BAM@HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chrM LN:16299 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4 PN:samtools PP:samtools.3 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5 PN:samtools PP:samtools.4 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:26701091-27336748 @PG ID:minimap2-6AF7A98 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-32399FD9 PN:samtools PP:minimap2-6AF7A98 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-562D1379 PN:samtools PP:samtools-32399FD9 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-DEC2C9D PN:samtools PP:samtools.1-562D1379 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-76483623 PN:samtools PP:samtools.2-DEC2C9D VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-1DC86113 PN:samtools PP:samtools.3-76483623 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-6D7FB540 PN:samtools PP:samtools.4-1DC86113 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:48813487-49508572 @PG ID:minimap2-2C867503 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-3F7CEAB5 PN:samtools PP:minimap2-2C867503 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-6B3A975C PN:samtools PP:samtools-3F7CEAB5 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-4A46C306 PN:samtools PP:samtools.1-6B3A975C VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-5491A158 PN:samtools PP:samtools.2-4A46C306 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-36A93D2E PN:samtools PP:samtools.3-5491A158 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7E43D70C PN:samtools PP:samtools.4-36A93D2E VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:107372717-107388534 @PG ID:minimap2-541D5010 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-30E9B9CA PN:samtools PP:minimap2-541D5010 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-4C42854E PN:samtools PP:samtools-30E9B9CA VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-57EBFAB9 PN:samtools PP:samtools.1-4C42854E VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-67A1A8D7 PN:samtools PP:samtools.2-57EBFAB9 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-44860341 PN:samtools PP:samtools.3-67A1A8D7 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-4F289544 PN:samtools PP:samtools.4-44860341 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:46138650-46203017 @PG ID:minimap2-57214FA PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-D228EA0 PN:samtools PP:minimap2-57214FA VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-53BFBBF2 PN:samtools PP:samtools-D228EA0 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-3FC72FD5 PN:samtools PP:samtools.1-53BFBBF2 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-706D7C46 PN:samtools PP:samtools.2-3FC72FD5 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-37B652B9 PN:samtools PP:samtools.3-706D7C46 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-6916CF11 PN:samtools PP:samtools.4-37B652B9 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:57906296-57932099 @PG ID:minimap2-15607725 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-D4072FA PN:samtools PP:minimap2-15607725 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-2CD62B51 PN:samtools PP:samtools-D4072FA VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-4588D1A3 PN:samtools PP:samtools.1-2CD62B51 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-67D33E26 PN:samtools PP:samtools.2-4588D1A3 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-4B660D79 PN:samtools PP:samtools.3-67D33E26 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-75A3BBF5 PN:samtools PP:samtools.4-4B660D79 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:72127946-72132921 @PG ID:minimap2-3041BA71 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-1234C69A PN:samtools PP:minimap2-3041BA71 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-4EDD186D PN:samtools PP:samtools-1234C69A VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-5D246BA3 PN:samtools PP:samtools.1-4EDD186D VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-7132E718 PN:samtools PP:samtools.2-5D246BA3 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-5C4415C6 PN:samtools PP:samtools.3-7132E718 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-2D0BE12C PN:samtools PP:samtools.4-5C4415C6 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr12:104626891-104644560 @PG ID:minimap2-399DC28C PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-3D14203E PN:samtools PP:minimap2-399DC28C VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-1AB5A9B5 PN:samtools PP:samtools-3D14203E VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-7E14E237 PN:samtools PP:samtools.1-1AB5A9B5 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-2477A96B PN:samtools PP:samtools.2-7E14E237 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-389B6EDF PN:samtools PP:samtools.3-2477A96B VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7B38F925 PN:samtools PP:samtools.4-389B6EDF VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr12:90032948-91573373 @PG ID:minimap2-3D275DC PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-5F3D047D PN:samtools PP:minimap2-3D275DC VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-2F73B4C5 PN:samtools PP:samtools-5F3D047D VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-5D85C813 PN:samtools PP:samtools.1-2F73B4C5 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-29AFD0FB PN:samtools PP:samtools.2-5D85C813 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-1B20C41C PN:samtools PP:samtools.3-29AFD0FB VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-6EC71A16 PN:samtools PP:samtools.4-1B20C41C VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr13:80012346-80269729 @PG ID:minimap2-5D55FADE PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-4E77A7E5 PN:samtools PP:minimap2-5D55FADE VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-A7524FC PN:samtools PP:samtools-4E77A7E5 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-5A318207 PN:samtools PP:samtools.1-A7524FC VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-291321A PN:samtools PP:samtools.2-5A318207 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-3F14FF60 PN:samtools PP:samtools.3-291321A VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-4A647A00 PN:samtools PP:samtools.4-3F14FF60 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr16:20141136-20232646 @PG ID:minimap2-15C058AF PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-4FBA18F4 PN:samtools PP:minimap2-15C058AF VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-4548CBC7 PN:samtools PP:samtools-4FBA18F4 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-29679BA PN:samtools PP:samtools.1-4548CBC7 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-3B682BF6 PN:samtools PP:samtools.2-29679BA VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-781F03D PN:samtools PP:samtools.3-3B682BF6 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-2F9F204E PN:samtools PP:samtools.4-781F03D VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr17:80706747-80788029 @PG ID:minimap2-5DE2A97E PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-532DA1AC PN:samtools PP:minimap2-5DE2A97E VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-17E58015 PN:samtools PP:samtools-532DA1AC VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-2298D064 PN:samtools PP:samtools.1-17E58015 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-42602021 PN:samtools PP:samtools.2-2298D064 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-2A467CB6 PN:samtools PP:samtools.3-42602021 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-3FF3A35 PN:samtools PP:samtools.4-2A467CB6 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr18:44584714-44971836 @PG ID:minimap2-3A2A8531 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-51AC7A53 PN:samtools PP:minimap2-3A2A8531 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-7FD08362 PN:samtools PP:samtools-51AC7A53 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-306CF6D8 PN:samtools PP:samtools.1-7FD08362 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-C80693F PN:samtools PP:samtools.2-306CF6D8 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-17C77A96 PN:samtools PP:samtools.3-C80693F VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-108738DC PN:samtools PP:samtools.4-17C77A96 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr18:62483858-62656231 @PG ID:minimap2-75645647 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-4385AC34 PN:samtools PP:minimap2-75645647 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-5CFE6EDA PN:samtools PP:samtools-4385AC34 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-2B3E7BBA PN:samtools PP:samtools.1-5CFE6EDA VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-4BF77100 PN:samtools PP:samtools.2-2B3E7BBA VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-6C2140BD PN:samtools PP:samtools.3-4BF77100 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7DBA15B7 PN:samtools PP:samtools.4-6C2140BD VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr19:23135639-23150699 @PG ID:samtools.6 PN:samtools PP:samtools.5-7DBA15B7 VN:1.12 CL:samtools view -H tmp_region.bam @PG ID:samtools.7 PN:samtools PP:samtools.6 VN:1.12 CL:samtools view -bS tmp_header.sam @PG ID:minimap2-2CF73BB2 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-1A3C2082 PN:samtools PP:minimap2-2CF73BB2 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-748D5687 PN:samtools PP:samtools-1A3C2082 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-3335D46 PN:samtools PP:samtools.1-748D5687 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-6644986B PN:samtools PP:samtools.2-3335D46 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-3EA2CAB8 PN:samtools PP:samtools.3-6644986B VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-6CC53267 PN:samtools PP:samtools.4-3EA2CAB8 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr1:99717671-99992223 @PG ID:minimap2-7DBEF59D PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-478ADB70 PN:samtools PP:minimap2-7DBEF59D VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-426E39FF PN:samtools PP:samtools-478ADB70 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-4DD269A PN:samtools PP:samtools.1-426E39FF VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-722550E5 