BAM@HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:61178011-61202008 @PG ID:minimap2-35B3C608 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-3E145E89 PN:samtools PP:minimap2-35B3C608 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-53E26469 PN:samtools PP:samtools-3E145E89 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-381742CD PN:samtools PP:samtools.1-53E26469 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-34CFC893 PN:samtools PP:samtools.2-381742CD VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-2A525AC3 PN:samtools PP:samtools.3-34CFC893 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-8D32530 PN:samtools PP:samtools.4-2A525AC3 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:114588733-114619203 @PG ID:minimap2-16DEBE33 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-71153425 PN:samtools PP:minimap2-16DEBE33 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-2E4C7C0C PN:samtools PP:samtools-71153425 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-5E9B41F6 PN:samtools PP:samtools.1-2E4C7C0C VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-BD74D88 PN:samtools PP:samtools.2-5E9B41F6 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-3446AD9E PN:samtools PP:samtools.3-BD74D88 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-349156BC PN:samtools PP:samtools.4-3446AD9E VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr15:7079572-7147489 @PG ID:minimap2-6A14CE00 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-1FAFF8FA PN:samtools PP:minimap2-6A14CE00 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-73B08CBE PN:samtools PP:samtools-1FAFF8FA VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-77B3C569 PN:samtools PP:samtools.1-73B08CBE VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-6A0D15C7 PN:samtools PP:samtools.2-77B3C569 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-5D630571 PN:samtools PP:samtools.3-6A0D15C7 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-1979A3B4 PN:samtools PP:samtools.4-5D630571 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr17:35340110-35342296 @PG ID:minimap2-6C2DDAAA PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-5CF1DA90 PN:samtools PP:minimap2-6C2DDAAA VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-2E7CB122 PN:samtools PP:samtools-5CF1DA90 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-4EC4B545 PN:samtools PP:samtools.1-2E7CB122 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-3B81ECF6 PN:samtools PP:samtools.2-4EC4B545 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-EE86DA9 PN:samtools PP:samtools.3-3B81ECF6 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-2DFE741 PN:samtools PP:samtools.4-EE86DA9 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr17:85489966-85857929 @PG ID:minimap2-27FAE395 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-4DAD3EAA PN:samtools PP:minimap2-27FAE395 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-40690541 PN:samtools PP:samtools-4DAD3EAA VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-141D3CD3 PN:samtools PP:samtools.1-40690541 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-25920196 PN:samtools PP:samtools.2-141D3CD3 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-4475E429 PN:samtools PP:samtools.3-25920196 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-468444E5 PN:samtools PP:samtools.4-4475E429 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr17:87682226-87781110 @PG ID:minimap2-3823A8A1 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-1DA6510A PN:samtools PP:minimap2-3823A8A1 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-6FD5AA1D PN:samtools PP:samtools-1DA6510A VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-281E9393 PN:samtools PP:samtools.1-6FD5AA1D VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-ED78848 PN:samtools PP:samtools.2-281E9393 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-1C6DD736 PN:samtools PP:samtools.3-ED78848 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-75DDDDDC PN:samtools PP:samtools.4-1C6DD736 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr19:41285332-41338494 @PG ID:minimap2-764C797C PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-5113A46E PN:samtools PP:minimap2-764C797C VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-2B841225 PN:samtools PP:samtools-5113A46E VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-7F0BF9E7 PN:samtools PP:samtools.1-2B841225 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-334DF5B PN:samtools PP:samtools.2-7F0BF9E7 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-66E1060F PN:samtools PP:samtools.3-334DF5B VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-34EF7895 PN:samtools PP:samtools.4-66E1060F VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr1:179435898-179437367 @PG ID:minimap2-2845588C PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-3611A96D PN:samtools PP:minimap2-2845588C VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-616D8EF5 PN:samtools PP:samtools-3611A96D VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-632ECE83 PN:samtools PP:samtools.1-616D8EF5 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-7DB02EAB PN:samtools PP:samtools.2-632ECE83 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-31B4C80C PN:samtools PP:samtools.3-7DB02EAB VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-48966746 PN:samtools PP:samtools.4-31B4C80C VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:158223120-158233774 @PG ID:minimap2-2232F84E PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-6F823095 PN:samtools PP:minimap2-2232F84E VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-34FF77EC PN:samtools PP:samtools-6F823095 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-52DA7237 PN:samtools PP:samtools.1-34FF77EC VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-368A968A PN:samtools PP:samtools.2-52DA7237 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-27C16310 