BAM垢 @HD	VN:1.6	SO:coordinate
@SQ	SN:chr10	LN:129993255
@SQ	SN:chr11	LN:121843856
@SQ	SN:chr12	LN:121257530
@SQ	SN:chr13	LN:120284312
@SQ	SN:chr14	LN:125194864
@SQ	SN:chr15	LN:103494974
@SQ	SN:chr16	LN:98319150
@SQ	SN:chr17	LN:95272651
@SQ	SN:chr18	LN:90772031
@SQ	SN:chr19	LN:61342430
@SQ	SN:chr1	LN:197195432
@SQ	SN:chr2	LN:181748087
@SQ	SN:chr3	LN:159599783
@SQ	SN:chr4	LN:155630120
@SQ	SN:chr5	LN:152537259
@SQ	SN:chr6	LN:149517037
@SQ	SN:chr7	LN:152524553
@SQ	SN:chr8	LN:131738871
@SQ	SN:chr9	LN:124076172
@SQ	SN:chrM	LN:16299
@SQ	SN:chrX	LN:166650296
@SQ	SN:chrY	LN:15902555
@PG	ID:minimap2	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools	PN:samtools	PP:minimap2	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1	PN:samtools	PP:samtools	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2	PN:samtools	PP:samtools.1	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3	PN:samtools	PP:samtools.2	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4	PN:samtools	PP:samtools.3	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5	PN:samtools	PP:samtools.4	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:122701132-123178260
@PG	ID:minimap2-5DB9A02C	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-5BBE97DD	PN:samtools	PP:minimap2-5DB9A02C	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-164E452D	PN:samtools	PP:samtools-5BBE97DD	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-18A60E41	PN:samtools	PP:samtools.1-164E452D	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4356A0F7	PN:samtools	PP:samtools.2-18A60E41	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-34565557	PN:samtools	PP:samtools.3-4356A0F7	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-3815CE34	PN:samtools	PP:samtools.4-34565557	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:21601990-21719708
@PG	ID:minimap2-61CA4CE7	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-1F86AEC9	PN:samtools	PP:minimap2-61CA4CE7	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-2FFD0BE0	PN:samtools	PP:samtools-1F86AEC9	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-2770F73A	PN:samtools	PP:samtools.1-2FFD0BE0	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-2260937C	PN:samtools	PP:samtools.2-2770F73A	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-3682AE82	PN:samtools	PP:samtools.3-2260937C	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-1B1A8FD0	PN:samtools	PP:samtools.4-3682AE82	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:85511491-85961641
@PG	ID:minimap2-523A1384	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-1B32A2E	PN:samtools	PP:minimap2-523A1384	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-13137E2	PN:samtools	PP:samtools-1B32A2E	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-4E6EFBBD	PN:samtools	PP:samtools.1-13137E2	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-7802AF8B	PN:samtools	PP:samtools.2-4E6EFBBD	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-2FCB95E5	PN:samtools	PP:samtools.3-7802AF8B	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-64B75D18	PN:samtools	PP:samtools.4-2FCB95E5	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:85624683-85653481
@PG	ID:minimap2-A35A23E	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-7800CC94	PN:samtools	PP:minimap2-A35A23E	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-34F954D6	PN:samtools	PP:samtools-7800CC94	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-EDA20E9	PN:samtools	PP:samtools.1-34F954D6	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-368619CA	PN:samtools	PP:samtools.2-EDA20E9	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-5B65FBED	PN:samtools	PP:samtools.3-368619CA	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-D69235	PN:samtools	PP:samtools.4-5B65FBED	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr10:85984312-85988842
@PG	ID:minimap2-1888E579	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-4606E4BE	PN:samtools	PP:minimap2-1888E579	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-7C3AB3C5	PN:samtools	PP:samtools-4606E4BE	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-48DF2307	PN:samtools	PP:samtools.1-7C3AB3C5	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-20E3BDBA	PN:samtools	PP:samtools.2-48DF2307	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-5E7B577D	PN:samtools	PP:samtools.3-20E3BDBA	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-69E3D7A9	PN:samtools	PP:samtools.4-5E7B577D	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:104469314-104531785
@PG	ID:minimap2-6A613E15	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-35152B6E	PN:samtools	PP:minimap2-6A613E15	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-E6E7EB1	PN:samtools	PP:samtools-35152B6E	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-4E9E0E97	PN:samtools	PP:samtools.1-E6E7EB1	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-5B5480FC	PN:samtools	PP:samtools.2-4E9E0E97	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-530573DA	PN:samtools	PP:samtools.3-5B5480FC	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-A56E7B0	PN:samtools	PP:samtools.4-530573DA	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:106612540-106630108
@PG	ID:minimap2-541A20C0	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-309AF462	PN:samtools	PP:minimap2-541A20C0	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-36E65509	PN:samtools	PP:samtools-309AF462	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-22B4CFB	PN:samtools	PP:samtools.1-36E65509	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-6A9F36DF	PN:samtools	PP:samtools.2-22B4CFB	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-1F78E143	PN:samtools	PP:samtools.3-6A9F36DF	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-687885B9	PN:samtools	PP:samtools.4-1F78E143	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:83222639-83234541
@PG	ID:minimap2-109E48E0	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-714B7531	PN:samtools	PP:minimap2-109E48E0	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-56CB6969	PN:samtools	PP:samtools-714B7531	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-295909E7	PN:samtools	PP:samtools.1-56CB6969	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4737503F	PN:samtools	PP:samtools.2-295909E7	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-34D90C10	PN:samtools	PP:samtools.3-4737503F	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-5FD2F4FA	PN:samtools	PP:samtools.4-34D90C10	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:83957714-83961961
