BAM@HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode134.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode134.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode134.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam chr16:23965136-23988938 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools view -H tmp_region.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools view -bS tmp_header.sam @PG ID:minimap2-1B7AD471 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode134.fastq @PG ID:samtools-521D6407 PN:samtools PP:minimap2-1B7AD471 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-3A476245 PN:samtools PP:samtools-521D6407 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode134.bam @PG ID:samtools.2-4B7174B0 PN:samtools PP:samtools.1-3A476245 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode134.sorted.bam @PG ID:samtools.3-62D68503 PN:samtools PP:samtools.2-4B7174B0 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-1733A9A9 PN:samtools PP:samtools.3-62D68503 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7122D454 PN:samtools PP:samtools.4-1733A9A9 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam chr17:35395555-35610118 @PG ID:minimap2-34CD1BBD PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode134.fastq @PG ID:samtools-2E4B771D PN:samtools PP:minimap2-34CD1BBD VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-3AA842DB PN:samtools PP:samtools-2E4B771D VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode134.bam @PG ID:samtools.2-6FAA6EE3 PN:samtools PP:samtools.1-3AA842DB VN:1.12 CL:samtools view -h barcode134.sorted.bam @PG ID:samtools.3-72AFE93A PN:samtools PP:samtools.2-6FAA6EE3 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-6DF1579E PN:samtools PP:samtools.3-72AFE93A VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-3E6E2BF3 PN:samtools PP:samtools.4-6DF1579E VN:1.12 CL:samtools view -b barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:121945844-122011925 @PG ID:minimap2-55E88D35 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode134.fastq @PG ID:samtools-12078D55 PN:samtools PP:minimap2-55E88D35 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-10B20646 PN:samtools PP:samtools-12078D55 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode134.bam @PG ID:samtools.2-D5B2788 PN:samtools PP:samtools.1-10B20646 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode134.sorted.bam @PG ID:samtools.3-6B9743C3 PN:samtools PP:samtools.2-D5B2788 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-64F74F4 PN:samtools PP:samtools.3-6B9743C3 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-69A25D45 PN:samtools PP:samtools.4-64F74F4 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:121973423-121978818 @PG ID:minimap2-472B030 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode134.fastq @PG ID:samtools-5159BD4 PN:samtools PP:minimap2-472B030 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-777F864C PN:samtools PP:samtools-5159BD4 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode134.bam @PG ID:samtools.2-4EABA75D PN:samtools PP:samtools.1-777F864C VN:1.12 CL:samtools view -h barcode134.sorted.bam @PG ID:samtools.3-1BEF0464 PN:samtools PP:samtools.2-4EABA75D VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-D46AEB5 PN:samtools PP:samtools.3-1BEF0464 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-4DF8D493 PN:samtools PP:samtools.4-D46AEB5 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode134.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:145165219-145198751 @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:121973423-121978818.bam region_chr6:145165219-145198751.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.5-7122D454 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:121973423-121978818.bam region_chr6:145165219-145198751.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.5-3E6E2BF3 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:121973423-121978818.bam region_chr6:145165219-145198751.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.5-69A25D45 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:121973423-121978818.bam region_chr6:145165219-145198751.bam @PG ID:samtools.12 PN:samtools PP:samtools.5-4DF8D493 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:121973423-121978818.bam region_chr6:145165219-145198751.bam @PG ID:samtools.13 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.14 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.15 PN:samtools PP:samtools.10 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.16 PN:samtools PP:samtools.11 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.17 PN:samtools PP:samtools.12 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode134.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[