BAM @HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/Sall1-512-1.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 Sall1-512-1.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h Sall1-512-1.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o Sall1-512-1.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b Sall1-512-1.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:116976482-117020582 @PG ID:minimap2-9BF4B31 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/Sall1-512-1.fastq @PG ID:samtools-40F473C7 PN:samtools PP:minimap2-9BF4B31 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-28FF9705 PN:samtools PP:samtools-40F473C7 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 Sall1-512-1.bam @PG ID:samtools.2-10446A70 PN:samtools PP:samtools.1-28FF9705 VN:1.12 CL:samtools view -h Sall1-512-1.sorted.bam @PG ID:samtools.3-4673A7C3 PN:samtools PP:samtools.2-10446A70 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-3753F569 PN:samtools PP:samtools.3-4673A7C3 VN:1.12 CL:samtools sort -o Sall1-512-1.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-77F19514 PN:samtools PP:samtools.4-3753F569 VN:1.12 CL:samtools view -b Sall1-512-1.sorted.filtered.unspliced.bam chr8:91551142-91568061 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5-77F19514 VN:1.12 CL:samtools view -H tmp_region.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools view -bS tmp_header.sam @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr11:116976482-117020582.bam region_chr8:91551142-91568061.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr11:116976482-117020582.bam region_chr8:91551142-91568061.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o Sall1-512-1.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o Sall1-512-1.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[