@PG	ID:minimap2-283B05F2	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-8615769	PN:samtools	PP:minimap2-283B05F2	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-6C557830	PN:samtools	PP:samtools-8615769	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5D65A72B	PN:samtools	PP:samtools.1-6C557830	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-2E535A6E	PN:samtools	PP:samtools.2-5D65A72B	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-566BA324	PN:samtools	PP:samtools.3-2E535A6E	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-21A4C74	PN:samtools	PP:samtools.4-566BA324	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr11:99734703-99735314
@PG	ID:minimap2-442F2C13	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-3F05F288	PN:samtools	PP:minimap2-442F2C13	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-3A7F67CB	PN:samtools	PP:samtools-3F05F288	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-46B27F6E	PN:samtools	PP:samtools.1-3A7F67CB	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4266519A	PN:samtools	PP:samtools.2-46B27F6E	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-42B94F11	PN:samtools	PP:samtools.3-4266519A	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-68D4F892	PN:samtools	PP:samtools.4-42B94F11	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr12:110031507-110058358
@PG	ID:minimap2-70CCD672	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-4E35FD90	PN:samtools	PP:minimap2-70CCD672	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-6B337829	PN:samtools	PP:samtools-4E35FD90	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-321D68E8	PN:samtools	PP:samtools.1-6B337829	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-108BA855	PN:samtools	PP:samtools.2-321D68E8	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-371E32DA	PN:samtools	PP:samtools.3-108BA855	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-6AAC1F89	PN:samtools	PP:samtools.4-371E32DA	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr13:98668550-98976120
@PG	ID:minimap2-941A1F5	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-3F0BD1C7	PN:samtools	PP:minimap2-941A1F5	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-70EAF7C6	PN:samtools	PP:samtools-3F0BD1C7	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-21725D6C	PN:samtools	PP:samtools.1-70EAF7C6	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-6E660E43	PN:samtools	PP:samtools.2-21725D6C	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-3080554A	PN:samtools	PP:samtools.3-6E660E43	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-61AA0F80	PN:samtools	PP:samtools.4-3080554A	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr14:119274742-119324692
@PG	ID:minimap2-6541121B	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-34B21D78	PN:samtools	PP:minimap2-6541121B	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-5D5DC0CE	PN:samtools	PP:samtools-34B21D78	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-1C65989E	PN:samtools	PP:samtools.1-5D5DC0CE	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-77C39614	PN:samtools	PP:samtools.2-1C65989E	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-1CD0241	PN:samtools	PP:samtools.3-77C39614	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-656812EB	PN:samtools	PP:samtools.4-1CD0241	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr15:55388963-55457978
@PG	ID:minimap2-2778C2D6	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-6FFD02D6	PN:samtools	PP:minimap2-2778C2D6	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-40752C4B	PN:samtools	PP:samtools-6FFD02D6	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-27A779BA	PN:samtools	PP:samtools.1-40752C4B	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1034EDCF	PN:samtools	PP:samtools.2-27A779BA	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-76DEFE4C	PN:samtools	PP:samtools.3-1034EDCF	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-592E206B	PN:samtools	PP:samtools.4-76DEFE4C	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr15:55470709-55738504
@PG	ID:minimap2-4FF3E551	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-6960A314	PN:samtools	PP:minimap2-4FF3E551	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-7F0192D3	PN:samtools	PP:samtools-6960A314	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-6CD870DE	PN:samtools	PP:samtools.1-7F0192D3	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-6B8D07D9	PN:samtools	PP:samtools.2-6CD870DE	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-43FEFD25	PN:samtools	PP:samtools.3-6B8D07D9	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-78BC3DEA	PN:samtools	PP:samtools.4-43FEFD25	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr15:60972037-60972915
@PG	ID:minimap2-7741B7AA	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-49B3FD4D	PN:samtools	PP:minimap2-7741B7AA	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-48E52DA8	PN:samtools	PP:samtools-49B3FD4D	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-1F78FF75	PN:samtools	PP:samtools.1-48E52DA8	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1F769523	PN:samtools	PP:samtools.2-1F78FF75	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-351574D0	PN:samtools	PP:samtools.3-1F769523	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-370CF4BD	PN:samtools	PP:samtools.4-351574D0	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr15:63746016-63757008
@PG	ID:minimap2-759CD3AE	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-26FED489	PN:samtools	PP:minimap2-759CD3AE	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-1AA6D5AB	PN:samtools	PP:samtools-26FED489	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-16DFB6F	PN:samtools	PP:samtools.1-1AA6D5AB	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-7E6DA1A9	PN:samtools	PP:samtools.2-16DFB6F	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-384BF8CF	PN:samtools	PP:samtools.3-7E6DA1A9	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-400679E3	PN:samtools	PP:samtools.4-384BF8CF	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr15:63753984-63756517
@PG	ID:minimap2-7C952346	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-F944881	PN:samtools	PP:minimap2-7C952346	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-1A49377	PN:samtools	PP:samtools-F944881	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-3E16B873	PN:samtools	PP:samtools.1-1A49377	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-174FFCF9	PN:samtools	PP:samtools.2-3E16B873	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-46DA1524	PN:samtools	PP:samtools.3-174FFCF9	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-50DAE798	PN:samtools	PP:samtools.4-46DA1524	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr16:20875330-20893632
