BAM@HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode133.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode133.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode133.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.bam tmp_spliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode133.sorted.filtered.spliced.bam chr16:23965136-23988938 @PG ID:minimap2-6F2EBCAC PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode133.fastq @PG ID:samtools-58C04726 PN:samtools PP:minimap2-6F2EBCAC VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-2843F078 PN:samtools PP:samtools-58C04726 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode133.bam @PG ID:samtools.2-58BFD267 PN:samtools PP:samtools.1-2843F078 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode133.sorted.bam @PG ID:samtools.3-C1AD5EE PN:samtools PP:samtools.2-58BFD267 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-6CA13FB8 PN:samtools PP:samtools.3-C1AD5EE VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.bam tmp_spliced.bam @PG ID:samtools.5-1D7132B7 PN:samtools PP:samtools.4-6CA13FB8 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode133.sorted.filtered.spliced.bam chr17:35395555-35610118 @PG ID:minimap2-583C3DE4 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode133.fastq @PG ID:samtools-6B400BB8 PN:samtools PP:minimap2-583C3DE4 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-5532CADA PN:samtools PP:samtools-6B400BB8 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode133.bam @PG ID:samtools.2-33E97076 PN:samtools PP:samtools.1-5532CADA VN:1.12 CL:samtools view -h barcode133.sorted.bam @PG ID:samtools.3-A71A6D1 PN:samtools PP:samtools.2-33E97076 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-54F8BAE9 PN:samtools PP:samtools.3-A71A6D1 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.bam tmp_spliced.bam @PG ID:samtools.5-52ECD4E2 PN:samtools PP:samtools.4-54F8BAE9 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode133.sorted.filtered.spliced.bam chr2:121945844-122011925 @PG ID:minimap2-59F134F8 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode133.fastq @PG ID:samtools-52342D5C PN:samtools PP:minimap2-59F134F8 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-13EC7341 PN:samtools PP:samtools-52342D5C VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode133.bam @PG ID:samtools.2-C891067 PN:samtools PP:samtools.1-13EC7341 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode133.sorted.bam @PG ID:samtools.3-60EFC4B6 PN:samtools PP:samtools.2-C891067 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-1ADCAE6B PN:samtools PP:samtools.3-60EFC4B6 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.bam tmp_spliced.bam @PG ID:samtools.5-3718BEF0 PN:samtools PP:samtools.4-1ADCAE6B VN:1.12 CL:samtools view -b barcode133.sorted.filtered.spliced.bam chr2:151368219-151387427 @PG ID:minimap2-2F3DE7FF PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode133.fastq @PG ID:samtools-469458F7 PN:samtools PP:minimap2-2F3DE7FF VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-6EA78033 PN:samtools PP:samtools-469458F7 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode133.bam @PG ID:samtools.2-282A98B8 PN:samtools PP:samtools.1-6EA78033 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode133.sorted.bam @PG ID:samtools.3-2DB78A23 PN:samtools PP:samtools.2-282A98B8 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-35E53B08 PN:samtools PP:samtools.3-2DB78A23 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.bam tmp_spliced.bam @PG ID:samtools.5-621125EA PN:samtools PP:samtools.4-35E53B08 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode133.sorted.filtered.spliced.bam chr6:41570618-41586404 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:151368219-151387427.bam region_chr6:41570618-41586404.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.5-1D7132B7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:151368219-151387427.bam region_chr6:41570618-41586404.bam @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.5-52ECD4E2 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:151368219-151387427.bam region_chr6:41570618-41586404.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.5-3718BEF0 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:151368219-151387427.bam region_chr6:41570618-41586404.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.5-621125EA VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr16:23965136-23988938.bam region_chr17:35395555-35610118.bam region_chr2:121945844-122011925.bam region_chr2:151368219-151387427.bam region_chr6:41570618-41586404.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.12 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.13 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.14 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.15 PN:samtools PP:samtools.10 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode133.sorted.filtered.spliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[