PN:samtools PP:samtools.3-368A968A VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-439B0BF0 PN:samtools PP:samtools.4-27C16310 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:173403933-173485157 @PG ID:minimap2-625A1BDF PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-22CF5464 PN:samtools PP:minimap2-625A1BDF VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-23F9BA77 PN:samtools PP:samtools-22CF5464 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-749E3AAA PN:samtools PP:samtools.1-23F9BA77 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-3D4CF226 PN:samtools PP:samtools.2-749E3AAA VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-343972AD PN:samtools PP:samtools.3-3D4CF226 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-783249FE PN:samtools PP:samtools.4-343972AD VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:173415091-173423055 @PG ID:minimap2-A3F896E PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-392A9ADC PN:samtools PP:minimap2-A3F896E VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-24BCB985 PN:samtools PP:samtools-392A9ADC VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-B16E514 PN:samtools PP:samtools.1-24BCB985 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-38E50F11 PN:samtools PP:samtools.2-B16E514 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-74CBD8E6 PN:samtools PP:samtools.3-38E50F11 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-2BDA9AA5 PN:samtools PP:samtools.4-74CBD8E6 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:75828779-76176850 @PG ID:minimap2-527734E1 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-266B6843 PN:samtools PP:minimap2-527734E1 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-18217292 PN:samtools PP:samtools-266B6843 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-6207EE48 PN:samtools PP:samtools.1-18217292 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-210A63EF PN:samtools PP:samtools.2-6207EE48 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-8015786 PN:samtools PP:samtools.3-210A63EF VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-22E9EB0C PN:samtools PP:samtools.4-8015786 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:105699721-105722718 @PG ID:minimap2-59C154B7 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-3AF6A1E4 PN:samtools PP:minimap2-59C154B7 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-53132ACA PN:samtools PP:samtools-3AF6A1E4 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-742C20EA PN:samtools PP:samtools.1-53132ACA VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-43CFE670 PN:samtools PP:samtools.2-742C20EA VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-500DE16D PN:samtools PP:samtools.3-43CFE670 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-6418A0A7 PN:samtools PP:samtools.4-500DE16D VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:27143897-28054040 @PG ID:minimap2-694C03E2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-22707CF2 PN:samtools PP:minimap2-694C03E2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-55255237 PN:samtools PP:samtools-22707CF2 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-5649A736 PN:samtools PP:samtools.1-55255237 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-166FB39B PN:samtools PP:samtools.2-5649A736 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-2BAA7E28 PN:samtools PP:samtools.3-166FB39B VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-4F833917 PN:samtools PP:samtools.4-2BAA7E28 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:75506346-75543132 @PG ID:minimap2-CE9EE8D PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-75BE79A0 PN:samtools PP:minimap2-CE9EE8D VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-42C7B46F PN:samtools PP:samtools-75BE79A0 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-E36E84A PN:samtools PP:samtools.1-42C7B46F VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-3FA0E8D5 PN:samtools PP:samtools.2-E36E84A VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-5CE83071 PN:samtools PP:samtools.3-3FA0E8D5 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-4A2D5D46 PN:samtools PP:samtools.4-5CE83071 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:47720585-47722134 @PG ID:minimap2-7768B9D6 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-ED37209 PN:samtools PP:minimap2-7768B9D6 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-1F7AC9B4 PN:samtools PP:samtools-ED37209 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-2A6F3891 PN:samtools PP:samtools.1-1F7AC9B4 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-6F6C0E0F PN:samtools PP:samtools.2-2A6F3891 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-6CCDF94C PN:samtools PP:samtools.3-6F6C0E0F VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-61F4C589 PN:samtools PP:samtools.4-6CCDF94C VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr8:112071899-112089761 @PG ID:minimap2-63F8028A PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-ABB7035 PN:samtools PP:minimap2-63F8028A VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-3061A5E7 PN:samtools PP:samtools-ABB7035 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-185E8CFB PN:samtools PP:samtools.1-3061A5E7 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-7AAF6245 PN:samtools PP:samtools.2-185E8CFB VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-B27233B PN:samtools PP:samtools.3-7AAF6245 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-330491DF PN:samtools PP:samtools.4-B27233B VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:57598518-57613667 @PG ID:minimap2-60A1C192 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-553BF6DD PN:samtools PP:minimap2-60A1C192 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-558078A3 PN:samtools PP:samtools-553BF6DD VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-6F2CD42F PN:samtools PP:samtools.1-558078A3 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-73F4B405 