@PG	ID:minimap2-660D192B	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-63B3B840	PN:samtools	PP:minimap2-660D192B	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-4F2B8AB8	PN:samtools	PP:samtools-63B3B840	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-23437B01	PN:samtools	PP:samtools.1-4F2B8AB8	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-5B2AAC25	PN:samtools	PP:samtools.2-23437B01	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-19A9FEC8	PN:samtools	PP:samtools.3-5B2AAC25	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-365F07A9	PN:samtools	PP:samtools.4-19A9FEC8	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr17:18288894-18322142
@PG	ID:minimap2-74C85778	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-6F681EDF	PN:samtools	PP:minimap2-74C85778	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-27234C40	PN:samtools	PP:samtools-6F681EDF	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5A5C7151	PN:samtools	PP:samtools.1-27234C40	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-ABFDE1B	PN:samtools	PP:samtools.2-5A5C7151	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-5D2FC8FA	PN:samtools	PP:samtools.3-ABFDE1B	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-73357590	PN:samtools	PP:samtools.4-5D2FC8FA	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr18:15404799-15410567
@PG	ID:minimap2-68ABB042	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-77A2EE8	PN:samtools	PP:minimap2-68ABB042	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-4D698A8E	PN:samtools	PP:samtools-77A2EE8	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-21E6312A	PN:samtools	PP:samtools.1-4D698A8E	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-79C26733	PN:samtools	PP:samtools.2-21E6312A	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-68664658	PN:samtools	PP:samtools.3-79C26733	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-333FF628	PN:samtools	PP:samtools.4-68664658	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr19:42863085-43462845
@PG	ID:minimap2-494C9278	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-6E45EE84	PN:samtools	PP:minimap2-494C9278	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-12601325	PN:samtools	PP:samtools-6E45EE84	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-7BC3E061	PN:samtools	PP:samtools.1-12601325	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1B318A75	PN:samtools	PP:samtools.2-7BC3E061	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-7E7D3E6F	PN:samtools	PP:samtools.3-1B318A75	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-84AE62D	PN:samtools	PP:samtools.4-7E7D3E6F	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr1:140721763-140744156
@PG	ID:minimap2-2E8B0F1C	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-2F869F58	PN:samtools	PP:minimap2-2E8B0F1C	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-4BFF11CD	PN:samtools	PP:samtools-2F869F58	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-23AFBE6F	PN:samtools	PP:samtools.1-4BFF11CD	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-F38625B	PN:samtools	PP:samtools.2-23AFBE6F	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-550B2D6A	PN:samtools	PP:samtools.3-F38625B	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-DE32B82	PN:samtools	PP:samtools.4-550B2D6A	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr1:52370040-52370602
@PG	ID:minimap2-13CD1332	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-3A2770BE	PN:samtools	PP:minimap2-13CD1332	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-16BA2F9	PN:samtools	PP:samtools-3A2770BE	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-7D024887	PN:samtools	PP:samtools.1-16BA2F9	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-357DDE44	PN:samtools	PP:samtools.2-7D024887	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-55DB319A	PN:samtools	PP:samtools.3-357DDE44	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-262B4965	PN:samtools	PP:samtools.4-55DB319A	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr1:53453846-53763628
@PG	ID:minimap2-7EBEE892	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-17B7C860	PN:samtools	PP:minimap2-7EBEE892	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-3EEEEEB2	PN:samtools	PP:samtools-17B7C860	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-2E04D57	PN:samtools	PP:samtools.1-3EEEEEB2	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-209B764	PN:samtools	PP:samtools.2-2E04D57	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-493C79A9	PN:samtools	PP:samtools.3-209B764	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-5EC25795	PN:samtools	PP:samtools.4-493C79A9	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr1:60237443-60391549
@PG	ID:minimap2-8D2D812	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-4E7700AF	PN:samtools	PP:minimap2-8D2D812	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-12983053	PN:samtools	PP:samtools-4E7700AF	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-718D3094	PN:samtools	PP:samtools.1-12983053	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-7B0B2BE1	PN:samtools	PP:samtools.2-718D3094	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-6CE738A1	PN:samtools	PP:samtools.3-7B0B2BE1	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-7BC7DF61	PN:samtools	PP:samtools.4-6CE738A1	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:120142197-120178873
@PG	ID:minimap2-4494B75D	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-2D67D5B0	PN:samtools	PP:minimap2-4494B75D	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-431B4311	PN:samtools	PP:samtools-2D67D5B0	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-49033788	PN:samtools	PP:samtools.1-431B4311	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-8847738	PN:samtools	PP:samtools.2-49033788	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-549425B7	PN:samtools	PP:samtools.3-8847738	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-302DC345	PN:samtools	PP:samtools.4-549425B7	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:150574816-150597410
@PG	ID:minimap2-524B1C33	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-300DE6DE	PN:samtools	PP:minimap2-524B1C33	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-48C84151	PN:samtools	PP:samtools-300DE6DE	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-11F55E5E	PN:samtools	PP:samtools.1-48C84151	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-3BA326A0	PN:samtools	PP:samtools.2-11F55E5E	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-6B8DC9F1	PN:samtools	PP:samtools.3-3BA326A0	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-693F3FEB	PN:samtools	PP:samtools.4-6B8DC9F1	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:169224645-169230950
