Database and Motifs High-scoring Motif Occurrences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.10.0, (Release date: Wed May 21 10:35:36 2014 +1000)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE Static_Sex-independent_Output/Static_Sex-independent.fa
Database contains 67058 sequences, 33529000 residues

MOTIFS Static_Sex-independent_Output/dreme_out/dreme.xml (nucleotide)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
VGGAAR 6 AGGAAG
RTAAAYA 7 GTAAACA
RAGKTCA 7 AAGGTCA
CYCCDCCC 8 CCCCTCCC
WGCCAR 6 AGCCAG
ACACRB 6 ACACAG
CHGGRA 6 CTGGGA
AGRDGGCG 8 AGGGGGCG
ARCAAAYA 8 AACAAACA
TTATYW 6 TTATCT
AGGHCA 6 AGGCCA
CACGTG 6 CACGTG
CYGCCDCC 8 CTGCCGCC
AATCAWTA 8 AATCAATA
CARAGTCC 8 CAAAGTCC
TTAYRYAA 8 TTACACAA
AAARMAAA 8 AAAAAAAA
TGACGTMA 8 TGACGTCA
RGAAAB 6 AGAAAG
GGGMGGGA 8 GGGAGGGA
ARAGGGCA 8 AGAGGGCA
CASAGM 6 CAGAGC
AAATAY 6 AAATAC
CCACRYCC 8 CCACACCC
GCVTGCGY 8 GCCTGCGC
GTSACAK 7 GTGACAG
TTTAWW 6 TTTAAT
CSTCCTCC 8 CCTCCTCC
CAAAGGTY 8 CAAAGGTT
CAGGMTG 7 CAGGCTG
GCDGCMGC 8 GCAGCAGC
CTGAGYCA 8 CTGAGTCA
CTGTAAYY 8 CTGTAACT
STGGCCA 7 CTGGCCA
MCGTGR 6 CCGTGG
CTTTRMCC 8 CTTTGCCC
GATCAATA 8 GATCAATA
ATGGCGKC 8 ATGGCGGC
CCBGCCTC 8 CCTGCCTC
CTGGGYW 7 CTGGGCT
TTGTGMAA 8 TTGTGCAA
CVGGGTCA 8 CAGGGTCA
GTTAATBA 8 GTTAATCA
CAGCHCCG 8 CAGCCCCG
AAAGTMCA 8 AAAGTACA
CGGKGAC 7 CGGGGAC
AGRTGGCA 8 AGATGGCA
AAACATTW 8 AAACATTT
ATKWCATC 8 ATGTCATC
CCGBAGCC 8 CCGCAGCC
GCCATGK 7 GCCATGG
TACADA 6 TACAAA
GMAAACA 7 GCAAACA
AGGCDGAG 8 AGGCTGAG
ATCGATH 7 ATCGATC
GCTGGRGA 8 GCTGGAGA
TTAYGAAA 8 TTATGAAA
CCCGCCC 7 CCCGCCC
TGKGGACA 8 TGGGGACA
CCABCTCC 8 CCACCTCC
CCGVGTCC 8 CCGCGTCC
TATTGACW 8 TATTGACT
GATGAYGA 8 GATGATGA

Random model letter frequencies (from Static_Sex-independent_Output/background):
A 0.241 C 0.259 G 0.259 T 0.241

