BAM"@HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/Cdx4-517-1.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 Cdx4-517-1.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h Cdx4-517-1.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam chr17:27078195-27109379 @PG ID:minimap2-6F4CD902 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/Cdx4-517-1.fastq @PG ID:samtools-15C60EFB PN:samtools PP:minimap2-6F4CD902 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-5428F0F3 PN:samtools PP:samtools-15C60EFB VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 Cdx4-517-1.bam @PG ID:samtools.2-739D158F PN:samtools PP:samtools.1-5428F0F3 VN:1.12 CL:samtools view -h Cdx4-517-1.sorted.bam @PG ID:samtools.3-4EFCD12D PN:samtools PP:samtools.2-739D158F VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-3F316055 PN:samtools PP:samtools.3-4EFCD12D VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-961B05A PN:samtools PP:samtools.4-3F316055 VN:1.12 CL:samtools view -b Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:131003025-131005803 @PG ID:minimap2-1B4FBB15 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/Cdx4-517-1.fastq @PG ID:samtools-74BBEC5F PN:samtools PP:minimap2-1B4FBB15 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-274508BE PN:samtools PP:samtools-74BBEC5F VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 Cdx4-517-1.bam @PG ID:samtools.2-3EEF15C0 PN:samtools PP:samtools.1-274508BE VN:1.12 CL:samtools view -h Cdx4-517-1.sorted.bam @PG ID:samtools.3-4A07F68A PN:samtools PP:samtools.2-3EEF15C0 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-70AE6F78 PN:samtools PP:samtools.3-4A07F68A VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-65E0BC8E PN:samtools PP:samtools.4-70AE6F78 VN:1.12 CL:samtools view -b Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam chr4:103292105-104417449 @PG ID:minimap2-37F5D46A PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/Cdx4-517-1.fastq @PG ID:samtools-49FAF01C PN:samtools PP:minimap2-37F5D46A VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-1EFC5238 PN:samtools PP:samtools-49FAF01C VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 Cdx4-517-1.bam @PG ID:samtools.2-52DA765B PN:samtools PP:samtools.1-1EFC5238 VN:1.12 CL:samtools view -h Cdx4-517-1.sorted.bam @PG ID:samtools.3-7797D8D1 PN:samtools PP:samtools.2-52DA765B VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-45EB0CB3 PN:samtools PP:samtools.3-7797D8D1 VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-3EC206CE PN:samtools PP:samtools.4-45EB0CB3 VN:1.12 CL:samtools view -b Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.bam chrX:100516737-100525563 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5-3EC206CE VN:1.12 CL:samtools view -H tmp_region.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools view -bS tmp_header.sam @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr17:27078195-27109379.bam region_chr2:131003025-131005803.bam region_chr4:103292105-104417449.bam region_chrX:100516737-100525563.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.5-961B05A VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr17:27078195-27109379.bam region_chr2:131003025-131005803.bam region_chr4:103292105-104417449.bam region_chrX:100516737-100525563.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.5-65E0BC8E VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr17:27078195-27109379.bam region_chr2:131003025-131005803.bam region_chr4:103292105-104417449.bam region_chrX:100516737-100525563.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr17:27078195-27109379.bam region_chr2:131003025-131005803.bam region_chr4:103292105-104417449.bam region_chrX:100516737-100525563.bam @PG ID:samtools.12 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.13 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.14 PN:samtools PP:samtools.10 VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.15 PN:samtools PP:samtools.11 VN:1.12 CL:samtools sort -o Cdx4-517-1.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[