@PG	ID:minimap2-47687A61	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-6064F927	PN:samtools	PP:minimap2-47687A61	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-352BF01D	PN:samtools	PP:samtools-6064F927	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-364E517	PN:samtools	PP:samtools.1-352BF01D	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-58D9A3E2	PN:samtools	PP:samtools.2-364E517	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-5D06449B	PN:samtools	PP:samtools.3-58D9A3E2	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-55598BC9	PN:samtools	PP:samtools.4-5D06449B	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:26064644-26092919
@PG	ID:minimap2-7E03A9C0	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-CEC644F	PN:samtools	PP:minimap2-7E03A9C0	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-2C1681C9	PN:samtools	PP:samtools-CEC644F	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-6F5BFA79	PN:samtools	PP:samtools.1-2C1681C9	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1F54E678	PN:samtools	PP:samtools.2-6F5BFA79	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-6314F2D6	PN:samtools	PP:samtools.3-1F54E678	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-B47811E	PN:samtools	PP:samtools.4-6314F2D6	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:26934899-26964501
@PG	ID:minimap2-1C5578C3	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-17E010EE	PN:samtools	PP:minimap2-1C5578C3	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-46F1C9F4	PN:samtools	PP:samtools-17E010EE	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5C241265	PN:samtools	PP:samtools.1-46F1C9F4	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-169ADBEB	PN:samtools	PP:samtools.2-5C241265	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-20B31E7B	PN:samtools	PP:samtools.3-169ADBEB	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-1174CB9B	PN:samtools	PP:samtools.4-20B31E7B	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:58998907-59193262
@PG	ID:minimap2-5BCA26AD	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-66BD0B1E	PN:samtools	PP:minimap2-5BCA26AD	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-38CD3DDB	PN:samtools	PP:samtools-66BD0B1E	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-1E423DFF	PN:samtools	PP:samtools.1-38CD3DDB	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-49B1EE48	PN:samtools	PP:samtools.2-1E423DFF	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-311E9248	PN:samtools	PP:samtools.3-49B1EE48	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-7CB639F9	PN:samtools	PP:samtools.4-311E9248	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:64926396-65076848
@PG	ID:minimap2-4F868AFE	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-756194F0	PN:samtools	PP:minimap2-4F868AFE	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-71D94892	PN:samtools	PP:samtools-756194F0	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-3F4FF7E2	PN:samtools	PP:samtools.1-71D94892	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4D684C2A	PN:samtools	PP:samtools.2-3F4FF7E2	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-7E055E05	PN:samtools	PP:samtools.3-4D684C2A	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-2BDA47B	PN:samtools	PP:samtools.4-7E055E05	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:67284059-67364663
@PG	ID:minimap2-1114A1DC	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-46CACD74	PN:samtools	PP:minimap2-1114A1DC	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-75E02F2	PN:samtools	PP:samtools-46CACD74	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-4BF4F792	PN:samtools	PP:samtools.1-75E02F2	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-124B3190	PN:samtools	PP:samtools.2-4BF4F792	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-67EDD076	PN:samtools	PP:samtools.3-124B3190	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-797355AD	PN:samtools	PP:samtools.4-67EDD076	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr2:67329101-67354582
@PG	ID:minimap2-6CE96BCD	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-66652B62	PN:samtools	PP:minimap2-6CE96BCD	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-7B39FA5C	PN:samtools	PP:samtools-66652B62	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-6217495C	PN:samtools	PP:samtools.1-7B39FA5C	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-6C2A3C89	PN:samtools	PP:samtools.2-6217495C	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-75D37CE1	PN:samtools	PP:samtools.3-6C2A3C89	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-1DD5F670	PN:samtools	PP:samtools.4-75D37CE1	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr3:130462183-130465029
@PG	ID:minimap2-58A5A315	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-17B0451F	PN:samtools	PP:minimap2-58A5A315	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-54D905A	PN:samtools	PP:samtools-17B0451F	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-2B16F742	PN:samtools	PP:samtools.1-54D905A	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4FAEB4BE	PN:samtools	PP:samtools.2-2B16F742	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-72CE9F1F	PN:samtools	PP:samtools.3-4FAEB4BE	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-5CE4C787	PN:samtools	PP:samtools.4-72CE9F1F	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr3:131021904-131047841
@PG	ID:minimap2-581FE070	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-97FA413	PN:samtools	PP:minimap2-581FE070	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-75DCAA2C	PN:samtools	PP:samtools-97FA413	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-6F6FAF65	PN:samtools	PP:samtools.1-75DCAA2C	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-2EAD0317	PN:samtools	PP:samtools.2-6F6FAF65	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-9E0DFC6	PN:samtools	PP:samtools.3-2EAD0317	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-10E27774	PN:samtools	PP:samtools.4-9E0DFC6	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr3:138588861-138738165
@PG	ID:minimap2-46FB5F23	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-77BEF6D6	PN:samtools	PP:minimap2-46FB5F23	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-410B84C1	PN:samtools	PP:samtools-77BEF6D6	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-3E632CA	PN:samtools	PP:samtools.1-410B84C1	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1A269436	PN:samtools	PP:samtools.2-3E632CA	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-2B35B97B	PN:samtools	PP:samtools.3-1A269436	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-BE09587	PN:samtools	PP:samtools.4-2B35B97B	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr3:55046286-55342990