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURRENCES
Motif Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
CTGGGYW chr1 + 3413469 3413475 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 4607610 4607616 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 4760392 4760398 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 4775672 4775678 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 4848218 4848224 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 4848194 4848200 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 5009405 5009411 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 6204656 6204662 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 6349424 6349430 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 6500882 6500888 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 9538347 9538353 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 9553927 9553933 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 9554784 9554790 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 9611918 9611924 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 9628975 9628981 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 9788287 9788293 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 9915390 9915396 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 9933016 9933022 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 9957484 9957490 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 9957159 9957165 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 10133285 10133291 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 10867613 10867619 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 10980897 10980903 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 11007241 11007247 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 13302958 13302964 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 13416814 13416820 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 13566955 13566961 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 13618422 13618428 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 13649723 13649729 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 13649818 13649824 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 15599973 15599979 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 15600645 15600651 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 15601096 15601102 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 15796231 15796237 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 15987244 15987250 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 16176514 16176520 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 16189711 16189717 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 16510040 16510046 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 20122456 20122462 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 20880537 20880543 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 20880734 20880740 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 21022048 21022054 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 21069291 21069297 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 21232111 21232117 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 21239391 21239397 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 21239713 21239719 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 21239441 21239447 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 21246637 21246643 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 21254513 21254519 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 21317016 21317022 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 21318574 21318580 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 22545370 22545376 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 23195451 23195457 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 23418574 23418580 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 24107385 24107391 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 24757325 24757331 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 27940817 27940823 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 30930531 30930537 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 31006574 31006580 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 33726875 33726881 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 33726819 33726825 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 33791547 33791553 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 34160933 34160939 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 34293365 34293371 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 34492003 34492009 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 34529525 34529531 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 34906722 34906728 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 35437705 35437711 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 35687431 35687437 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36087185 36087191 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36087637 36087643 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36128589 36128595 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36128573 36128579 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36130271 36130277 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36131474 36131480 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36136723 36136729 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36152008 36152014 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36320944 36320950 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36360272 36360278 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36373886 36373892 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36414214 36414220 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36582387 36582393 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36591367 36591373 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36596324 36596330 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36611512 36611518 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36628571 36628577 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36653154 36653160 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36741205 36741211 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36918880 36918886 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 36977339 36977345 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 36996899 36996905 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 37033715 37033721 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 37114150 37114156 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 37114520 37114526 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 37487059 37487065 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 37667984 37667990 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 37751615 37751621 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 39374984 39374990 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 39449346 39449352 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 39818348 39818354 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 39818989 39818995 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 40142624 40142630 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 40206285 40206291 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 40236661 40236667 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 40237887 40237893 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 40278915 40278921 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 40281971 40281977 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 40323556 40323562 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 41617096 41617102 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 43149292 43149298 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 43419984 43419990 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 43502042 43502048 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 43991122 43991128 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 44176236 44176242 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 45702456 45702462 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 45982572 45982578 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 51569458 51569464 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 51624003 51624009 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 51624119 51624125 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 51777062 51777068 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 51972770 51972776 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 52654412 52654418 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 52906686 52906692 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 53117463 53117469 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 53370686 53370692 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 54872541 54872547 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 54887173 54887179 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 54895049 54895055 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 54959895 54959901 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 54983112 54983118 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 54983170 54983176 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 55462582 55462588 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 55793389 55793395 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 57326721 57326727 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 57463461 57463467 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 57463754 57463760 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 58201341 58201347 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 58201542 58201548 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 58204585 58204591 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 58859542 58859548 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59014890 59014896 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 59159306 59159312 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59232012 59232018 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 59259475 59259481 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59373649 59373655 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 59419108 59419114 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 59424972 59424978 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59440005 59440011 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59470283 59470289 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 59479847 59479853 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59682435 59682441 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 59727017 59727023 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59726781 59726787 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 59820561 59820567 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 60203979 60203985 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 60237360 60237366 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 60351214 60351220 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 60619885 60619891 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 + 60669103 60669109 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr1 − 60879740 60879746 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
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CTGGGYW chr10 + 19597187 19597193 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 19635565 19635571 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
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CTGGGYW chr10 + 19676839 19676845 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 19790651 19790657 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 19798437 19798443 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 19824442 19824448 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 19824679 19824685 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 19884965 19884971 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
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CTGGGYW chr10 + 20010519 20010525 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 20315463 20315469 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 20351441 20351447 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
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CTGGGYW chr10 − 21099843 21099849 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 21161616 21161622 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 21162384 21162390 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 21184723 21184729 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 21268913 21268919 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 21405314 21405320 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 21778550 21778556 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 21932417 21932423 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 23261761 23261767 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 23431657 23431663 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 23432821 23432827 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 23559071 23559077 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 23584658 23584664 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 23640421 23640427 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 23794611 23794617 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 23817073 23817079 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 23823408 23823414 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 23851503 23851509 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 24037142 24037148 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 24311178 24311184 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 24315395 24315401 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
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CTGGGYW chr10 − 30530051 30530057 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 30562598 30562604 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
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CTGGGYW chr10 + 34036630 34036636 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 34203658 34203664 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 37057119 37057125 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 37117519 37117525 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 38077658 38077664 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 39126062 39126068 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 39171346 39171352 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 39222134 39222140 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 39710914 39710920 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 39813641 39813647 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 + 39909286 39909292 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
CTGGGYW chr10 − 39909343 39909349 6.75e-05 0.292 CTGGGCT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/share/pkg/meme/4.10.0_4/install/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc Static_Sex-independent_Output/fimo_out_73 --bgfile Static_Sex-independent_Output/background --motif CTGGGYW Static_Sex-independent_Output/dreme_out/dreme.xml Static_Sex-independent_Output/Static_Sex-independent.fa

Settings: 




output directory = Static_Sex-independent_Output/fimo_out_73
MEME file name = Static_Sex-independent_Output/dreme_out/dreme.xml
sequence file name = Static_Sex-independent_Output/Static_Sex-independent.fa




background file name = Static_Sex-independent_Output/background
allow clobber = true
compute q-values = true




parse genomic coord. = true
text only = false
scan both strands = true




max sequence length = 250000000
output threshold = 0.0001
threshold type = p-value




max stored scores = 100000
pseudocount = 0.1
verbosity = 1




selected motif = CTGGGYW

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