PN:samtools PP:samtools.2-6F2CD42F VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-5C80CD40 PN:samtools PP:samtools.3-73F4B405 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-54107384 PN:samtools PP:samtools.4-5C80CD40 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:74576963-74736596 @PG ID:minimap2-51FB4A7 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-34A1540C PN:samtools PP:minimap2-51FB4A7 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-46602894 PN:samtools PP:samtools-34A1540C VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-794E59AD PN:samtools PP:samtools.1-46602894 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-306A0361 PN:samtools PP:samtools.2-794E59AD VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-41520B54 PN:samtools PP:samtools.3-306A0361 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-D422745 PN:samtools PP:samtools.4-41520B54 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:74708958-74709514 @PG ID:minimap2-6DB2F4E4 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode22.fastq @PG ID:samtools-7C4C2DDB PN:samtools PP:minimap2-6DB2F4E4 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-6204158C PN:samtools PP:samtools-7C4C2DDB VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode22.bam @PG ID:samtools.2-5AFC6EAD PN:samtools PP:samtools.1-6204158C VN:1.12 CL:samtools view -h barcode22.sorted.bam @PG ID:samtools.3-654F6647 PN:samtools PP:samtools.2-5AFC6EAD VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-11344BB6 PN:samtools PP:samtools.3-654F6647 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-33E6079C PN:samtools PP:samtools.4-11344BB6 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode22.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:74709728-74737454 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.5-8D32530 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.5-349156BC VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.5-1979A3B4 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.5-2DFE741 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.5-468444E5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.12 PN:samtools PP:samtools.5-75DDDDDC VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.13 PN:samtools PP:samtools.5-34EF7895 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.14 PN:samtools PP:samtools.5-48966746 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.15 PN:samtools PP:samtools.5-439B0BF0 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.16 PN:samtools PP:samtools.5-783249FE VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.17 PN:samtools PP:samtools.5-2BDA9AA5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.18 PN:samtools PP:samtools.5-22E9EB0C VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.19 PN:samtools PP:samtools.5-6418A0A7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.20 PN:samtools PP:samtools.5-4F833917 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.21 PN:samtools PP:samtools.5-4A2D5D46 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.22 PN:samtools PP:samtools.5-61F4C589 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.23 PN:samtools PP:samtools.5-330491DF VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.24 PN:samtools PP:samtools.5-54107384 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.25 PN:samtools PP:samtools.5-D422745 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.26 PN:samtools PP:samtools.5-33E6079C VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:61178011-61202008.bam region_chr11:114588733-114619203.bam region_chr15:7079572-7147489.bam region_chr17:35340110-35342296.bam region_chr17:85489966-85857929.bam region_chr17:87682226-87781110.bam region_chr19:41285332-41338494.bam region_chr1:179435898-179437367.bam region_chr2:158223120-158233774.bam region_chr2:173403933-173485157.bam region_chr2:173415091-173423055.bam region_chr2:75828779-76176850.bam region_chr5:105699721-105722718.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:75506346-75543132.bam region_chr6:47720585-47722134.bam region_chr8:112071899-112089761.bam region_chr9:57598518-57613667.bam region_chr9:74576963-74736596.bam region_chr9:74708958-74709514.bam region_chr9:74709728-74737454.bam @PG ID:samtools.27 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.28 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.29 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.30 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.31 PN:samtools PP:samtools.10 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.32 PN:samtools PP:samtools.11 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.33 PN:samtools PP:samtools.12 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.34 PN:samtools PP:samtools.13 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.35 PN:samtools PP:samtools.14 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.36 PN:samtools PP:samtools.15 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.37 PN:samtools PP:samtools.16 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.38 PN:samtools PP:samtools.17 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.39 PN:samtools PP:samtools.18 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.40 PN:samtools PP:samtools.19 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.41 PN:samtools PP:samtools.20 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.42 PN:samtools PP:samtools.21 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.43 PN:samtools PP:samtools.22 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.44 PN:samtools PP:samtools.23 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.45 PN:samtools PP:samtools.24 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.46 PN:samtools PP:samtools.25 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.47 PN:samtools PP:samtools.26 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode22.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[