@PG	ID:minimap2-1C88C361	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-37B13D89	PN:samtools	PP:minimap2-1C88C361	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-6115DF4D	PN:samtools	PP:samtools-37B13D89	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-47F905B8	PN:samtools	PP:samtools.1-6115DF4D	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-3097E27	PN:samtools	PP:samtools.2-47F905B8	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-1A4447D2	PN:samtools	PP:samtools.3-3097E27	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-36C43DF6	PN:samtools	PP:samtools.4-1A4447D2	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr3:79860792-79902543
@PG	ID:minimap2-553BBB3	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-342C63BB	PN:samtools	PP:minimap2-553BBB3	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-19A09D00	PN:samtools	PP:samtools-342C63BB	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-52A11C0A	PN:samtools	PP:samtools.1-19A09D00	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-7B56CA56	PN:samtools	PP:samtools.2-52A11C0A	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-677C040D	PN:samtools	PP:samtools.3-7B56CA56	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-52168D0	PN:samtools	PP:samtools.4-677C040D	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr4:127665288-128244900
@PG	ID:minimap2-9B28F38	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-5DAB44E1	PN:samtools	PP:minimap2-9B28F38	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-197C191	PN:samtools	PP:samtools-5DAB44E1	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-64ECD47F	PN:samtools	PP:samtools.1-197C191	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4E1E530C	PN:samtools	PP:samtools.2-64ECD47F	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-B4F2EF8	PN:samtools	PP:samtools.3-4E1E530C	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-3A50CE20	PN:samtools	PP:samtools.4-B4F2EF8	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr4:26295545-26295980
@PG	ID:minimap2-646F8B9A	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-CAE025E	PN:samtools	PP:minimap2-646F8B9A	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-52F2AC7	PN:samtools	PP:samtools-CAE025E	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-31E3DB6B	PN:samtools	PP:samtools.1-52F2AC7	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-2CF27BF1	PN:samtools	PP:samtools.2-31E3DB6B	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-181D3D5B	PN:samtools	PP:samtools.3-2CF27BF1	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-11D1A740	PN:samtools	PP:samtools.4-181D3D5B	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr4:75587141-77857646
@PG	ID:minimap2-4D43191C	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-775F62AA	PN:samtools	PP:minimap2-4D43191C	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-791FE62D	PN:samtools	PP:samtools-775F62AA	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-4337707F	PN:samtools	PP:samtools.1-791FE62D	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-EC3BA8B	PN:samtools	PP:samtools.2-4337707F	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-47BFD871	PN:samtools	PP:samtools.3-EC3BA8B	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-2873E4A	PN:samtools	PP:samtools.4-47BFD871	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:138783174-138802014
@PG	ID:minimap2-F31A44F	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-503BDE19	PN:samtools	PP:minimap2-F31A44F	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-5CCBAECD	PN:samtools	PP:samtools-503BDE19	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5C4F4E56	PN:samtools	PP:samtools.1-5CCBAECD	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-472B2CC6	PN:samtools	PP:samtools.2-5C4F4E56	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-5151502D	PN:samtools	PP:samtools.3-472B2CC6	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-1516908E	PN:samtools	PP:samtools.4-5151502D	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:141717488-142689745
@PG	ID:minimap2-5B4AA2B6	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-32E4030B	PN:samtools	PP:minimap2-5B4AA2B6	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-1E0743C9	PN:samtools	PP:samtools-32E4030B	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-2739F763	PN:samtools	PP:samtools.1-1E0743C9	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1C3906B3	PN:samtools	PP:samtools.2-2739F763	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-7BFE9C38	PN:samtools	PP:samtools.3-1C3906B3	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-4620BAC8	PN:samtools	PP:samtools.4-7BFE9C38	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:147036052-147036841
@PG	ID:minimap2-1D7A888	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-70F68846	PN:samtools	PP:minimap2-1D7A888	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-12A4025A	PN:samtools	PP:samtools-70F68846	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-6F4EF7B6	PN:samtools	PP:samtools.1-12A4025A	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-44A20A9C	PN:samtools	PP:samtools.2-6F4EF7B6	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-1FBAAE86	PN:samtools	PP:samtools.3-44A20A9C	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-7C093B95	PN:samtools	PP:samtools.4-1FBAAE86	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:74988472-75098928
@PG	ID:minimap2-2DFEF34B	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-3FDAC690	PN:samtools	PP:minimap2-2DFEF34B	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-2BB46CAB	PN:samtools	PP:samtools-3FDAC690	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-1268C165	PN:samtools	PP:samtools.1-2BB46CAB	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-108E6F86	PN:samtools	PP:samtools.2-1268C165	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-110D45BC	PN:samtools	PP:samtools.3-108E6F86	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-724DFBBE	PN:samtools	PP:samtools.4-110D45BC	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:97624605-97636983
@PG	ID:minimap2-52CE9FF	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-6E60E263	PN:samtools	PP:minimap2-52CE9FF	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-4951BF0C	PN:samtools	PP:samtools-6E60E263	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-39AC64DF	PN:samtools	PP:samtools.1-4951BF0C	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-43B445D6	PN:samtools	PP:samtools.2-39AC64DF	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-39561238	PN:samtools	PP:samtools.3-43B445D6	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-5C3EA557	PN:samtools	PP:samtools.4-39561238	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr5:99358792-99466098
