BAM@HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode56.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode56.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode56.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:78075256-78104127 @PG ID:minimap2-2A5E474B PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode56.fastq @PG ID:samtools-5E939A10 PN:samtools PP:minimap2-2A5E474B VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-6BFE06E4 PN:samtools PP:samtools-5E939A10 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode56.bam @PG ID:samtools.2-4339F32C PN:samtools PP:samtools.1-6BFE06E4 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode56.sorted.bam @PG ID:samtools.3-169E3B06 PN:samtools PP:samtools.2-4339F32C VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-61067BA PN:samtools PP:samtools.3-169E3B06 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7E18945B PN:samtools PP:samtools.4-61067BA VN:1.12 CL:samtools view -b barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam chr16:23965136-23988938 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5-7E18945B VN:1.12 CL:samtools view -H tmp_region.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools view -bS tmp_header.sam @PG ID:minimap2-2CF3B582 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode56.fastq @PG ID:samtools-2D077AC8 PN:samtools PP:minimap2-2CF3B582 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-582F0173 PN:samtools PP:samtools-2D077AC8 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode56.bam @PG ID:samtools.2-4DC98D1 PN:samtools PP:samtools.1-582F0173 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode56.sorted.bam @PG ID:samtools.3-5960AC7 PN:samtools PP:samtools.2-4DC98D1 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-97DB71 PN:samtools PP:samtools.3-5960AC7 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-5AD16B93 PN:samtools PP:samtools.4-97DB71 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:35255699-35316969 @PG ID:minimap2-6E4AD78B PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode56.fastq @PG ID:samtools-4D68EB29 PN:samtools PP:minimap2-6E4AD78B VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-1A59E4C1 PN:samtools PP:samtools-4D68EB29 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode56.bam @PG ID:samtools.2-4FA4F0B0 PN:samtools PP:samtools.1-1A59E4C1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode56.sorted.bam @PG ID:samtools.3-124D02 PN:samtools PP:samtools.2-4FA4F0B0 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-19E8B90 PN:samtools PP:samtools.3-124D02 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7E598E7 PN:samtools PP:samtools.4-19E8B90 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode56.sorted.filtered.unspliced.bam chr3:108773915-108830525 @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr11:78075256-78104127.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr2:35255699-35316969.bam region_chr3:108773915-108830525.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr11:78075256-78104127.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr2:35255699-35316969.bam region_chr3:108773915-108830525.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.5-5AD16B93 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr11:78075256-78104127.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr2:35255699-35316969.bam region_chr3:108773915-108830525.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.5-7E598E7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr11:78075256-78104127.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr2:35255699-35316969.bam region_chr3:108773915-108830525.bam @PG ID:samtools.12 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.13 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.14 PN:samtools PP:samtools.10 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.15 PN:samtools PP:samtools.11 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode56.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[