PN:samtools PP:samtools.2-4DD269A VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-2386DF41 PN:samtools PP:samtools.3-722550E5 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-748CABD6 PN:samtools PP:samtools.4-2386DF41 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:104399330-104411586 @PG ID:minimap2-6F528D26 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-5EFC4B19 PN:samtools PP:minimap2-6F528D26 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-6EA39584 PN:samtools PP:samtools-5EFC4B19 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-49AAE021 PN:samtools PP:samtools.1-6EA39584 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-2D1DC65F PN:samtools PP:samtools.2-49AAE021 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-26D1535C PN:samtools PP:samtools.3-2D1DC65F VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7F0C7E59 PN:samtools PP:samtools.4-26D1535C VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:45099905-45109205 @PG ID:minimap2-56DC931A PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-74AE5D85 PN:samtools PP:minimap2-56DC931A VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-33C690F7 PN:samtools PP:samtools-74AE5D85 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-484702CB PN:samtools PP:samtools.1-33C690F7 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-36426BD5 PN:samtools PP:samtools.2-484702CB VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-3419958B PN:samtools PP:samtools.3-36426BD5 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-36B31DEF PN:samtools PP:samtools.4-3419958B VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr3:75878483-76513927 @PG ID:minimap2-4289C462 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-6F4C096D PN:samtools PP:minimap2-4289C462 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-5BC5BFF3 PN:samtools PP:samtools-6F4C096D VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-767E113F PN:samtools PP:samtools.1-5BC5BFF3 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-392813D5 PN:samtools PP:samtools.2-767E113F VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-2F3578D0 PN:samtools PP:samtools.3-392813D5 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-65E0DFD4 PN:samtools PP:samtools.4-2F3578D0 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr4:99768396-100117411 @PG ID:minimap2-15EDB2B7 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-558E0DC PN:samtools PP:minimap2-15EDB2B7 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-3CC9FD24 PN:samtools PP:samtools-558E0DC VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-4E173AFD PN:samtools PP:samtools.1-3CC9FD24 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-5A1FD271 PN:samtools PP:samtools.2-4E173AFD VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-1E839524 PN:samtools PP:samtools.3-5A1FD271 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-28EAB4D5 PN:samtools PP:samtools.4-1E839524 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:102194149-102252871 @PG ID:minimap2-4669B34 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-3FF5DDEB PN:samtools PP:minimap2-4669B34 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-54326C5C PN:samtools PP:samtools-3FF5DDEB VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-276453D PN:samtools PP:samtools.1-54326C5C VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-57B52197 PN:samtools PP:samtools.2-276453D VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-3A8EECC6 PN:samtools PP:samtools.3-57B52197 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-16F0FB6C PN:samtools PP:samtools.4-3A8EECC6 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:27143897-28054040 @PG ID:minimap2-489756EE PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-651EAE24 PN:samtools PP:minimap2-489756EE VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-4A139F1A PN:samtools PP:samtools-651EAE24 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-5DD6B8C6 PN:samtools PP:samtools.1-4A139F1A VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-64D24C9F PN:samtools PP:samtools.2-5DD6B8C6 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-6DD9FD54 PN:samtools PP:samtools.3-64D24C9F VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-343B4774 PN:samtools PP:samtools.4-6DD9FD54 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:36359830-36740788 @PG ID:minimap2-596877D4 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-13073EB0 PN:samtools PP:minimap2-596877D4 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-7746BDE1 PN:samtools PP:samtools-13073EB0 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-1CAF7A6D PN:samtools PP:samtools.1-7746BDE1 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-36F8E991 PN:samtools PP:samtools.2-1CAF7A6D VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-67A3E55B PN:samtools PP:samtools.3-36F8E991 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-114800A9 PN:samtools PP:samtools.4-67A3E55B VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:129432639-129777915 @PG ID:minimap2-5A6ABDE8 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-60DF5434 PN:samtools