@PG	ID:minimap2-26312632	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-73671339	PN:samtools	PP:minimap2-26312632	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-2027DDB2	PN:samtools	PP:samtools-73671339	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-29F968D0	PN:samtools	PP:samtools.1-2027DDB2	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4280FC67	PN:samtools	PP:samtools.2-29F968D0	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-6AE50A19	PN:samtools	PP:samtools.3-4280FC67	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-38D24966	PN:samtools	PP:samtools.4-6AE50A19	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:122902533-122919896
@PG	ID:minimap2-1FB49D95	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-56797AE5	PN:samtools	PP:minimap2-1FB49D95	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-1204E1E9	PN:samtools	PP:samtools-56797AE5	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5B008D16	PN:samtools	PP:samtools.1-1204E1E9	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-2F78B965	PN:samtools	PP:samtools.2-5B008D16	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-7E2FBC93	PN:samtools	PP:samtools.3-2F78B965	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-2553139E	PN:samtools	PP:samtools.4-7E2FBC93	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:135087537-135118233
@PG	ID:minimap2-552B7A83	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-1B75BA6F	PN:samtools	PP:minimap2-552B7A83	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-7D2D1743	PN:samtools	PP:samtools-1B75BA6F	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-1D379D6	PN:samtools	PP:samtools.1-7D2D1743	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-3F4137EA	PN:samtools	PP:samtools.2-1D379D6	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-D6F2945	PN:samtools	PP:samtools.3-3F4137EA	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-68435BBB	PN:samtools	PP:samtools.4-D6F2945	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:36787382-37249976
@PG	ID:minimap2-5B219115	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-78F3E81C	PN:samtools	PP:minimap2-5B219115	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-D3907EF	PN:samtools	PP:samtools-78F3E81C	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5820CC60	PN:samtools	PP:samtools.1-D3907EF	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-4C53A2A	PN:samtools	PP:samtools.2-5820CC60	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-37CC7A3D	PN:samtools	PP:samtools.3-4C53A2A	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-30D3601C	PN:samtools	PP:samtools.4-37CC7A3D	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:36887048-36935784
@PG	ID:minimap2-18E49481	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-3BCE00B0	PN:samtools	PP:minimap2-18E49481	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-1B787B19	PN:samtools	PP:samtools-3BCE00B0	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-369B4274	PN:samtools	PP:samtools.1-1B787B19	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-51F72A3D	PN:samtools	PP:samtools.2-369B4274	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-35A507B0	PN:samtools	PP:samtools.3-51F72A3D	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-391D621E	PN:samtools	PP:samtools.4-35A507B0	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:38237394-38249259
@PG	ID:minimap2-71632908	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-11F6A513	PN:samtools	PP:minimap2-71632908	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-7CA5DE64	PN:samtools	PP:samtools-11F6A513	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-366973FA	PN:samtools	PP:samtools.1-7CA5DE64	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-6C31CEEB	PN:samtools	PP:samtools.2-366973FA	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-533DB304	PN:samtools	PP:samtools.3-6C31CEEB	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-C909F16	PN:samtools	PP:samtools.4-533DB304	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:45010060-47251370
@PG	ID:minimap2-6241F4D2	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-705AEDA	PN:samtools	PP:minimap2-6241F4D2	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-70C7667	PN:samtools	PP:samtools-705AEDA	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-6C6BDA27	PN:samtools	PP:samtools.1-70C7667	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-14F0041B	PN:samtools	PP:samtools.2-6C6BDA27	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-706C7B16	PN:samtools	PP:samtools.3-14F0041B	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-2453649	PN:samtools	PP:samtools.4-706C7B16	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:83312368-83406386
@PG	ID:minimap2-F12EF2C	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-58291C19	PN:samtools	PP:minimap2-F12EF2C	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-24210053	PN:samtools	PP:samtools-58291C19	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-53A36B7E	PN:samtools	PP:samtools.1-24210053	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-2F959633	PN:samtools	PP:samtools.2-53A36B7E	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-55E5CEF2	PN:samtools	PP:samtools.3-2F959633	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-6A5705C8	PN:samtools	PP:samtools.4-55E5CEF2	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr6:87578419-87622162
@PG	ID:minimap2-4EF25448	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-2CD77B23	PN:samtools	PP:minimap2-4EF25448	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-7B48FB6E	PN:samtools	PP:samtools-2CD77B23	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5503DC67	PN:samtools	PP:samtools.1-7B48FB6E	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-73B0D8A3	PN:samtools	PP:samtools.2-5503DC67	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-1CAAED41	PN:samtools	PP:samtools.3-73B0D8A3	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-1C83534E	PN:samtools	PP:samtools.4-1CAAED41	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:109267914-109358680
@PG	ID:minimap2-596B6F27	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-3263292B	PN:samtools	PP:minimap2-596B6F27	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-100FC4CF	PN:samtools	PP:samtools-3263292B	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-3342AD45	PN:samtools	PP:samtools.1-100FC4CF	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-47A4C67C	PN:samtools	PP:samtools.2-3342AD45	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-672F22AB	PN:samtools	PP:samtools.3-47A4C67C	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-386FC0CF	PN:samtools	PP:samtools.4-672F22AB	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:131126342-131542503
