771 719 692 720 609 721 659 722 670 723 676 724 701 725 679 726 699 727 667 728 682 729 687 730 648 731 666 732 654 733 631 734 707 735 652 736 635 737 642 738 675 739 642 740 668 741 681 742 628 743 629 744 663 745 652 746 653 747 643 748 661 749 710 750 705 751 655 752 636 753 666 754 737 755 656 756 628 757 633 758 662 759 657 760 706 761 668 762 691 763 715 764 656 765 729 766 647 767 685 768 726 769 703 770 769 771 751 772 667 773 679 774 658 775 691 776 676 777 708 778 673 779 724 780 715 781 716 782 710 783 675 784 686 785 772 786 704 787 759 788 764 789 769 790 820 791 796 792 773 793 776 794 814 795 811 796 768 797 800 798 780 799 780 800 757 801 749 802 788 803 813 804 735 805 778 806 807 807 787 808 890 809 955 810 914 811 891 812 894 813 975 814 958 815 925 816 872 817 900 818 1107 819 1150 820 967 821 1014 822 922 823 1129 824 1081 825 864 826 1001 827 920 828 902 829 968 830 775 831 904 832 830 833 983 834 916 835 821 836 927 837 899 838 1121 839 917 840 884 841 900 842 903 843 1001 844 815 845 849 846 875 847 724 848 796 849 705 850 791 851 743 852 723 853 734 854 810 855 839 856 738 857 751 858 783 859 776 860 797 861 728 862 739 863 767 864 639 865 681 866 714 867 692 868 722 869 676 870 665 871 702 872 739 873 754 874 715 875 734 876 743 877 769 878 720 879 690 880 723 881 714 882 722 883 768 884 732 885 715 886 756 887 701 888 704 889 727 890 689 891 680 892 672 893 802 894 803 895 808 896 805 897 804 898 797 899 753 900 808 901 791 902 783 903 887 904 799 905 871 906 808 907 776 908 817 909 806 910 892 911 890 912 923 913 943 914 871 915 842 916 850 917 858 918 807 919 874 920 965 921 935 922 958 923 882 924 855 925 826 926 824 927 906 928 911 929 978 930 909 931 944 932 900 933 922 934 955 935 806 936 864 937 882 938 915 939 856 940 798 941 856 942 809 943 790 944 800 945 716 946 765 947 748 948 793 949 873 950 793 951 814 952 775 953 807 954 735 955 771 956 723 957 730 958 758 959 722 960 725 961 747 962 736 963 750 964 678 965 804 966 701 967 751 968 753 969 735 970 824 971 782 972 827 973 783 974 731 975 711 976 719 977 770 978 794 979 765 980 775 981 780 982 759 983 801 984 844 985 789 986 747 987 837 988 840 989 808 990 849 991 772 992 701 993 805 994 740 995 817 996 833 997 782 998 794 999 792 1000 755 1001 813 1002 826 1003 845 1004 816 1005 877 1006 824 1007 794 1008 737 1009 786 1010 805 1011 761 1012 748 1013 910 1014 820 1015 796 1016 745 1017 819 1018 782 1019 749 1020 750 1021 699 1022 708 1023 764 1024 846 1025 851 1026 803 1027 721 1028 820 1029 825 1030 709 1031 860 1032 764 1033 750 1034 727 1035 722 1036 740 1037 811 1038 823 1039 803 1040 709 1041 722 1042 733 1043 722 1044 753 1045 734 1046 692 1047 722 1048 714 1049 693 1050 794 1051 699 1052 766 1053 688 1054 691 1055 724 1056 758 1057 675 1058 721 1059 730 1060 740 1061 719 1062 752 1063 706 1064 650 1065 692 1066 731 1067 678 1068 678 1069 835 1070 690 1071 660 1072 664 1073 665 1074 648 1075 616 1076 601 1077 550 1078 614 1079 605 1080 597 1081 597 1082 589 1083 584 1084 609 1085 614 1086 532 1087 570 1088 618 1089 609 1090 631 1091 583 1092 576 1093 570 1094 598 1095 546 1096 610 1097 684 1098 668 1099 618 1100 626 1101 595 1102 652 1103 652 1104 712 1105 725 1106 746 1107 718 1108 756 1109 702 1110 651 1111 674 1112 725 1113 752 1114 684 1115 807 1116 809 1117 767 1118 792 1119 799 1120 807 1121 722 1122 714 1123 720 1124 704 1125 783 1126 811 1127 771 1128 739 1129 765 1130 816 1131 777 1132 847 1133 779 1134 736 1135 694 1136 657 1137 753 1138 642 1139 724 1140 710 1141 820 1142 716 1143 806 1144 746 1145 700 1146 704 1147 773 1148 731 1149 697 1150 663 1151 677 1152 711 1153 579 1154 638 1155 593 1156 662 1157 705 1158 669 1159 693 1160 672 1161 683 1162 678 1163 645 1164 578 1165 552 1166 566 1167 605 1168 627 1169 597 1170 623 1171 686 1172 584 1173 638 1174 670 1175 565 1176 596 1177 641 1178 518 1179 563 1180 603 1181 589 1182 573 1183 591 1184 570 1185 597 1186 662 1187 649 1188 626 1189 572 1190 572 1191 629 1192 594 1193 597 1194 639 1195 639 1196 636 1197 696 1198 616 1199 675 1200 619 1201 650