PP:minimap2-5A6ABDE8 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-411BB79 PN:samtools PP:samtools-60DF5434 VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-5AA284AB PN:samtools PP:samtools.1-411BB79 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-5A00B1E7 PN:samtools PP:samtools.2-5AA284AB VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-60DCD406 PN:samtools PP:samtools.3-5A00B1E7 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-51A743EE PN:samtools PP:samtools.4-60DCD406 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:28090160-28122631 @PG ID:minimap2-47CC812E PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-4709AD0A PN:samtools PP:minimap2-47CC812E VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-3DFB9755 PN:samtools PP:samtools-4709AD0A VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-28A7FBB3 PN:samtools PP:samtools.1-3DFB9755 VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-7E94B000 PN:samtools PP:samtools.2-28A7FBB3 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-565166A6 PN:samtools PP:samtools.3-7E94B000 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-5B38A781 PN:samtools PP:samtools.4-565166A6 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr8:66175123-66307099 @PG ID:minimap2-21CD227E PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-5A6079DC PN:samtools PP:minimap2-21CD227E VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-5687E87E PN:samtools PP:samtools-5A6079DC VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-2F7FF133 PN:samtools PP:samtools.1-5687E87E VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-460A2410 PN:samtools PP:samtools.2-2F7FF133 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-759D46E5 PN:samtools PP:samtools.3-460A2410 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-77ADA221 PN:samtools PP:samtools.4-759D46E5 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr8:66264929-66265501 @PG ID:minimap2-2B0B5DAE PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-1C620C1B PN:samtools PP:minimap2-2B0B5DAE VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-1B7F154F PN:samtools PP:samtools-1C620C1B VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-4DE717E0 PN:samtools PP:samtools.1-1B7F154F VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-3530EF3D PN:samtools PP:samtools.2-4DE717E0 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-7D500ECD PN:samtools PP:samtools.3-3530EF3D VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-4166981D PN:samtools PP:samtools.4-7D500ECD VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:71010401-71056532 @PG ID:minimap2-58724769 PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-6538F2CC PN:samtools PP:minimap2-58724769 VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-51BCFFD PN:samtools PP:samtools-6538F2CC VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-736B4004 PN:samtools PP:samtools.1-51BCFFD VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-68BF7C04 PN:samtools PP:samtools.2-736B4004 VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-28147893 PN:samtools PP:samtools.3-68BF7C04 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-3312B2F1 PN:samtools PP:samtools.4-28147893 VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:7932001-8004596 @PG ID:minimap2-57A9B06F PN:minimap2 VN:2.29-r1283 CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/barcode92.fastq @PG ID:samtools-21D0EC6A PN:samtools PP:minimap2-57A9B06F VN:1.12 CL:samtools view -Sb - @PG ID:samtools.1-74DD65ED PN:samtools PP:samtools-21D0EC6A VN:1.12 CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 barcode92.bam @PG ID:samtools.2-5DAA1CCA PN:samtools PP:samtools.1-74DD65ED VN:1.12 CL:samtools view -h barcode92.sorted.bam @PG ID:samtools.3-E3D429C PN:samtools PP:samtools.2-5DAA1CCA VN:1.12 CL:samtools view -bS - @PG ID:samtools.4-60A01C3D PN:samtools PP:samtools.3-E3D429C VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam @PG ID:samtools.5-7E0C9247 PN:samtools PP:samtools.4-60A01C3D VN:1.12 CL:samtools view -b barcode92.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:87597635-87626095 @PG ID:samtools.8 PN:samtools PP:samtools.5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.9 PN:samtools PP:samtools.5-6D7FB540 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.10 PN:samtools PP:samtools.5-7E43D70C VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.11 PN:samtools PP:samtools.5-4F289544 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.12 PN:samtools PP:samtools.5-6916CF11 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.13 PN:samtools PP:samtools.5-75A3BBF5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.14 PN:samtools PP:samtools.5-2D0BE12C VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.15 PN:samtools PP:samtools.5-7B38F925 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.16 PN:samtools PP:samtools.5-6EC71A16 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.17 PN:samtools PP:samtools.5-4A647A00 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.18 PN:samtools PP:samtools.5-2F9F204E VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.19 PN:samtools PP:samtools.5-3FF3A35 