@PG	ID:minimap2-207A3C97	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-7CC610E9	PN:samtools	PP:minimap2-207A3C97	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-48E72043	PN:samtools	PP:samtools-7CC610E9	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-12C3BEE5	PN:samtools	PP:samtools.1-48E72043	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-7BC8684D	PN:samtools	PP:samtools.2-12C3BEE5	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-661762AB	PN:samtools	PP:samtools.3-7BC8684D	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-71F78635	PN:samtools	PP:samtools.4-661762AB	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:141457945-141568514
@PG	ID:minimap2-3DA14F5A	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-18109C12	PN:samtools	PP:minimap2-3DA14F5A	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-3D2C7E96	PN:samtools	PP:samtools-18109C12	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5F65EF4C	PN:samtools	PP:samtools.1-3D2C7E96	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1866473D	PN:samtools	PP:samtools.2-5F65EF4C	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-21AB0CAE	PN:samtools	PP:samtools.3-1866473D	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-393919FE	PN:samtools	PP:samtools.4-21AB0CAE	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:29966551-29999052
@PG	ID:minimap2-25D586E9	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-6C3012A4	PN:samtools	PP:minimap2-25D586E9	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-54720A1C	PN:samtools	PP:samtools-6C3012A4	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-46782DCC	PN:samtools	PP:samtools.1-54720A1C	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-33F2B9AB	PN:samtools	PP:samtools.2-46782DCC	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-3D26A910	PN:samtools	PP:samtools.3-33F2B9AB	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-36941949	PN:samtools	PP:samtools.4-3D26A910	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:3212203-3222079
@PG	ID:minimap2-583606B0	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-156106BA	PN:samtools	PP:minimap2-583606B0	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-FFF25EE	PN:samtools	PP:samtools-156106BA	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-5A0BAF6C	PN:samtools	PP:samtools.1-FFF25EE	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-1E15E675	PN:samtools	PP:samtools.2-5A0BAF6C	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-3E85BB1	PN:samtools	PP:samtools.3-1E15E675	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-2298273A	PN:samtools	PP:samtools.4-3E85BB1	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr7:96288532-96552732
@PG	ID:minimap2-2D9108FC	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-3CA72870	PN:samtools	PP:minimap2-2D9108FC	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-72CC0526	PN:samtools	PP:samtools-3CA72870	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-4752343E	PN:samtools	PP:samtools.1-72CC0526	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-44683653	PN:samtools	PP:samtools.2-4752343E	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-296AFB12	PN:samtools	PP:samtools.3-44683653	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-108BDDD6	PN:samtools	PP:samtools.4-296AFB12	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr8:123177814-123191987
@PG	ID:minimap2-1B688E78	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-523517DD	PN:samtools	PP:minimap2-1B688E78	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-2A2AE09D	PN:samtools	PP:samtools-523517DD	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-36710672	PN:samtools	PP:samtools.1-2A2AE09D	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-D32EE9A	PN:samtools	PP:samtools.2-36710672	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-5EA0A3FC	PN:samtools	PP:samtools.3-D32EE9A	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-401148F3	PN:samtools	PP:samtools.4-5EA0A3FC	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:116481865-117539031
@PG	ID:minimap2-5D21000	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-15FECFAB	PN:samtools	PP:minimap2-5D21000	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-5FB6707C	PN:samtools	PP:samtools-15FECFAB	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-7378B68A	PN:samtools	PP:samtools.1-5FB6707C	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-358F22F0	PN:samtools	PP:samtools.2-7378B68A	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-6C370A4B	PN:samtools	PP:samtools.3-358F22F0	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-71719AE	PN:samtools	PP:samtools.4-6C370A4B	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:121686725-121692937
@PG	ID:minimap2-12FB007C	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-25854CBC	PN:samtools	PP:minimap2-12FB007C	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-67FAA213	PN:samtools	PP:samtools-25854CBC	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-650BC123	PN:samtools	PP:samtools.1-67FAA213	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-461163BB	PN:samtools	PP:samtools.2-650BC123	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-5240BE3A	PN:samtools	PP:samtools.3-461163BB	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-22FC71B	PN:samtools	PP:samtools.4-5240BE3A	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:43957345-44042129
@PG	ID:minimap2-36D07E07	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-62AF3562	PN:samtools	PP:minimap2-36D07E07	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-43A86481	PN:samtools	PP:samtools-62AF3562	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-2AE2D95	PN:samtools	PP:samtools.1-43A86481	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-5EAF3917	PN:samtools	PP:samtools.2-2AE2D95	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-48CC2826	PN:samtools	PP:samtools.3-5EAF3917	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-2259E676	PN:samtools	PP:samtools.4-48CC2826	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chr9:71010401-71056532
@PG	ID:minimap2-256BFD96	PN:minimap2	VN:2.29-r1283	CL:minimap2 -ax splice -uf --secondary=no /projectnb/wax-es/routines/FASTA/genome_mm9.fa ./FASTQ/LV72.fastq
@PG	ID:samtools-5A620E40	PN:samtools	PP:minimap2-256BFD96	VN:1.12	CL:samtools view -Sb -
@PG	ID:samtools.1-33F036EB	PN:samtools	PP:samtools-5A620E40	VN:1.12	CL:samtools view -b -F 2304 -q 30 LV72.bam
