BAM @HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode23.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode23.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode23.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:79727736-79751158 @PG ID:minimap2-7585B816 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode23.fastq @PG ID:samtools-63628F48 PN:samtools PP:minimap2-7585B816 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-778332F2 PN:samtools PP:samtools-63628F48 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode23.bam @PG ID:samtools.2-E0BC59 PN:samtools PP:samtools.1-778332F2 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode23.sorted.bam @PG ID:samtools.3-3B65DDF8 PN:samtools PP:samtools.2-E0BC59 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-E04A7FA PN:samtools PP:samtools.3-3B65DDF8 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7D47E2D1 PN:samtools PP:samtools.4-E04A7FA VN:1.12 CL:samtools view -b barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:79740978-79748391 @PG ID:minimap2-6CD494F6 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode23.fastq @PG ID:samtools-6EEF4A62 PN:samtools PP:minimap2-6CD494F6 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-9D5353C PN:samtools PP:samtools-6EEF4A62 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode23.bam @PG ID:samtools.2-16FCC830 PN:samtools PP:samtools.1-9D5353C VN:1.12 CL:samtools view -h barcode23.sorted.bam @PG ID:samtools.3-45F71D03 PN:samtools PP:samtools.2-16FCC830 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-6714FA33 PN:samtools PP:samtools.3-45F71D03 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-6E084364 PN:samtools PP:samtools.4-6714FA33 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:25669611-25674830 @PG ID:minimap2-25C00E52 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode23.fastq @PG ID:samtools-5B8594AE PN:samtools PP:minimap2-25C00E52 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-A011D2B PN:samtools PP:samtools-5B8594AE VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode23.bam @PG ID:samtools.2-73B5A509 PN:samtools PP:samtools.1-A011D2B VN:1.12 CL:samtools view -h barcode23.sorted.bam @PG ID:samtools.3-5DCC99B0 PN:samtools PP:samtools.2-73B5A509 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-4EB3F8DD PN:samtools PP:samtools.3-5DCC99B0 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-33BDDD7A PN:samtools PP:samtools.4-4EB3F8DD VN:1.12 CL:samtools view -b barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:74576963-74736596 @PG ID:minimap2-6E33E4C1 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode23.fastq @PG ID:samtools-553F4391 PN:samtools PP:minimap2-6E33E4C1 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-E2BBFC5 PN:samtools PP:samtools-553F4391 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode23.bam @PG ID:samtools.2-1B2ED5E2 PN:samtools PP:samtools.1-E2BBFC5 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode23.sorted.bam @PG ID:samtools.3-44315105 PN:samtools PP:samtools.2-1B2ED5E2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-4C5F542 PN:samtools PP:samtools.3-44315105 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-58888C9C PN:samtools PP:samtools.4-4C5F542 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:74708958-74709514 @PG ID:minimap2-6EB3808B PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode23.fastq @PG ID:samtools-5E9EA431 PN:samtools PP:minimap2-6EB3808B VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-7252FCF3 PN:samtools PP:samtools-5E9EA431 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode23.bam @PG ID:samtools.2-4DE72C66 PN:samtools PP:samtools.1-7252FCF3 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode23.sorted.bam @PG ID:samtools.3-72C58863 PN:samtools PP:samtools.2-4DE72C66 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-68F4EAA8 PN:samtools PP:samtools.3-72C58863 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7EFA962E PN:samtools PP:samtools.4-68F4EAA8 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode23.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:74709728-74737454 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:79727736-79751158.bam region_chr10:79740978-79748391.bam region_chr7:25669611-25674830.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.5-7D47E2D1 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:79727736-79751158.bam region_chr10:79740978-79748391.bam region_chr7:25669611-25674830.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.5-6E084364 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:79727736-79751158.bam region_chr10:79740978-79748391.bam region_chr7:25669611-25674830.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.5-33BDDD7A VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:79727736-79751158.bam region_chr10:79740978-79748391.bam region_chr7:25669611-25674830.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.5-58888C9C VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:79727736-79751158.bam region_chr10:79740978-79748391.bam region_chr7:25669611-25674830.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.5-7EFA962E VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:79727736-79751158.bam region_chr10:79740978-79748391.bam region_chr7:25669611-25674830.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.12 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.13 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.14 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.15 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.16 PN:samtools PP:samtools.10 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.17 PN:samtools PP:samtools.11 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode23.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[