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.20 PN:samtools PP:samtools.5-108738DC VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.21 PN:samtools PP:samtools.7 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.22 PN:samtools PP:samtools.5-6CC53267 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.23 PN:samtools PP:samtools.5-748CABD6 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.24 PN:samtools PP:samtools.5-7F0C7E59 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.25 PN:samtools PP:samtools.5-36B31DEF VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.26 PN:samtools PP:samtools.5-65E0DFD4 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.27 PN:samtools PP:samtools.5-28EAB4D5 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.28 PN:samtools PP:samtools.5-16F0FB6C VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.29 PN:samtools PP:samtools.5-343B4774 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.30 PN:samtools PP:samtools.5-114800A9 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.31 PN:samtools PP:samtools.5-51A743EE VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.32 PN:samtools PP:samtools.5-5B38A781 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.33 PN:samtools PP:samtools.5-77ADA221 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.34 PN:samtools PP:samtools.5-4166981D VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.35 PN:samtools PP:samtools.5-3312B2F1 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.36 PN:samtools PP:samtools.5-7E0C9247 VN:1.12 CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:26701091-27336748.bam region_chr10:48813487-49508572.bam region_chr11:107372717-107388534.bam region_chr11:46138650-46203017.bam region_chr11:57906296-57932099.bam region_chr11:72127946-72132921.bam region_chr12:104626891-104644560.bam region_chr12:90032948-91573373.bam region_chr13:80012346-80269729.bam region_chr16:20141136-20232646.bam region_chr17:80706747-80788029.bam region_chr18:44584714-44971836.bam region_chr18:62483858-62656231.bam region_chr19:23135639-23150699.bam region_chr1:99717671-99992223.bam region_chr2:104399330-104411586.bam region_chr2:45099905-45109205.bam region_chr3:75878483-76513927.bam region_chr4:99768396-100117411.bam region_chr5:102194149-102252871.bam region_chr5:27143897-28054040.bam region_chr5:36359830-36740788.bam region_chr7:129432639-129777915.bam region_chr7:28090160-28122631.bam region_chr8:66175123-66307099.bam region_chr8:66264929-66265501.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chr9:7932001-8004596.bam region_chr9:87597635-87626095.bam @PG ID:samtools.37 PN:samtools PP:samtools.8 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.38 PN:samtools PP:samtools.9 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.39 PN:samtools PP:samtools.10 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.40 PN:samtools PP:samtools.11 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.41 PN:samtools PP:samtools.12 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.42 PN:samtools PP:samtools.13 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.43 PN:samtools PP:samtools.14 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.44 PN:samtools PP:samtools.15 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.45 PN:samtools PP:samtools.16 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.46 PN:samtools PP:samtools.17 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.47 PN:samtools PP:samtools.18 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.48 PN:samtools PP:samtools.19 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.49 PN:samtools PP:samtools.20 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.50 PN:samtools PP:samtools.21 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.51 PN:samtools PP:samtools.22 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.52 PN:samtools PP:samtools.23 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.53 PN:samtools PP:samtools.24 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.54 PN:samtools PP:samtools.25 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.55 PN:samtools PP:samtools.26 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.56 PN:samtools PP:samtools.27 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.57 PN:samtools PP:samtools.28 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.58 PN:samtools PP:samtools.29 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.59 PN:samtools PP:samtools.30 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.60 PN:samtools PP:samtools.31 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.61 PN:samtools PP:samtools.32 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.62 PN:samtools PP:samtools.33 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.63 PN:samtools PP:samtools.34 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.64 PN:samtools PP:samtools.35 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam @PG ID:samtools.65 PN:samtools PP:samtools.36 VN:1.12 CL:samtools sort -o barcode92.sorted.filtered.unspliced.SUBSAMPLE.bam region_all.bam chr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echrM?chrX chrY[