@PG	ID:samtools.2-7F93B0F2	PN:samtools	PP:samtools.1-33F036EB	VN:1.12	CL:samtools view -h LV72.sorted.bam
@PG	ID:samtools.3-22CABCF5	PN:samtools	PP:samtools.2-7F93B0F2	VN:1.12	CL:samtools view -bS -
@PG	ID:samtools.4-7E4BEDD6	PN:samtools	PP:samtools.3-22CABCF5	VN:1.12	CL:samtools sort -o LV72.sorted.filtered.unspliced.bam tmp_unspliced.bam
@PG	ID:samtools.5-40A26673	PN:samtools	PP:samtools.4-7E4BEDD6	VN:1.12	CL:samtools view -b LV72.sorted.filtered.unspliced.bam chrX:46685586-46801149
@PG	ID:samtools.6	PN:samtools	PP:samtools.5	VN:1.12	CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:122701132-123178260.bam region_chr10:21601990-21719708.bam region_chr10:85511491-85961641.bam region_chr10:85624683-85653481.bam region_chr10:85984312-85988842.bam region_chr11:104469314-104531785.bam region_chr11:106612540-106630108.bam region_chr11:83222639-83234541.bam region_chr11:83957714-83961961.bam region_chr11:99734703-99735314.bam region_chr12:110031507-110058358.bam region_chr13:98668550-98976120.bam region_chr14:119274742-119324692.bam region_chr15:55388963-55457978.bam region_chr15:55470709-55738504.bam region_chr15:60972037-60972915.bam region_chr15:63746016-63757008.bam region_chr15:63753984-63756517.bam region_chr16:20875330-20893632.bam region_chr17:18288894-18322142.bam region_chr18:15404799-15410567.bam region_chr19:42863085-43462845.bam region_chr1:140721763-140744156.bam region_chr1:52370040-52370602.bam region_chr1:53453846-53763628.bam region_chr1:60237443-60391549.bam region_chr2:120142197-120178873.bam region_chr2:150574816-150597410.bam region_chr2:169224645-169230950.bam region_chr2:26064644-26092919.bam region_chr2:26934899-26964501.bam region_chr2:58998907-59193262.bam region_chr2:64926396-65076848.bam region_chr2:67284059-67364663.bam region_chr2:67329101-67354582.bam region_chr3:130462183-130465029.bam region_chr3:131021904-131047841.bam region_chr3:138588861-138738165.bam region_chr3:55046286-55342990.bam region_chr3:79860792-79902543.bam region_chr4:127665288-128244900.bam region_chr4:26295545-26295980.bam region_chr4:75587141-77857646.bam region_chr5:138783174-138802014.bam region_chr5:141717488-142689745.bam region_chr5:147036052-147036841.bam region_chr5:74988472-75098928.bam region_chr5:97624605-97636983.bam region_chr5:99358792-99466098.bam region_chr6:122902533-122919896.bam region_chr6:135087537-135118233.bam region_chr6:36787382-37249976.bam region_chr6:36887048-36935784.bam region_chr6:38237394-38249259.bam region_chr6:45010060-47251370.bam region_chr6:83312368-83406386.bam region_chr6:87578419-87622162.bam region_chr7:109267914-109358680.bam region_chr7:131126342-131542503.bam region_chr7:141457945-141568514.bam region_chr7:29966551-29999052.bam region_chr7:3212203-3222079.bam region_chr7:96288532-96552732.bam region_chr8:123177814-123191987.bam region_chr9:116481865-117539031.bam region_chr9:121686725-121692937.bam region_chr9:43957345-44042129.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chrX:46685586-46801149.bam
@PG	ID:samtools.7	PN:samtools	PP:samtools.5-3815CE34	VN:1.12	CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:122701132-123178260.bam region_chr10:21601990-21719708.bam region_chr10:85511491-85961641.bam region_chr10:85624683-85653481.bam region_chr10:85984312-85988842.bam region_chr11:104469314-104531785.bam region_chr11:106612540-106630108.bam region_chr11:83222639-83234541.bam region_chr11:83957714-83961961.bam region_chr11:99734703-99735314.bam region_chr12:110031507-110058358.bam region_chr13:98668550-98976120.bam region_chr14:119274742-119324692.bam region_chr15:55388963-55457978.bam region_chr15:55470709-55738504.bam region_chr15:60972037-60972915.bam region_chr15:63746016-63757008.bam region_chr15:63753984-63756517.bam region_chr16:20875330-20893632.bam region_chr17:18288894-18322142.bam region_chr18:15404799-15410567.bam region_chr19:42863085-43462845.bam region_chr1:140721763-140744156.bam region_chr1:52370040-52370602.bam region_chr1:53453846-53763628.bam region_chr1:60237443-60391549.bam region_chr2:120142197-120178873.bam region_chr2:150574816-150597410.bam region_chr2:169224645-169230950.bam region_chr2:26064644-26092919.bam region_chr2:26934899-26964501.bam region_chr2:58998907-59193262.bam region_chr2:64926396-65076848.bam region_chr2:67284059-67364663.bam region_chr2:67329101-67354582.bam region_chr3:130462183-130465029.bam region_chr3:131021904-131047841.bam region_chr3:138588861-138738165.bam region_chr3:55046286-55342990.bam region_chr3:79860792-79902543.bam region_chr4:127665288-128244900.bam region_chr4:26295545-26295980.bam region_chr4:75587141-77857646.bam region_chr5:138783174-138802014.bam region_chr5:141717488-142689745.bam region_chr5:147036052-147036841.bam region_chr5:74988472-75098928.bam region_chr5:97624605-97636983.bam region_chr5:99358792-99466098.bam region_chr6:122902533-122919896.bam region_chr6:135087537-135118233.bam region_chr6:36787382-37249976.bam region_chr6:36887048-36935784.bam region_chr6:38237394-38249259.bam region_chr6:45010060-47251370.bam region_chr6:83312368-83406386.bam region_chr6:87578419-87622162.bam region_chr7:109267914-109358680.bam region_chr7:131126342-131542503.bam region_chr7:141457945-141568514.bam region_chr7:29966551-29999052.bam region_chr7:3212203-3222079.bam region_chr7:96288532-96552732.bam region_chr8:123177814-123191987.bam region_chr9:116481865-117539031.bam region_chr9:121686725-121692937.bam region_chr9:43957345-44042129.bam region_chr9:71010401-71056532.bam region_chrX:46685586-46801149.bam
@PG	ID:samtools.8	PN:samtools	PP:samtools.5-1B1A8FD0	VN:1.12	CL:samtools merge -f region_all.bam region_chr10:122701132-123178260.bam region_chr10:21601990-21719708.bam region_chr10:85511491-85961641.bam region_chr10:85624683-85653481.bam region_chr10:85984312-85988842.bam region_chr11:104469314-104531785.bam region_chr11:106612540-106630108.bam region_chr11:83222639-83234541.bam region_chr11:83957714-83961961.bam region_chr11:99734703-99735314.bam region_chr12:110031507-110058358.bam region_chr13:98668550-98976120.bam region_chr14:119274742-119324692.bam region_chr15:55388963-55457978.bam region_chr15:55470709-55738504.bam region_chr15:60972037-60972915.bam region_chr15:63746016-63757008.bam region_chr15:63753984-63756517.bam region_chr16:20875330-20893632.bam region_chr17:18288894-18322142.bam region_chr18:15404799-15410567.bam region_chr19:42863085-43462845.bam region_chr1:140721763-140744156.bam region_chr1:52370040-52370602.bam region_chr1:53453846-53763628.bam region_chr1:60237443-60391549.bam region_chr2:120142197-120178873.bam region_chr2:150574816-150597410.bam region_chr2:169224645-169230950.bam region_chr2:26064644-26092919.bam region_chr2:26934899-26964501.bam region_chr2:58998907-59193262.bam region_chr2:64926396-65076848.bam region_